重启

终极之战，在黄金幻影忍者击败黑暗之主之后，幻影忍者王国几乎成了一片废墟。市民们团结一致，将几乎废弃的幻影忍者城重新改造成了新幻影忍者城，这里也逐渐成为先进技术的中心。人们的生活恢复平和，需要忍者来征恶扬善的时代已经结束，人们不再需要幻影忍者们了。

新幻影忍者城陷入恐慌，全城都在搜查忍者。电子黑暗之主从电子监狱里逃出，但是他失去了自己的躯体，只能躲在机器里等待复仇的机会。他命人去找黄金忍者，只有吸取了黄金忍者的力量，他才能完全恢复自己的身体。吴大师被电子黑暗之主绑架，他试图读取吴大师的记忆来寻找黄金忍者的线索。

劳埃德现在已经是黄金忍者，但是他还无法完全掌握自己的力量，所以他现在在山顶接受特训。幻影忍者们的藏身地已经被电子黑暗之主知晓，他们随时都有可能被电子黑暗之主袭击。劳埃德希望能早点去营救伙伴，但是他首先必须要让自己成为一名合格的黄金幻影忍者。

吴大师被电子黑暗之主改造成半人半机器，现在的吴大师已经不认得幻影忍者们了。新幻影忍者城的电力已经中断很久，城市里的人们开始拉帮结派，反对外来者。幻影忍者们回到新幻影忍者城，他们一进城就遭到了人们的围堵，幸好博格出来解围。现在硬盘与黑暗之主的电子形态被偷，只有先找到硬盘才能用智能武器去抹掉电子形态的黑暗之主。

劳埃德被派梭绑架，博格正在制造机器，他计划将幻影忍者们数码化，这样幻影忍者们就可以在数码世界里面与电子黑暗之主进行战斗。但是这样做有一定的风险，他们不知道在数码世界里会发生什么事情。正当博格准备把忍者们送入数码世界之时，暴动的群众冲进来指责博格私吞能源。

深海里，派梭派人打捞上来了一台机器，他要用这台机器来做什么呢？另一方面，劳埃德将自己的黄金幻影忍者能量分给了其他幻影忍者，大家都获得了自己的元素力量。派梭现在进行的一切动作都是按照黑暗之主的计划行动，其实现在黑暗之主就藏身在派梭的体内。

幻影忍者们被困飞船里飞上了太空，他们必须赶在敌人把黄金武器拿给黑暗之主之前回去。现在他们首先要做的就是想法进入飞船的操纵空间，这样才能返回地球。但是要进入飞船只能通过气阀，那样就必须暴露在太空空间中，太空里是没有氧气的，忍者们要怎么做才能避免窒息进入飞船的操纵间呢？

幻影忍者们找到了黄金武器掉落的地方，遗憾的是黄金武器已经被敌人掠走。黑暗之主下令将黄金武器融化制成金色盔甲，他打算自己穿上金色盔甲成为黄金大师实施邪恶计划。新幻影忍者城即将遭受灭顶之灾，但幻影忍者们却被困在另外一个星球无法脱身。幻影忍者们要怎么做才能返回地球拯救新幻影忍者城呢？