机动新世纪高达X

地球上的大部分人口在以殖民地独立运动开始的战争中丧生。从那以后已经15年了……在荒凉的地球上安稳生活的少年卡洛德，担负了夺回被绑架少女蒂法的任务，潜入了陆地战舰弗里登。卡洛德安全救了她……

为了保护蒂法而启动高达X的卡洛德，勉强从他追击的两架高达中逃脱。然而，作为战争遗产的高达X引来了大量敌人的攻击。面对最严重的危机，蒂法启动了禁忌系统。

通过禁忌的卫星加农炮系统逃过一劫的卡洛德等人。然而，因与那一击中死去的人们产生精神感应，蒂法受到冲击而陷入昏睡。困惑的卡洛德被弗里登的舰长加米尔趁虚而入，与蒂法一同被捕……

为了拯救病情恶化的蒂法，加米尔考虑再次袭击阿尔塔涅提夫公司的设施。但弗里登的船员们无法理解加米尔的真意。加米尔开始讲述自己的过去和蒂法隐藏的能力，其内容令卡洛德等人震惊。

因弗罗斯特兄弟的猛攻而陷入困境的卡洛德面前，威兹和罗比回来支援。然而，机动堡垒格兰迪纳的长距离炮击瞄准了弗里登。加米尔借助蒂法和卡洛德的力量，决定进行一次孤注一掷的赌博。

虽然成为了弗里登的正式乘员，但对孤独生活至今的卡洛德来说，舰上的集体生活难以适应。因内心焦躁而犯错的他，为了弥补过失独自驾驶高达X出击。此时，自由的机动战士驾驶员艾妮尔袭击了他。

因动力炉爆炸而让加米尔身受重伤的卡洛德，无法忍受自责，驾驶高达X离开了弗里登。为了清算一切，他打算将高达X拍卖，但……另一方面，威兹藏匿的财产被其他秃鹫发现并抢走。

在拍卖中拍得高达X的竟是艾妮尔。她试图诱惑卡洛德，反而被警戒并赶走。感到屈辱的艾妮尔与扎科特等人一同袭击弗里登。与此同时，卡洛德则与弗罗斯特兄弟对峙。

得知弗里登的危机后，卡洛德终于驾驶高达X归舰。然而，在弗罗斯特兄弟和艾妮尔等人的总攻下，弗里登陷入一片火海。在加米尔也不在的情况下，面对最大危机的船员们，在混乱中被逼入陷阱……

为了寻找并保护蒂法感知到的新人类，弗里登一行北上前往福特塞巴恩。然而，身为新人类的少年卡利斯，反而想将蒂法据为己有，袭击了弗里登。在那压倒性的力量面前，卡洛德有胜算吗？

为了拯救卡洛德，蒂法自愿被卡利斯抓住。对无力的自己感到沮丧的卡洛德，遭到了加米尔的严厉斥责。那时基德正为了给高达X注入新力量而不眠不休地工作。此时，满怀复仇之火的弗罗斯特兄弟发动了强袭。

驾驶着强化后的高达X，卡洛德击退了弗罗斯特兄弟。那时艾妮尔与福特塞巴恩的诺莫亚市长联手，策划向卡洛德复仇。潜入街市的卡洛德，得知了战争产生的怨念存在，以及卡利斯身体里隐藏的秘密。

救了被莫亚等人逼入绝境的卡洛德和蒂法的，是克服了驾驶舱恐惧症的加米尔驾驶的GX分割者。另一方面，对诺莫亚产生怀疑的卡利斯，读取了他的心，得知自己是牺牲了众多生命才获得了新人类能力。为了赎罪他再次与卡洛德战斗并战败，他期望卡洛德能给他最后一击。

在弗里登接受手术保住一命的卡利斯，却被艾妮尔等人带到了诺莫亚市长那里。满怀对地球人类复仇之火的市长，企图利用卡利斯的力量，复活沉睡在福特塞巴恩的巨大机动堡垒帕图利亚。

获得休假的罗比和威兹，离开弗里登各自前往故乡。罗比寻访昔日的恋人们，威兹则回到了自离家后一次也没回过的老家……然而，在那里等待他们的，是未曾预料的悲伤现实。

蒂法预见到了新的未来。遵从她的话语，弗里登一行为了寻找新的新人类而前往大海。在那里等待他们的是片刻的休息与激烈的战斗，以及平和的海之居民们。呼唤蒂法的神秘声音究竟是……？

卡洛德目睹了卫星系统（サテライトシステム）的制导光落入海平线另一端。难道拥有高达X的新的新人类，存在于水平线的彼岸吗……？加米尔为了追查真相而出航，但航路上却有海之恶魔·多扎一伙挡在那里。

与操纵潜水艇的奥尔克·马库斯一伙一同前往被称为“罗蕾莱之海”海域的奥尔巴，打捞起了大战中使用过的禁忌兵器，以及被封存在胶囊中的神秘美女。那时，蒂法正向加米尔请求前往“罗蕾莱之海”。

与蒂法意识共鸣的露希尔，是15年前担任加米尔教官的新人类军官。然而在精神被彻底破坏后，连憎恨战争的心也被利用，被编入了能使电子设备失效的L系统。为了解放获得永恒生命的新人类·露希尔，加米尔驾驶高达X出击。

为了补给，弗里登停靠圣恩斯岛。托尼娅为了购物下到岛上，偶然结识了一位女性并意气相投，但……对方正是盯上卡洛德的艾妮尔。既无法忘记昔日恩怨，也无法下定决心结婚的艾妮尔，托尼娅对她……

由旧地球联邦的指导者们组织的新联邦政府重建委员会，为了统一地球开始行动。为了攻陷弗里登而被委员会派遣的特殊工作部队队长卡托克，与部下一起伪装成渔民潜入。然而，其图谋被蒂法看破，进退两难的卡托克……

偶然目击到正在开发中的高达的艾妮尔，遭到弗罗斯特兄弟的攻击，被弗里登所救。加米尔等人从她的飞行数据中，推算出了高达等待着的那个岛屿——桑达埃普塔的位置，并操纵弗里登前往。

在桑达埃普塔严阵以待的新联邦政府重建委员会的艾姆扎特，俘获了弗里登。并且，加米尔和蒂法被与其他船员分开，移送到了新人类研究所。

为了救出被带走的蒂法和加米尔，潜入运输船的卡洛德和卡托克。他们在其机库中发现了新型MS——高达DX。用从蒂法那里得到的G控制器，卡洛德启动了DX，但其威力超乎想象。

新联邦政府的建立由布拉德曼卿宣告成立。面对以武力推进地球圈统一的新联邦，众多独立国家表示反对，世界各地纷争四起。在南亚地区成功登陆的弗里登号，受到独立国家艾斯塔德及其联合国的合作请求，决定与新联邦政府战斗。

艾斯塔德共和国同盟军，在弗里登号的协助下击败了新联邦军。虽然艾斯塔德为胜利而沸腾，但国内主战派与和平派意见严重对立。另一方面，战败的新联邦军正准备展开名为“牺牲”（サクリファイス）的作战。

结成同盟的诺桑贝尔向新联邦投降。同样作为同盟国的古斯塔尔也与新联邦缔结了和平条约，因此留下的艾斯塔德被逼选择无条件投降或抗战到底。无法接受艾斯塔德选择投降的里将军，独断地奔赴死地。卡洛德和威兹追赶着他，但……

在艾斯塔德向新联邦军全面投降前，弗里登号决定脱逃国外。加米尔试图暗中帮助威利斯国家主席逃亡国外，但察觉此计划的古斯塔尔军开始进军。面对这支军队，卡洛德将手指扣在了卫星加农炮（サテライトキャノン）的扳机上。

关注历史巨大洪流并逐渐成长的卡洛德。蒂法只能带着寂寞的心情注视着他。此时，新人类研究所认可的驾驶员阿贝尔来袭。在战斗中觉醒的阿贝尔启动了闪存系统（フラッシュ・システム），卡洛德等人陷入了危机。

终于抵达新人类研究所的弗里登一行人。然而，由于夏基亚和奥尔巴的计谋，加米尔被卡戎抓获。恰在此时，研究所因弗罗斯特兄弟而陷入火海，蒂法趁乱被宇宙革命军的间谍带走了。

未能保护好蒂法，卡洛德意气消沉。此时出现的艾妮尔告诉加米尔，宇宙革命军夺取了新联邦的新造巡洋舰巴尔多克号，企图逃往宇宙。加米尔设法让卡洛德与高达DX一同搭乘巴尔多克号。距离航天飞机发射所剩时间无几……为阻止逃脱而逼近的新联邦军，由弗里登号迎击。

蒂法谒见了宇宙革命军总统扎狄尔，感应到了强烈的不安。另一边，初次进行宇宙战、从巴尔多克号脱出的卡洛德显得手足无措。眼看就要毫无还手之力地败给由曾作为革命军与加米尔战斗过的原新人类兰斯洛率领的革命军时……

救了卡洛德的帕拉，是持续抵抗宇宙革命军的卫星组织成员。卡洛德以协助修理高达DX为条件，接受了卫星组织的合作请求。另一方面，蒂法所在的“云9”发生了炸弹恐怖袭击，而犯罪声明正是由卫星组织发出的。

尽管有卡洛德等人的抵抗，卫星组织（サテリコン）仍被歼灭。位于宇宙殖民地“云9”（クラウド9）的宇宙革命军总统扎狄尔，终于发动了使用禁忌武器“殖民卫星激光炮”直接攻击地球的“达利亚作战”。此时，卡洛德正在谋划营救蒂法并阻止对地球攻击的计策。

与蒂法的重逢转瞬即逝。弗罗斯特兄弟再次挡在了卡洛德面前。抓获了卡洛德和蒂法等人的弗罗斯特兄弟，将他们带往布拉德曼处。而在地球上，被新联邦军拘禁的加米尔等人即将被处决。此时出现的是……

在蒂法的引导下从布拉德曼处逃脱的卡洛德等人，遭到了弗罗斯特兄弟和新联邦军的追击。虽然与加米尔等人会合并勉强击退了敌人，但弗罗斯特兄弟离去时留下的话语，却暗示着不祥的未来。

意图前往月球的宇宙革命军得到了呼应，新联邦军也在稳步推进入侵准备。另一方面，有生以来第一次渴望强大力量的蒂法，在昏睡状态中与D.O.M.E实现了精神感应，领悟到所有的答案都在月球基地。

月球轨道上，新联邦军与宇宙革命军迎来全面对决。在此期间，弗里登号决意降下月球。在同伴的掩护下，卡洛德和蒂法成功抵达月面。接着，在蒂法启动的比特MS引导下，扎狄尔、布拉德曼、加米尔等人齐聚一堂。

D.O.M.E的真实身份，是曾被分解至基因层面并整合进基地系统的人类最初的新人类。他的意识体出现在众人面前，开始向那些被过去束缚的人们讲述真相……与此同时，在月球轨道上，弗罗斯特兄弟终于为了他们真正的目的开始行动。