第 2 季

为了把魔女莉卡忘带的东西送去魔女界，小魔女们前往魔女界，却误入了女王陛下的庭园。在那里，她们目睹了一朵玫瑰花中诞生了一个婴儿，由此，小魔女们的新生活开始了。

要照顾魔女婴儿的小魔女们，给婴儿取名为“小花”。从未照顾过婴儿的小魔女们，对小花的每一个举动都大惊小怪。

小魔女们得知魔女考试将近，泡泡下定决心这次一定要通过，但她没有信心能在考试当晚保持清醒。于是她想，如果因为小花夜啼每晚都睡不好，就能熬夜到很晚。

DoReMi想该让小花接触一下外界空气了，就推着婴儿车出去散步。然而，因为某个事件，她丢下小花不管，导致小花感冒了。

母校的花草眼看就要枯萎了，关老师来魔法堂买肥料。小魔女们也帮忙施肥，但丝毫不见好转的迹象。这时，老头阿迪感觉到了坏卡片的气息。

看着雏菊愉快交谈的孝夫和麻里奈气氛很好，但SOS三人组揶揄了他们的关系，导致孝夫对麻里奈说了过分的话。DoReMi她们想用魔法修复两人的关系，但是……

在魔女界进行小花的第一次健康检查。如果不合格，小魔女们就会被剥夺抚养小花的资格。考官魔女哈特以严格著称，小魔女们齐心协力开始奋斗。

音符收到了某个音乐祭的邀请，但母亲不知为何反对，也不告诉她理由。于是小魔女们想用魔法舞台探知原因，但舞台结束后，眼前却展现出一片陌生的风景。

得知魔女婴儿成长需要魔法香草的营养后，DoReMi她们去拜访了在伊豆高原经营香草园的魔女。然后，在那位自称魔女莉莉卡的魔女面前，魔女莉卡的样子显得非常奇怪。

同学信子递给小爱一本笔记本，封面上写着“奔跑的少女 其一”。她是想让自己写的新小说先给小爱看。小说里出现了小魔女们，但故事还没有完结。

羽月的母亲会为羽月准备各种新衣服和兴趣班，但羽月对此有点厌倦了。其实她想拒绝，但又不想看到妈妈伤心的表情，所以一直说不出口。

第二次健康检查。这次的考试不仅测试婴儿，也测试“母亲”的能力，小魔女们收到了两张黄牌。收到三张黄牌就会不合格，而在最终考试中也发生了问题。

魔法堂外出打工途中，参加了某牧场主办的欢迎烧烤派对。在那里，DoReMi被牧场主的儿子大泽·塞巴斯蒂安·信藏一见钟情，做着嫁入豪门美梦的DoReMi接受了他的求婚。

泡泡的班里来了一位新任的顺一老师，作为金子的助教。泡泡两眼放光地说“成年男性真帅”，君孝和泡泡亲卫队也大受打击。然后，他们向顺一老师下了挑战书。

图画课上要画妈妈的画像。但是，班上的小织和矢田的母亲已经去世了，矢田拒绝画画。尴尬的气氛弥漫开来，但关老师决定这个绘画主题是有原因的。

因为小花的夜啼太厉害，魔女莉卡无法入睡，DoReMi决定照顾小花一天。然而，小花在DoReMi家也尽情地使用魔法，DoReMi开始了拼命隐藏魔法的奋斗。

小花三个月健康检查的课题是“爬行”。鉴于上次考试的结果尚在保留中，这次绝对要合格。幸运的是，这次是小花擅长的项目，但这时发生了意想不到的意外。

DoReMi因为有多多帮忙而变得轻松，得意忘形地支使起多多来。然后，她因为多多仅仅一次失误就大发雷霆，多多也生气了，大吵一架后离家出走了。DoReMi的怒气无法平息，但是……

因为照顾小花时发生的一件事，DoReMi和羽月大吵了一架。小爱和音符也帮忙想让她们和好，但时机总是不对，怎么都不顺利。

小爱收到了母亲敦子寄来的快件。信上写着“今天傍晚我会去美空町，想和你好好聊一晚上”。然而同一天，小爱已经和父亲幸治有了约定。

小魔女们决定去住在魔女界边陲的大批发商魔女——魔女唐那里拿魔法香草薰衣草。一行人到达宅邸，见到了讨厌人类的魔女唐，但她不会轻易把香草分给他们。

魔法师界的国王命令老头阿迪去绑架小花。老头阿迪虽然不愿意，但被男爵的爵位冲昏了头脑，接下了任务。然后他用尽各种手段，试图把在魔法堂的小花带出来。

小花被老头阿迪夺走变成了石头。请魔女莉卡帮忙恢复原状后，小魔女们发誓要夺回小花。然后，她们开始制定针对老头阿迪弱点的作战计划。

对商店街相扑大会充满干劲的小竹邀请了木村，但要参加必须组成三人小组。这时，他们邀请了身材较胖的柳田作为另一名成员，开始了和小竹的猛练，但柳田完全不是那块料。

有一天，一位气质高雅的英俊少年来到魔法堂。这时，绑架犯老头阿迪出现了，但少年轻而易举地就击退了他。名叫晓的少年赢得了DoReMi她们的信任，清爽地离开了魔法堂。

SOS三人组嘲笑有点胖的佳苗，并告诉她如果减肥成功就请她吃蛋糕。佳苗开始努力减肥，但方法显然很不健康。另一方面，小花吃了很多离乳食。

为了寻找对小花尿布疹有效的魔法香草，小魔女们去了北海道，偶然遇到了DoReMi的父亲溪介和一位美女在钓鱼。父亲本应因工作去了飞驒，DoReMi和泡泡怀疑他出轨了。

小魔女们为了小花的健康检查前往魔女界，但变小了的老头阿迪偶然混进了DoReMi她们的行李中。老头阿迪趁机挟持了所有婴儿作为人质，夺走了所有魔女的水晶球。

今年也在山内寺举办试胆大会。首先，岛仓同学在本堂讲了一个关于潜入被诅咒的小学的孩子们一个接一个消失的怪谈。接着，班上的同学们真的开始一个接一个地消失，怪谈变成了现实……

第二学期开始了。关老师以与平时完全不同的发型和衣着走进教室，样子有点奇怪。“一定是交男朋友了”大家议论纷纷，小魔女们在回家的路上，目击到关老师和一名男性在一起。

由于老头阿迪屡次绑架小花失败，焦急的奥基基迪伯爵决定给老头阿迪安排三名新助手。这三人就是人称“FLAT4”的成员。他们都是老头阿迪的助手——晓的同学。

和羽月一起外出的哈娜被FLAT4的里昂和透用魔法调包成兔子玩偶后带走了。小魔女们立刻开始搜索并找到了老头阿迪，逼问小花的所在，但是……

今天是远足的日子。负责拍照、一有状况就按快门的岛仓同学，对音符“你有点没分寸”的忠告也充耳不闻。就在这时，岛仓同学遇到了一对想要拍纪念照的老夫妇。

大家在魔法堂培育的“魔法果实之树”长出了花苞。但是，只有小爱的那棵还没长。这时，音符无意间的一句话惹恼了小爱，两人吵了起来。

运动会临近的幼儿园里，泡泡为她最喜欢的顺一老师教的叠罗汉项目而干劲十足。另一方面，君孝小组的叠罗汉金字塔怎么也做不好。君孝执着于要站在金字塔顶端是有原因的。

想要引起小爱注意的里昂向她发起了篮球挑战，却被打败了，于是他把绑架小花的事抛在脑后，发誓要在体育比赛中打倒小爱。然而，就在比赛过程中，小花不见了。

今晚是小花的健康检查，但碰巧和泡泡的4级魔女见习生考试撞期了。担心泡泡的DoReMi想去为她加油，但当然不能离开健康检查的会场。

四年二班决定用信子写的剧本来演戏，由于羽月的父亲是电影导演，她便成了导演。虽然一开始不知道该做什么，但在DoReMi和小爱的鼓励下，羽月开始向大家发出指示。

小魔女们以向因拍摄而无法前来的音符报告健康检查情况为名，去了京都。然而，她们遭到了一个任性妄为的童星少年的刁难，被从拍摄现场赶了出来。

泡泡向母亲春菜请求“教我弹钢琴”。她从DoReMi那里听说，妈妈曾教过DoReMi弹钢琴却没教自己，于是向妈妈坦率地说出了自己的想法。但是，春风家已经没有钢琴了。

电视剧的录制现场，原本预定与音符共同出演的婴儿因为身体不适无法前来，结果小花被选为代打。拍摄开始后，FLAT4的透突然出现在摄像机前。

在健康检查合格的归途中，遇到了一位不可思议的、不使用魔法的魔女——魔女兰。她突然发动汽车，载着DoReMi和小花疾驰而去，为了见女王陛下，她挟持DoReMi她们作为人质，向女王陛下的城堡进发，但是……

魔女莉卡和拉拉因为感冒发烧卧床不起，根本顾不上照顾小花了。没办法，小魔女们只好把小花带到学校，而企图绑架小花的FLAT4也趁此机会出现在了学校。

DoReMi提议在平安夜晚上开派对，大家也都赞成。晚上之前，各自与家人共度平安夜。然后，小魔女们的平安夜开始了，但是……

时值幕末。美空藩城下町的姑娘们——DoReMi、羽月、小爱、音符，在观音堂发现了一个被遗弃、取名为“花”的婴儿，并遇到了一位走投无路的浪人。担心的DoReMi她们，承诺会一起帮忙照顾这个孩子。

为了通过最后的健康检查，DoReMi一行人前往会场。最后检查的课题是“说什么都可以，只要能说出话来”。别的宝宝们接连合格了，但DoReMi她们却不知道该如何让小花开口说话。

小花被老头阿迪掳走了。FLAT4与小魔女们和解，为了避免魔女界与魔法师界爆发战争，他们合力围堵老头阿迪和伯爵，DoReMi为了夺回小花，拼命地向老头阿迪呼喊……

小花发起了高烧。尽管小魔女们尽心尽力地看护，却丝毫没有好转的迹象。女王陛下说，只要能找到一种叫做“爱之至高”的、能实现一个愿望的花，小花就能康复，但是……

诅咒森林果然是个可怕的地方。小魔女们接连被各自愿望成真的幻影所袭击。虽然被幻影迷惑，但小魔女们坚守着对小花的感情，努力向前迈进……