第 6 季

克隆人士兵锤头发生了严重的神经紊乱（66号指令提前激活），并造成了一名绝地大师的死亡。为了找出他的行事动机，阿纳金护送锤头回到卡米诺星球进行检查。

为了找出克隆人士兵锤头突然杀害绝地大师的动机，他被送到卡米诺的无菌实验室接受医疗检查。为了检查能够成功，士兵五号必须深入到锤头的内心深处。

克隆人士兵锤头被送回科洛桑，他的身体将在那里接受议长私人医生的检查。士兵五号也在调查这一事件。

五号仍在试图找出有关克隆人士兵锤头奇怪行为的真相，调查中，他发现了66号指令的真相。他希望能够和最高议长单独谈谈，却随即发现自己被指控试图刺杀议长。

在西庇阿主持慈善活动期间，帕德梅·阿米达拉被一位老朋友拉什·克洛维斯请求帮他揭露银行业集团的腐败。

回到科洛桑后，克洛维斯，这位已知的共和国的叛徒，做了一笔能够让他成为银行业集团首脑的可疑交易。

在和杜库伯爵完成一笔交易以拯救危若累卵的银行业集团后，克洛维斯发现自己不过是杜库计划中的一枚棋子。

和平世界Bardotta及其神秘之道受到古老预言的威胁，而它的最高精神领袖们都已经消失了。

加·加·宾克斯爱着的Bardotta女王朱利亚被嗜血的Frangawl Colt绑架以完成一个黑暗的古老预言。

在一次绝地任务中发现了一柄光剑，它属于很久之前死去的赛福-迪亚斯大师。这促使尤达、欧比旺和阿纳金开始调查这起发生于十年之前的消失事件。

尤达深感不安，因为他听到了来自坟墓的声音——奎刚·金的声音。

在原力的指导下，尤达航行到银河系的中心，来到了一个古老的世界，这个世界是原力和纤原体之源。

经历许多艰苦的考验后，尤达前往古老的西斯家园莫拉班，在那里他必须面对意欲统治整个银河系的邪恶势力。