第 1 季

在城市街道深处的地下巢穴中，海龟和分裂大师突然遭到一大群 Mouser 机器人的袭击！

海龟们发现了破坏他们旧巢穴的 Mouser 机器人的来源：Baxter Stockman 博士——一位著名的技术天才/发明家，他试图冒充 Mouser 作为根除城市老鼠问题的手段。

当阿普丽尔·奥尼尔在海龟的巢穴中醒来时，她在应对四只会说话的巨型海龟和一只禅师老鼠的现实时遇到了很大的困难。她很快得知了忍者神龟的起源，他们意识到他们共同的敌人是巴克斯特·斯托克曼和他的机器人鼠队。

拉斐尔被关在地下，只有他的兄弟和斯普林特大师。当拉斐尔在一些兄弟般的争吵中差点撞倒米开朗基罗时，很明显拉斐尔需要离开......发泄一下。但当他遇到凯西·琼斯（Casey Jones）时，他是一个偏离正义权利的义务警员，拉斐尔必须面对自己头脑发热的现实......

当一位科学家意外释放出一个具有童心的超能力纳米技术怪物时，它收养了一个小偷作为它的父亲形象，混乱开始了！

海龟们在调查一次奇怪的停电时，发现足忍者从大都会艺术博物馆偷走了一把日本礼仪刀。

在凯西·琼斯让自己成为海龟巢穴的不速之客后，拉斐尔带他到上去“呼吸新鲜空气”，在那里他们遇到了足部忍者。

在夜间训练中，海龟队和凯西·琼斯打破了紫龙队的抢劫案。其中一个是安吉尔，凯西在附近认识的一个女孩，她正在经历成为紫龙的入会仪式。

男孩们结识了一群无家可归者，当他们开始神秘地消失在夜色中时，他们很担心！

Oroku Saki（又名碎纸机）试图让莱昂纳多相信 Saki 正在打一场美好的仗......他在那里继承了武士道和忍术的伟大传统，海龟们应该与他站在一起。

我们的四只海龟面对着迄今为止最强大的敌人......碎纸机。被殴打和战斗疲惫，海龟在武术混乱和建筑物倒塌中彼此分离！

米开朗基罗相信海龟可以为这座城市取得更多成就，并受到标志性超级英雄银哨兵的启发，决定尝试成为一名超级英雄。

当唐对一些神秘水晶的检查引起了地下怪物的注意时，海龟的地下探索发现了一个足部遗传学实验室！

在发现一个废弃的地下足部遗传学实验室，并遭到曾经人类的挖掘生物的攻击后，海龟们协助这些生物试图修复力场。

在废弃的地下足部遗传学实验室中与曾经是人类的生物成为朋友后，海龟们与他们一起踏上了深入地球的旅程，在那里他们遇到了一座曾经伟大的地下城市的废墟。

由于所有的海龟都住在阿普丽尔的公寓里，事情变得有点疯狂。但是，当多纳泰罗在地下室偶然发现一个奇妙的怪物时，事情变得更加疯狂。

在一次训练中，Leo 遭到了一支主要的 Foot 攻击部队的伏击，其中包括 Foot Tech Ninjas、他们的宿敌 Hun 和一个新的威胁：Foot Elite！

当足忍者袭击艾普丽尔的公寓时，海龟们克服了压倒性的困难，将受伤的利奥救到安全地带。

海龟、斯普林特、凯西和艾普丽尔勉强逃脱了摧毁古董店的爆炸。他们上路躲在凯西祖母的老农舍里，但莱昂纳多受了重伤。

海龟们仍在凯西祖母的农场休养，感到无聊的刺痛。幸运的是，一位被称为“怪物猎人”的科学家来到该地区寻找传说中的怪物......

海龟们带着一个目标回到纽约：一劳永逸地摧毁碎纸机。

海龟和分裂继续在步兵总部摩天大楼中奋力拼搏，面对三个畸形的变种碎纸机克隆人、陷阱走廊和神秘忍者。

随着斯托克曼出现在我们的英雄和碎纸机之间的最后战斗中，一切都陷入了混乱......以至于我们的英雄必须与碎纸机和匈奴联手击败斯托克曼。

随着 Splinter 神秘消失，海龟们感到沮丧，不知道从哪里开始寻找。拉夫不耐烦制定战略，独自一人出发——直接陷入了麻烦，就像黑帮一样！

在沮丧的海龟们用尽了对斯普林特的搜索后，他们的怀疑转向了守护者，这条小径很快将他们带到了一座不起眼的建筑，其公司名称的首字母拼写为“TCRI”。

海龟们成功潜入了神秘的 TCRI 大楼，在那里他们设法潜入其内部圣所，并在停滞罐中找到了失去知觉的碎片。