第 1 季

翔太郎在夜晚码头所邂逅的神秘美女，正是街坊流言中传为“T字路口的魔女”的存在。接到遭她抢走手提袋的坪崎忠太所委托，翔太郎开始为了寻找魔女而四处奔波。就在追捕这位自称“时女”的魔女时，踏进了一座完全没有风的陌生城市。

T字路口附近频繁发生的杀人事件，以及翔太郎误闯的异次元世界。根据菲力普的搜索，得知涉案的盖亚內存是ROAD（道路）。这一切都是魔女的罪行吗？为了直接向她确认，翔太郎开始擅自行动。

翔太郎＆菲力普开始直接与ROAD（道路）掺杂体对决。在W的活跃之下，ROAD（道路）被打倒，证明了时女并不是杀人犯。可是这次的事件，还有一个应该细数罪恶的人。翔太郎等人所解开的事件全貌究竟是？

在照井的安排之下，时女成了鸣海侦探事务所的侦探助手。可是，她跟菲力普的波长似乎不合。先不管那两人，翔太郎与亚树子开始接洽新的委托。这次的委托是护卫隶属于游戏公司的当红偶像——风祭惠。

尽管从MEGANEURA（巨脉蜻蜓）掺杂体手中保护了风祭惠的安全，但翔太郎却身负重伤。菲力普代替伙伴展开行动，而时女也下定决心要善尽自己身为侦探助手的职责。然而由于神秘男子万灯雪侍在暗中策画鼓动，觉醒了新能力的MEGANEURA（巨脉蜻蜓）对小惠展开了攻击。

MEGANEURA（巨脉蜻蜓）掺杂体被W FANG JOKER（尖牙王牌）打败，事件顺利解决。时女和菲力普也消除了芥蒂，鸣海侦探事务的气氛一片祥和。另一方面，一名持有盖亚內存“AURORA（极光）”的男子，出现在被送到警察医院的犯人身边。

克制不住对蘑菇的兴趣，菲力普在大雪中和翔太郎一起手牵手采蘑菇去了。在雪山遇难的两人费尽千辛万苦，终于抵达了一座与寂寥村庄风格迥异的雄伟宅邸。以被大雪封闭的陆上孤岛为舞台，新事件拉开了序幕。

于镜野家宅邸发生的新娘候选杀人事件。在ALCOHOL（酒精）掺杂体之后，出现了戴着驱动器的神秘掺杂体。那会是新敌对组织的刺客吗？同时，照井油门全开赶到了现场。在他的掩护下，翔太郎及菲力普逐渐逼近事件的核心。

ALCOHOL（酒精）掺杂体的真面目是与博物馆有关的人物。变身成W CYCLONE JOKER XTREME（旋风王牌极限）的翔太郎和菲力普在与ALCOHOL（酒精）掺杂体激烈对战后解决了事件。同一时间，万灯率领的敌对干部们在W及ACCEL（加速）的面前现身。

「请替我寻找失踪的爷爷」——为了夺回年幼委托人的笑容，一行人展开了调查。事件的线索是一个委托爷爷开发特殊阀的神秘壮汉。在调查途中，翔太郎等人追着被BRACHIOSAURUS（腕龙）掺杂体带走的时女，一行人闯进了里风都。

在里风都等着翔太郎等人的，是持有盖亚內存REACTOR（反应堆）的壮汉二阶堂守。面对准干部级的强敌，W及Accel陷入苦战。另外，在众多掺杂体躲藏的城市中，除了时女之外，委托人失踪的祖父兰堂廉太郎的身影也出现在这里。

时女在里风都找到了兰堂廉太郎并将他救出，然而二阶堂守却阻挡在从里风都逃回原来世界的两人面前。不过，翔太郎等人绝不会对同伴的危机视而不见。W及Accel、Gunner-A也加入其中，与REACTOR（反应堆）掺杂体的决战开始！！