第 2 季

皮医生给鹦哥鱼进行体检时，一条大白鲨游过来想要吃掉皮医生，大白鲨不小心弄伤了鳍，皮医生为它进行治疗。

一条海蛇来到了章鱼堡，被皮医生发现了，海蛇妈妈产下六只海蛇宝宝，海底小纵队帮助海蛇妈妈寻找海蛇宝宝。

海底小纵队开到了南极洲，阿德利企鹅刚孵化出来小企鹅，呱唧和皮医生前来帮忙照看阿德利小企鹅。

呱唧开着潜艇和飞鱼比赛，他发现了一个大椰子，为了开椰子，海底小纵队寻找椰子蟹，椰子蟹不习水性，椰子蟹宝宝掉进水里，海底小纵队开始搜救椰子蟹宝宝。

海底小纵队在海底前行，一只巨枪乌贼拖走了章鱼堡，呱唧和巴克队长亲自去和巨枪乌贼较量，一群抹香鲸冲过来，海底小纵队及时救了巨枪乌贼。

巴克队长提醒海底生物洋流强大，要注意安全。皮医生发现很多后颌鱼卵，他将鱼卵及时还给后颌鱼爸爸。

呱唧独自前往海底去探险，一只剑鱼袭击了他，剑鱼的剑损伤了，皮医生为它包扎好了。

招潮蟹利用钳子挖地道保护自己，风暴来临，海底小纵队决心帮助招潮蟹。

呱唧邀请皮医生一起打乒乓球，皮医生告诉呱唧，要帮助密斑刺鲀治疗身上的伤。密斑刺鲀刚刚告别皮医生和巴克队长，迎面游来一条鲸鲨，吞下了密斑刺鲀。海底小纵队展开救援。

达西西在进行海底生物摄影的时候，意外遇到受伤的魔鬼鱼。达西西将魔鬼鱼带回章鱼堡，皮医生帮助治疗魔鬼鱼身上的伤。海底小纵队帮助魔鬼鱼找到秘密聚食地。

皮医生好心帮助小抹香鲸，没想到给大家带来危险。紧急时刻，巴克队长向海底小纵队寻求帮助，躲过一劫。在皮医生的帮助下，胆小的抹香鲸学会了潜水。

吸血乌贼来到章鱼堡，告诉巴克队长，深海区出现受伤生物哭泣的声音，巴克队长命令皮医生开着孔雀鱼艇去海底搜查。呱唧和皮医生来到海底，找到了传出呼救声的长臂乌贼。

海底小纵队发现弓头鲸，弓头鲸很大又结实，它们还可以发出巨大的声音。有三只独角鲸被困在了冰下，海底小纵队破不开冰层，他们找到弓头鲸来帮忙。

海藻用完了，小萝卜没办法做饭了，海底小纵队去寻找海藻，他们发现珊瑚礁生病了，皮医生为它们检查。雀鲷守护着海藻，巴克队长想出办法引开雀鲷去采集海藻。

巴克队长和皮医生一起送病人回家的路上，遇到了隆头鹦哥鱼。巴克队长回到海面，大家观看到了流星雨。一颗流星径直砸向章鱼堡，章鱼堡面临危险。

洋流变强了，谢灵通和达西西的孔雀鱼艇差点被海藻困住。这时，叶海龙也遇到了困难。谢灵通和达西西回来时，不小心将小叶海龙带回了章鱼堡。

正在海面行驶的巴克队长从达西西那里得知大风暴即将逼近，巴克队长打算立即前往深海水域，却被闪电击中，掉往海底，遇到了海牛。为了保护海牛不被闪电击中，巴克队长再次启动章鱼警报。

小萝卜们长水痘了，为了让小萝卜们赶紧恢复健康，巴克队长和呱唧不停给它们喝海藻汤。在外寻找红藻的皮医生，不小心将红藻掉往海鳗的家里，大家一起想办法拿回红藻，谢灵通提议找拟态章鱼来帮助大家。

达西西和谢灵通到深海寻找章鱼浮标测量水温，达西西从接收器上得知天气情况不太好，可能随时出现海龙卷。并将紧急消息发往章鱼堡的巴克队长。巴克队长带领小纵队开始行动。

海豚们来到章鱼堡，告知巴克队长海底出现怪物。巴克队长决定带领小纵队前去一探究竟。巴克队长、呱唧和皮医生分别发现了海底怪物，呱唧被袭击。回到章鱼堡后，谢灵通调查得知，原来那是一只湾鳄。

达西西和伙伴们正在试穿章鱼超能服，呱唧感到好奇。教授分发任务，与呱唧一起出海种植珊瑚了。吞噬鳗突然袭击，教授幸运逃过一劫。可是，执行完任务的呱唧和教授遇到了危险。

皮医生和巴克队长到深海检查完珊瑚礁，正准备回章鱼堡的时候，遇到了狮子鱼。巴克队长向谢灵通求救，谢灵通告知狮子鱼的危害性。巴克队长打算把狮子鱼送回家。

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