第 1 季

伊利里亚联邦国王之父凯与半齿轮母亲迪兹所生的辛=基斯克。为了见证因各种事情而推迟的父母婚礼，辛前往伊利里亚城。一直以来被视为禁忌的人类与齿轮的结合。在祝福声中，突然出现一位神秘的少女。

为了追踪袭击父母婚礼的尤尼卡，辛与索尔一同踏上旅程。目的地是举行终战纪念祭的美国华盛顿。如预期般，尤尼卡袭击了终战纪念祭。除了辛之外，在场的赏金猎人布里吉特、独眼女剑士梅喧也加入战斗，会场陷入混乱。与此同时，对峙的辛和尤尼卡脑中浮现出某些记忆。

作为人工生命体“瓦伦坦”的姐妹拉姆雷萨尔和埃尔费尔特。她们为了查明伊利里亚城骚动的真相而展开调查。另一方面，辛等人通过反齿轮派内尔维尔的邂逅，在贫民窟寻找尤尼卡的行踪。那时，杰克·欧传来消息“知道了尤尼卡的下一个目标”……

受伤的尤尼卡受到露宿的布里吉特的照顾。尤尼卡为没有破坏伊利里亚而感到安心，但另一方面又为违抗了父亲而烦恼。同样身受重伤的辛，后悔自己轻率的言行将伊利里亚置于危机之中。而且，抱憾的不仅仅是他……

本应是敌人的辛的话语动摇了尤尼卡。通过与布里吉特的交流，她的心意开始出现迷茫。另一方面，辛重新下定决心，要摸索齿轮与人类共同前进的道路。然后，以根绝齿轮为目标的内尔维尔设下了陷阱……辛等人的战斗迎来了新的局面。

因病毒力量而暴走的辛。索尔射入齿轮细胞抑制装置，勉强使事态收敛，但同伴们受伤，全世界陷入混乱。来自未来的内尔维尔为何行凶，为何能时空转移……其背后有着超越时间的因果律干涉体阿克塞尔的存在。

成为连齿轮细胞都能驾驭的存在——未来的内尔维尔。辛、索尔、杰克·欧、梅喧、乔尼，与接连落下的内尔维尔细胞大军战斗。在世界各地展开的战斗都处于劣势。为了改变战况，大家想出的作战是……。另一方面，在与内尔维尔细胞的战斗中，布里吉特身负重伤。看到恩人的身影，尤尼卡露出了决意的表情。

通过决死作战潜入内尔维尔体内的辛。一边甩开紧追不舍的内尔维尔细胞，一边找到尤尼卡。辛他们的目标是内尔维尔的心脏。虽然陷入苦战，但迪兹和凯，以及地上所有齿轮的力量被传递了过来。