第 1 季

三年Z班的成绩烂到极点。将Z班视为眼中钉的哈达校长给Z班班导坂田银八一道课题：「只要有一科也好，全班同学必须在考到80分以上。」若无法达成，作为惩罚，Z班全员将强制补课，银八也会被扣薪。于是银八和3-Z的学生们召开对策会议，最后得出的结论是「唯一的方法就是作弊」。

「人即使外表改变内心也不会变」银八像平常一样走进教室，不知为何3-Z的学生变成小学生了！？ 「无论到了几岁都讨厌考试」定期考试的季节到了，新八在写银八出的现代国语的考题时，忍不住不停吐槽那些荒唐的题目。 「找别人商量时，大多在开口前心里都有答案了」银八开设学生咨询室，然后有烦恼的学生们接二连三涌进来……

发生了一起名为「贴纸骚动」的事件。有人逼民众买下写着「极恶」的贴纸，行径可谓恐吓，拒绝购买的人甚至还会遭到暴力对待。在银魂高中的学生当中也出现了受害者。就在这时，银魂高校头号不良少年高杉正好复学了。「贴纸骚动」与高杉的复学同时发生，学生们越来越不安。事情严重，哈达校长命令班导银八对高杉进行个别指导。

新八在深夜回到学校拿忘记的东西，撞见了神乐和银八。他们也是来拿忘在学校的东西。三人走在阴森的夜晚校舍里，新八忽然想起学生之间流传的怪谈「银魂高中七大不可思议」。其中之一就是「传出啜泣声的教师办公室」。据说在深夜，没人在的教师办公室里，会出现自杀教师的幽灵。银八嗤之以鼻，不相信有这种东西，却在此时从没人在的教师办公室里传来了不明的声音……

据说有银行窃盗犯仍在逃亡。自事件发生以来已经过了两星期，犯人依然下落不明，而嫌犯「八留虎三兄弟」的首级则有一百万日圆悬赏金。而那些嫌犯潜伏的地方，竟然是银魂高中的锅炉室。校长看见他们身影，为了让学校声名大噪，下令教师们必须亲手逮捕犯人。银魂高中教师总动员的大规模追捕正式开始！

新八和阿妙要转学了，即将搬去父亲过世后一直照顾他们生活起居的伯母那里。对于完全不晓得这位伯母存在的新八而言，简直晴天霹雳。新八告诉同学们，自己即将转学，但是大家却没有露出寂寞的神情，很平淡地接受了这个事实。新八独自一人陷入感伤。什么特别的事都没有发生，迎来了最后的上学日。

开始大扫除。由银八下达指示，安排学生去替教室打蜡、厕所清扫、操场拔草等等工作。当学生们卖力打扫的时候，定春突然从土里挖出了什么东西。大家兴奋地猜想那东西会不会是德川家埋的金块，但那个形状像子弹的东西竟然是未爆弹！？银八立刻报警，一名自称是爆裂物处理组，莫名硬派的男子现身了。

为了参加修学旅行，3Z班一行来到了京都。学生们兴奋得闹成一片，而风纪委员副委员长土方却始终板着一张脸。毕竟，旅行期间守护学生的安全，是风纪委员不可推卸的职责。性格严谨的土方开始逐一取缔那些在修学旅行中违反铁律「修学旅行法度」的学生们。就在此时，他注意到转学生花子似乎正被几个形迹可疑的家伙纠缠。

文化祭决定要拍摄一部电影。女主角由小玉出演。对小玉抱有好感的山崎也报名参加了与她对戏的男主角试镜。然而结果是落选。他不禁沮丧：果然还是因为自己太不起眼了吗……带着这种低落的心情，迎来了文化祭当天。作为风纪委员的一员，山崎与土方等人一起在校内巡查。就在巡逻途中，他们在厕所里发现了异常。「取消文化祭」——那里用鲜红的喷漆写着这样不祥的涂鸦。

最近，街上的不良少年之间接连发生「校裤狩猎」事件，简称「裤猎」。虽然一度怀疑是高杉一伙所为，但经过调查后发现，他们与事件关系不大。然而，如果以这次裤猎事件为导火索，不良之间的纷争进一步扩大，普通学生也可能被波及。为防止事态恶化，土方等人决定继续对高杉一派进行监视。而被分配负责这个卧底任务的——竟然是新八！？成了密探的新八试图设法接近高杉，取得他的信任。

一场小小的摩擦点燃了战火，银魂高中与夜兔工正式陷入对立状态。厌恶无谓争斗的夜兔工番长神威，为了平息事态，向银魂高中递上了挑战书。他提出以高杉与自己分别担任总大将，用一场“战争”来分出胜负。在校长与学生们各怀心思、各种情感交织之中，决战之日终于到来。银魂高中一方，包括高杉在内仅有五人；而他们的对手夜兔工，却足足有一百人。赌上不良们尊严与面子的终极决战，就此拉开帷幕！

新八从银魂高中毕业后，在连锁餐饮店工作。即使就职至今已经第八年，仍会每天犯错，被店长骂个不停。某天，他在储藏室深处找到了尘封已久的高中毕业纪念册。怀念起那段快乐时光的新八决定把老朋友们找来，举办一场同学会。一行人聚在居酒屋，彼此分享近况，但是……