第 2 季

大都市「儒来」因为失落儒来事件，一夜之间变成天坑。被当作主谋，以史无前例的600亿$$悬赏金遭到通缉的威席·史坦毕特，在事件过后就销声匿迹。两年半后，梅丽鲁成为一名可靠的记者，她和后辈米莉·汤普森一起追查席的下落，感觉从半年前开始再度发生的PLANT连环抢劫事件背后，有密利欧·奈布兹的影子，进而展开调查。此时，传来地球巨大移民舰队接近的消息，居民们全都陷入欢喜。

约150年前，发生史称「大坠落」的宇宙移民舰队坠落事件后，威席青年时期住过的移民船3号舰「家园」，突然遭到不明人士攻击，一下子就被控制。住在家园的少女洁西卡，带着伙伴们托付她的使命去找威席，她循着装在威席义肢里的追踪器，在儒来郊外的镇上遇见一名叫霍巴多的男人。他正保护着一名失忆，眼神空洞，名叫艾利克斯的青年。

梅丽鲁她们掌握目击情报，得知在失落儒来事件后，就行踪成谜的威席下落，与奇迹般重逢的尼古拉·D·伍夫伍德一起，去家园寻找威席。同一时间，威席为了和杰西卡一起解救伙伴，来到陷入困境的家园。他们在那里遇到奈布兹派来的刺客，以诡异力量攻击他们的偶师雷奥诺夫。

尼古拉斯、梅丽尔以及米莉也加入了进来，威席在“家园”度过了一段短暂而安稳的时光。另一方面，在“失落七月”中失去肉体的米利翁·奈布兹，其追随者康拉德等人正企图使其复活，他们驾驶着利用失落科技制造的飞船“方舟”，不断进行着对植物的抢夺和大规模屠杀。为了夺取“家园”里的大量植物，这些持续让大地染满鲜血的人们派出了新的刺客。

在方舟袭击家园之前，米德巴莱·霍恩弗里克前来抓捕威席。由于威席尚未完全康复，尼古拉斯主动请缨代替他与霍恩弗里克交战。一个是因恐惧而继续效忠奈布兹的霍恩弗里克，一个是凭自身意志脱离其支配的尼古拉斯。尼古拉斯试图说服对方却无果，霍恩弗里克的音速攻击随即袭来，双方展开了一场激战。

随着如雨点般落下的导弹，方舟对大本营的正式袭击拉开了序幕。曾经保护并隐藏大本营的沙尘暴护盾，也被曾隶属于移民船团研究机构的康拉德破解，导致雷卡特·布鲁萨马斯等人趁虚而入。面对通过失落科技强化后的雷卡特所发起的猛攻，法修陷入了苦战。终于，“复活之时”降临了。

自威席被囚禁在方舟以来已经过去了五个月。各地依然持续发生抢夺植物的事件，人们在恐惧中战战兢兢，却也一心期盼着唯一的希望——来自地球的移民船队的到来。以“Home”为据点一边进行采访一边寻找威席的梅丽鲁和米莉，对这种骚乱的景象感到不安。另一方面，在方舟对峙的威席与奈布兹，开始谈起旧友泰斯拉的回忆。

趁着雷加特的破绽，尼古拉斯终于救出了法修。就在他们试图逃离方舟时，本以为已经死去的尼古拉斯的弟弟利比奥出现了。喜悦转瞬即逝，利比奥自称为“死亡惩罚者”拉兹洛，并向两人发起了攻击。面对意想不到的变故，尼古拉斯难掩混乱，但他还是设法摆脱了猛攻，来到了曾经与利比奥共同度过的孤儿院。将身负重伤的法修托付给孤儿院后，尼古拉斯与追击而来的拉兹洛对峙。一场惨烈的战斗就此拉开帷幕。

为了躲避方舟的侵略，大批难民聚集在无人之境最大的城市之一——奥克托凡。然而，这正是奈布斯恐怖计划的一部分：他企图让来自地球的移民船队坠毁在奥克托凡，从而一举歼灭人类。为了不再让“大陷落”以及“失落的七月”那样的悲剧重演，必须在这里阻止奈布斯。法修一行人开始为最终决战做准备。

通过反复与植物融合，奈布兹已经蓄积了异形的姿态和压倒性的力量。法修利用植物的“共鸣”，将方舟诱导至某个地方。那里正是兄弟俩最初降落在诺曼兰的土地。面对严阵以待的法修、尼古拉斯和利比奥，雷加特与九命猫发起了猛攻。在拥有压倒性实力的雷加特面前，法修被迫做出了一个足以动摇其信念的“抉择”。

奈布兹在完成与植物的融合后，以完全体的姿态出现在威席面前。威席拼死反抗，却根本不是对手，再次被擒。另一方面，潜入方舟的梅丽尔和米莉面前，艾伦迪拉挡住了去路。面对杀害前辈记者罗伯特的仇人艾伦迪拉，梅丽尔燃起了复仇之心。与此同时，尼古拉斯和拉兹罗在意外的助力下追击方舟。所有的恩怨情仇都即将汇聚在奥克托凡。

奈布兹的夙愿——将所有植物变为独立体的计划以失败告终。然而，失去仇恨目标的奈布兹为了追求更强大的力量，开始与方舟融合，企图让移民船团坠毁在诺曼兰德，将一切归于虚无。法修试图在奈布兹的精神世界中说服他，但泰斯拉痛苦的记忆涌入，使他被负面情绪所吞噬。在绝境之中，梅莉露等人使出了奇策。这份心意究竟能否传达给法修？这对兄弟编织的命运物语，终于迎来了完结。