第 1 季

战国时代。生活在山海秘境纪之国的孙一，与铁炮集团杂贺众的伙伴们一同生活。孙一本满足于做一名轻松的佣兵，直到某日，一群身着奇异铠甲的集团袭击了杂贺乡。为守护故乡与伙伴而拼死奋战的孙一，在人数劣势下被无情蹂躏。孙一试图讨伐敌将以终结战争，但……

被自称三郎的男人所救的孙一，得知袭击里的是来自异国的侵略者“征服者”。孙一与被三郎所救的杂贺众成员木偶一同返回里，目睹的却是化为焦土的故乡和惨遭杀害的人们。未能守护任何人……被自责驱使的孙一从现场逃离。

从里的袭击中逃出的杂贺众成员鹤首与萤火。负伤的鹤首回想起了自己年轻时作为幕府刺客度过的日子，以及与萤火的相遇。在“征服者”执拗的追击中，为了保护萤火，鹤首做出了某个决断。

萤火身为刺客被抚养长大的过去被揭开。她所持有的铠甲“灵龟流转”，是在为成为刺客而被抚养的孩子们互相残杀中被授予的。为了生存，只能杀死朋友……一心求死般战斗的萤火，在与鹤首相遇并共同旅行的过程中，内心开始产生变化。

杂贺众的黑冰，是利用铠甲技术将义手、义足乃至身体各部分改造成机关的男人。他独自向“征服者”大军发起挑战。在枪声回响中，黑冰回想起了与父亲共度的往事。

“征服者”的首领竟是孙一的弟弟卢西奥。试图带孙一回去的卢西奥以压倒性的力量打倒杂贺众，并将刀刃对准木偶的脖颈。就在凶刃即将挥下的瞬间，孙一潜在的力量觉醒了。在丧失理智、相互厮杀的孙一与卢西奥之间介入的，是三郎。

三郎的地狱修行开始了。杂贺众的扬羽也突然归来参加修行。怀揣各自信念、渴望变强的孙一等人，却在实战训练中连徒手的三郎都无法战胜。苦恼的孙一猛然察觉了杂贺众的弱点：那便是过度依赖个人力量，而缺乏同伴间的协作。

青年时代，三郎曾救下一位遭山贼袭击的女性。她名叫沙罗，自称来自西班牙。在共同生活的过程中，三郎与沙罗彼此吸引。原本过着平静生活的两人，却因某日里中流行病的蔓延，命运开始发生巨大扭曲。

杂贺众成员不如归带领“征服者”士兵，袭击了孙一等人藏身的里。伙伴们接连倒在不如归手下。面对愤怒的孙一，不如归断言：“我从未将你们视为同伴。”就在不如归将枪口抵住孙一头部、即将扣动扳机的瞬间，出现的是——卢西奥。

发动“龙眼”的三郎与卢西奥展开了激烈的剑戟交锋。另一方面，孙一仍未找到战斗的意义。卢西奥为让孙一恢复原状，强行唤醒他的记忆。那是孙一曾被唤作卢卡、在西班牙时期的记忆。孙一被迫面对自己已然遗忘的过去。

获得日本最强铠甲“天丛云剑”的三郎，被扬羽刺中。原来扬羽是奉卢西奥之命潜入杂贺乡的间谍。与此同时，孙一等人正在谋划阻止“征服者”进军的策略，但由于除尾张外几乎所有领土均被“征服者”控制，无计可施。不如归进言，要结束战争只能讨伐敌将卢西奥，然而……

与“征服者”的最终决战开始。孙一等人拼死战斗，但在与阴之龙脉合为一体的卢西奥面前束手无策，接连败倒。为守护同伴而战的孙一、为引导世界而战的三郎，以及企图毁灭世界的卢西奥，在互不退让的激战中，终于迎来了决断的时刻。