第 1 季

守护日本治安的秘密代理人“lycoris”井之上泷奈,以某个事件为契机,被命令转移到咖啡厅“ LycoReco”。超优秀的No.1 Lycoris(?)的千束组成搭档,虽然以回归DA为目标而充满热情,但在LycoReco的工作一个二个都到来了

从顶级黑客walnut向LycoReco的委托飞进来了!被同业者的黑客盯上性命,希望他们帮助他逃亡国外。LycoReco成员齐心协力帮walnut逃走,但千束们被严密的武装集团袭击......!?

为了体检和体力测定,勉强去了DA总部的千束。听到这个的泷奈,为了回归DA的直接谈判而跟着去。和泷奈一起争吵的千束,司令却装作完全听不见。而且,前搭档吹树正在和新的伙伴合作......

在DA总部发生的事之后,过着顺利的LycoReco生活的千束和泷奈。有一天,千束发现泷奈的内衣是■■■■■■......。对自己太不关心了,千束惊呆了,决定把泷奈带去购物!

千束接收到了来自肌萎缩性侧索硬化症晚期患者的委托，委托人期盼能够在有保护的情况下游览东京。千束一行人在执行保护任务时，危机正悄然来临。

最近有诸多Lycoris被不明人士杀害，为了自己与千束的安全着想，泷奈决定与千束共同行动（同居）。另一侧，在机器太的引导下，真岛对千束的身份产生了关注。

得知Lycoris杀害事件的始作俑者是真岛后，千束与泷奈来到DA总部汇报。于此同时，真岛和机器太对千束的身份产生了好奇…………

即使有DA的补助金，LycoReco的收支仍逐渐拮据，泷奈于是担下了会计的职位。为减少支出，泷奈要求千束减少弹药使用量、尽量不要破坏现场。泷奈还想出新款的巧克力百汇，以代替制作成本高的特制百汇，不料其独特的造型意外爆红，吸引大量人潮光顾。在增加委托案、来客数暴增的状况下，LycoReco逐渐转亏为盈，店内还增购了唱片机、洗碗机和机器店员。隔日，千束原预定去做定期健康检查，不料被真岛堵在家中。真岛提起在电波塔事件，Lycoris处于劣势之时，是千束凭借超高的反应能力打倒包括真岛在内的袭击者。真岛表示自己是被看上杀人才能而受到赞助的，然而千束不愿相信吉松会帮助罪犯。回到LycoReco，泷奈送给千束一个狗造型吊饰，千束把它挂在书包上。千束去做了定期检查，不料被潜入的姫蒲弄昏，打算对千束的人工心脏动手脚。

在吉松的谋划下，姬蒲卧底成DA的护士，麻醉了前来体检的千束并对损毁了千束人工心脏的充电功能。察觉到不对的泷奈没能赶在心脏受损前阻止姬蒲。将千束带回DA后，咖啡馆的各位得知了千束的心脏只能维持至多两个月了……

千束决定让咖啡店的大家回归到正常的生活中去，LycoReco由此闭店，而彼时的泷奈回归了DA以后，一步一步搜寻着吉松和真岛的线索。不久后，真岛讨伐行动开始了……

散伙后的胡桃在蛛丝马迹中得知了吉松手中持有着一颗全新的人工心脏，她立刻把这个消息告知了泷奈。此时的泷奈正在旧电波塔参加真岛讨伐作战，得知消息后的她在思考后，决定……

千束在旧无线电塔与真岛的战斗中陷入恶战，但泷奈在千钧一发之际赶来了。与此同时，由于真岛的计谋，lycoris 的存在被暴露在公众面前。在总部的楠木指挥权被剥夺，并决定处置在延空木内的Lycoris！？

就在延空木事件似乎已经尘埃落定之际，本应在旧电波塔里被击败的真岛再次出现在千束面前。声称在延空木安置了炸弹的真岛，以炸弹引爆为赌注要与千束一决高下。随着千束的时间限制临近，最后的战斗开始了……