第 3 季

巴克队长等来到熔岩隧道，将测量岩浆的温度。皮医生偶然发现一块会说话的岩石，原来是小型生物水熊虫。水熊虫不小心掉进熔岩隧道，巴克队长决定带领小纵队去熔岩隧道搜救。

章鱼堡周边出现一些红树种子，巴克队长命令植物鱼前往与谢灵通汇合，收集红树种子。却被梭鱼跟踪，植物鱼遇到了危险。

章鱼堡遇到岩礁和急流，巴克队长手动驾驶章鱼堡，逃过一劫。呱唧无意中拿到了鸡心螺，被鸡心螺袭击中毒。巴克队长命令大伙寻找逃跑的鸡心螺，以解除危机。

突突兔的小丑鱼艇遇到了麻烦。章鱼堡即将遇到飓风，巴克队长发出警报，命令呱唧、谢灵通和突突兔做好应急准备，以躲避风暴。飓风过后，鱼礁被风暴破坏了。海底小纵队帮助小鱼们建了一座人工鱼礁。

巴克队长和呱唧到北极探险，找到了白胡子的宝藏。可是钥匙不小心掉入水中，巴克队长和呱唧分头寻找钥匙，呱唧偶遇座头鲸。

一阵急流之后，章鱼堡恢复了平静，但是河里的动物被冲走了。巴克队长命令小纵队启动章鱼警报，去上游帮助遇到麻烦的生物们。

红树林被淹没了，巴克队长等前去一探究竟。在返回鱼艇的时候，发现弹涂鱼跑进各自的头盔里。了解了弹涂鱼们目前面临的困境，海底小纵队决定帮助弹涂鱼寻找到新的地方安生。

皮医生又开始给生物们做体检了，一只老水母也来检查身体。闻声而来的乌龟，把老水母吓着了，变成了水母宝宝。皮医生十分好奇。原来这是一只会变身的灯塔水母。

一群不明生物正向章鱼堡游来，新的任务即将开始。呱唧感觉很无聊，巴克队长让呱唧帮助突突兔修理鱼艇。呱唧驾驶鱼艇独自离开，却偶遇一群水黾。狂风来袭，新的危机又要来临。

章鱼堡周围出现不明生物，谢灵通通过海洋生物大全查询到这是一只巨型管水母。教授和谢灵通向大家解读管水母。就在这时，管水母游走了。达西西和呱唧决定驾驶孔雀鱼艇追寻管水母。

谢灵通带领大伙去海藻林见一个朋友，路途中偶遇被破坏的海藻，十分危险，原来是红海胆入侵了海藻林。谢灵通遇到了姐姐珍珠，珍珠带着大伙来到海面，见到了谢灵通出生不久的外甥。

皮医生帮助狮鬃水母恢复了健康，其他生物也来找皮医生检查身体。突突兔检修章鱼堡的时候，打开了门，却不小心把狮鬃水母吸了进来，令章鱼堡状况百出。

皮医生检查完最后一位病人的身体后，巴克队长命令皮医生前往发射台。原来巴克队长带来很多受伤的鹈鹕，皮医生展开紧急救援工作。

谢灵通在海底发现了一群双髻鲨幼鲨，正在学习猎食的双髻鲨误以为谢灵通驾驶的舰艇是魔鬼鱼，而发起进攻。魔鬼鱼艇遇到危险，巴克队长带领小纵队前去救援。

谢灵通正在用他的放大镜观察生物，却意外发现一些红石蟹。谢灵通感到情况不妙，并向巴克队长请求支援，海底小纵队要将红石蟹送往它们自己的家园。

章鱼堡前行的路途中，遇到了大洋猪。谢灵通发现情况不妙，得知情况的小纵队决定驾驶舰艇，去帮助被腐烂海藻吸引的大洋猪，避免其掉入海沟。

海绵体内有很多小生物，他要为海绵体内的小生物找居住地，最后皮医生在海绵体内发现了一只鲸虱。为了帮助海绵，大家帮助鲸虱找寄生体鲸鱼。

海底小纵队在海底遨游，突然发生海底地震，巴克队长和呱唧因此失踪，呱唧发现了一只红海龟，红海龟的头和蹼太大，无法缩进龟壳。

一只港海豹哈里来到章鱼堡，它要为大家寻找一条小鱼诺拉，港海豹的胡须可以侦测到小鱼发出的水波，哈里和皮医生一起寻找小鱼诺拉。

突突兔安排大家首次试航马蹄蟹艇，他们准备在午夜区测试。大家在测试的过程中发现了雪人蟹，雪人蟹身上的味道很重。