第 1 季

海底一场风暴来袭，队长巴克要求大家在风暴来临之前做好准备。队长给每个人分配好迎接风暴的任务。

海底小纵队的成员们在厨房忙碌着，巴克发现了海底洞穴，求教章教授，章教授说大王乌贼是它的表哥。

海底小纵队发现海底一个废弃的地方，这里布满了海藻，海底小纵队的潜艇不幸被海藻缠住，大家开始了逃离海藻行动。

海象无意中找到一个医药包，皮医生向队长求救，海底小纵队成员伪装成海象开始问海象家族拿回医药包。

海底小纵队追捕正在逃跑中的小飞鱼，不幸的是其中一条小飞鱼不能飞起来。巴克队长要求小飞鱼一起回章鱼堡。皮医生拯救了小飞鱼。

海底小纵队被困在北冰洋的冰冷水域，巴克队长亲自出动，手动掌舵。终于，章鱼堡错开了冰山，大家幸运得救。

海底小纵队决定前去证实呱唧说的海底地图真实性。在巴克队长的命令下，海底小纵队飞向轮船失事的地方。

深夜，一阵阵敲门声惊动章鱼堡。原来是海蜗牛前来求救，呱唧决定去探险。在呱唧和巴克队长的劝说下，螃蟹和海胆分开了。海蜗牛们终于可以睡觉了。

皮医生告诉大伙自己听到奇怪的声音，达西西也抓拍到了奇怪的影子。谢灵通告知，这是一只鲸鱼。巴克队长决定带着大家去寻找答案。

谢灵通想要寻找桨足动物，可是巴克队长担心谢灵通不会驾驶魔鬼鱼艇。独自去寻找桨足动物的谢灵通，不小心撞船了，巴克队长带领小纵队前去搭救。

章鱼堡被大虎鲸包围，且遭到撞击。原来是因为大虎鲸好奇章鱼堡发出的声音。海底小纵队和新朋友大虎鲸玩起了游戏。

海底火山马上要喷发，非常危险。巴克队长命令海底小纵队，到火山区转移出所有的动物。终于，海底小纵队在紧急关头，疏散了海底生物

不明物体向章鱼堡袭来，雷达出了故障，呱唧的望远镜不见了，皮医生的绷带也被人偷走了，海底小纵队最后发现是装饰蟹搞的鬼，它把偷来的东西粘在身上伪装自己。

海底小纵队遭遇鲸鲨，巴克和呱唧外出寻找达西西时被鲸鲨吸入腹中，他们在鲸鲨肚子里相逢，在皮医生的帮助下，他们从鲸鲨肚子里逃了出来。

舰艇被弄坏了，章鱼摄像机也出问题了，海底小纵队全体出击，他们根据牙齿找到了雪茄鲛。

谢灵通要研究鳗鱼，所以一个人留在了外面，就在谢灵通昏昏欲睡的时候，大量水母到来，将他困在了外面。巴克他们想救回谢灵通，结果巴克被水母蛰伤了。历经艰险，他们终于把谢灵通救了回来。

所有潜艇都失控了，巴克队长和呱唧跳到敏捷的旗鱼背上，将它们团团围住。

巴克队长要求大家进行例行训练，皮医生要一个人去午夜区，大家告诫他要注意吸血乌贼，皮医生前往午夜区帮助了吸血乌贼。

皮医生帮海底生物看病，他遇到了黑带锉鳞鲀，黑带锉鳞鲀让大家很疑惑，因为呱唧的误失，黑带锉鳞鲀被卡在了小空间，皮医生救助了黑带锉鳞鲀。

海底小纵队发现了一块未探索的水域，呱唧独自一人前往探索，他发现了一只蜘蛛蟹，巨型蜘蛛蟹被蛤蜊夹住了腿，大家帮助了巨型蜘蛛蟹。

呱唧独自乘潜艇出海，他的潜艇丢失了，大家前去寻找呱唧的潜艇，他们来到巨藻林找到了潜艇。

呱唧和巴克队长等一行被困住了，皮医生听到海底寄居蟹的求助，皮医生帮助寄居蟹脱了险，巴克队长为寄居蟹又找到了一个新的海螺壳。

海底小纵队遇到了一条鲨鱼，他们成功摆脱了鲨鱼，一条引水鱼跟着进来帮助大家清理了潜艇。

海底小纵队用超声波把冰块切开，采集冰块样本，他们发现一条白鲸被困住了，皮医生用木琴演奏音乐帮助白鲸脱离了冰面。

巴克队长和呱唧听到海底发出一阵阵怪声，原来是一只滑海参被石头压伤了。巴克队长呼叫皮医生赶来拯救滑海参。在大家的精心照料之下，滑海参终于恢复了。

突突兔向伙伴们介绍自己的朋友——海龟桑迪。海龟桑迪想要赶回自己出生的海滩，突突兔送给桑迪一个好友定位仪。桑迪遇到大漩涡，最终，海底小纵队帮助桑迪到达目的地。

海底小纵队的章鱼堡来到了北大西洋，呱唧想起了爷爷的沉船事件。巴克队长决定带领海底小纵队去冒险，他们找到了呱唧爷爷的望远镜。

巴克队长和皮医生被冰山困住了，在巴克队长的命令下，呱唧决定自己去拯救巴克队长，却偶遇北极虎鲸。最终，北极虎鲸和呱唧一起拯救了巴克队长和皮医生。

海星闪闪迷失在章鱼堡，找不到回家的路，巴克队长决定和小纵队一起送闪闪回家。巴克队长和队员们根据闪闪的外形，一路寻找闪闪的同伴，以便让闪闪回家。

皮医生和呱唧在海底遇到了大果冻，收到消息的巴克队长带领队员们前去一探究竟。大果冻受伤了，皮医生帮助大果冻恢复了健康。可是，皮医生不小心进入大果冻的体内，大家一起想办法拯救皮医生。

达西西在海底偶遇鼓虾，她想尽办法拍摄海底生物，却给自己带来了危险。达西西和大伙失去了联系，巴克队长和小纵队启动灯笼鱼艇，去救达西西。

冰托来到章鱼堡，皮医生十分开心。章鱼堡突然收到孔雀鱼艇的求救信号，原来是达西西和谢灵通被困在巨藻丛林了。于是，巴克队长带领小纵队来到巨藻丛林，进行大拯救。

皮医生和谢灵通发现了处于危险中的象海豹，谢灵通把消息传回章鱼堡，向巴克队长寻求帮助，希望能及时拯救象海豹。

呱唧一个人开着鱼艇，出海去了。一条沙丁鱼不巧遇到了一条大鲨鱼，正处于危险之时，被呱唧救了。呱唧决定把沙丁鱼送往鱼群，却被旧渔网缠住。

巴克队长和小纵队跟随鳗鱼，想要去了解一些事情。谢灵通一路上认真记录鳗鱼的生活习性。一条小鳗鱼不小心掉入洞中，受伤了，海底小纵队帮助鳗鱼恢复了健康。

巴克队长和队员们来到珊瑚礁，皮医生决定帮助珊瑚体检。皮医生发现珊瑚变白了，十分危险。原来珊瑚礁生病了，巴克队长命令小纵队们协助皮医生做移植手术，让珊瑚们恢复健康。

呱唧发现一张藏宝图，海底小纵队想去鹦鹉岛寻找宝藏，他们遇到了一条可以变色的海盗鹦嘴鱼，鹦嘴鱼也参与到他们的寻宝任务，随后大家发现了更多的鹦嘴鱼。

海底小纵队发现了一条电鳐鱼，电鳐鱼可以放电。电鳐鱼也可以产生巨大的电流，给电池充电，它正好给缺电的章鱼堡充好了电。

巴克队长要求大家到海底午夜区去寻找神奇生物，填补书中的空缺，队员们开着灯笼鱼艇深入海底发现了许多奇怪的生物。

呱唧发现了一条蓝鲸，蓝鲸一翻身，海底产生了大漩涡，蓝鲸的声呐出现了问题，无法定位。呱唧帮助糊涂的蓝鲸找到了同伴。

海底小纵队在吃饭时发现了海马，认识了珍妮丝和桑尼。一场大风暴卷走了它们，而且海马爸爸桑尼就快要生小海马了。通过海底小纵队的帮助，桑尼顺利生下了它们的小宝宝。

海底小纵队在沙滩上发现了一只受伤的小螃蟹，原来小螃蟹和它朋友居住的石头被集群海葵占领了。皮医生制止了两群海葵为争夺石头的战斗，也帮助了小螃蟹们回到了自己的家园。

巴克队长的罗盘在小萝卜玩耍时飞到了章鱼堡舱门外。通过定位，海底小纵队发现罗盘飘到了一个有着怪兽的恐怖海湾里。最终，海底小纵队找到了罗盘也发现了原来怪兽是一只乌贼。

柠檬鲨鼻子上的感受器撞坏了导致自己迷路了。皮医生帮助柠檬鲨包扎了鼻子，可是柠檬鲨在章鱼堡旁边游玩时迷路了，搁浅到了沙滩上，海底小纵队帮助它回到了海里。随后皮医生在治疗受伤的海星时被困住，康复后的柠檬鲨帮助皮医生顺利地脱离了险境。

呱唧发现了一群海豚，他追随着海豚队伍，一只小海豚走失了，海底小纵队决定帮小海豚找到妈妈，最终小海豚回到妈妈的身边。

皮医生救助了受伤的小海参，皮医生在送小海参回家时被困在了深渊，这时候他发现了一条幽灵鱼，幽灵鱼通体发光，头部是透明的，幽灵鱼并不可怕，它还帮助了皮医生。

皮医生的弟弟冰托帮助哥哥一起救助海洋生物。海底小纵队发现一个很长的怪物，其实那是一条超长的皇带鱼。

呱唧和皮医生找到了各种颜色的海草，但因为呱唧的操作失误，他们的潜艇被海草缠住了，呱唧和皮医生发现了一条两栖鱼类梳齿鳚，这条鱼可以在陆地上行走。

海底小纵队要举行海藻宴会，花园中的红海藻吸引来了三只海鬣蜥，它们把海藻都吃完了。海底小纵队在追海鬣蜥的时候，潜艇被海藻缠住了，海鬣蜥帮他们把海藻吃了，并帮他们找到了用来举行宴会的海藻。

海底小纵队在追踪鲸鲨觅食时，皮医生遇到了一只迷你灯笼鲨，它想请皮医生帮它把背上的贝壳去掉。鲸鲨游动的气流把迷你灯笼鲨推到深海去了，海底小纵队连忙去寻找它。