第 2 季

“潘多拉”持续进行电视广播的电波劫持。他们向日本全国的超能力者呼吁参加潘多拉。另一方面，巴贝尔全力倾注于电波发源地的特定，但依然不明。

在某山间小屋，少女们和“野猫”正在进行联合训练。另一方面，皆本被局长带到了巴贝尔的某个设施。那里沉睡着与巴贝尔创立相关的元老。

中了蕾见作战的少女们深深地伤害了皆本。勃然大怒的皆本，提出要辞去少女们的负责主任。没想到事情会变得如此严重的三人哭着道歉，但皆本不肯原谅……

因预知到超能力犯罪者将袭击银行而出动在即的皆本，被蕾见叫住。显示器上显示的，是少女们可能会变成恶魔的冲击性预知。

配合皆本的京都出差，葵决定回老家。此时，美利坚的超能力者“The Liberty Bell”的健·麦圭尔出现了。皆本的出差，是给追踪超能力犯罪者的健当向导。

在皆本和葵去京都期间，贤木为了瞄准照顾薰和紫穗的胧，来到了皆本的公寓。但是，预料落空，胧将两人托付给贤木后返回岗位。此时，薰和紫穗开始了游戏对决。

小学远足的日子。因为是第一次远足，少女们三人都很兴奋。尤其是薰，对这次远足还有另一个期待。那就是皆本亲手做的便当。

大规模生物危害（Bio-Hazard）被预知。赶赴现场的少女们三人在走廊目击到倒下的职员们。仔细一看，职员们头上都有大包。紫穗用接触感应探查后……

背叛巴贝尔投靠“潘多拉”的九具津，盗走大量“限定版萌贺酱”后逃走。追踪此事的巴贝尔特务超能力者“The Hound”的明和初音。以及，作为指挥官，还有一位陌生的年轻女性。

放学后的二条女子高中美术室里，有“野猫”梅枝直美，以及用灵巧的手插着百合花的美貌教师琉璃子的身影。在夕阳照射的安静教室里，两人静静地对视着……

驻日美利坚超能力小组的健和玛丽，以及格里沙姆在本国与犯罪超能力者交战。数日后，健等人查明那个犯罪超能力者是一个名为“暗黑幽灵”的犯罪组织成员。

少女们借助“三重推进”的力量成功击退了“暗黑幽灵”。兵部表示，帮助即将到来的未来中薰诞生的，毫无疑问正是皆本。对兵部的话感到苦恼的皆本……

因“造梦者”黑卷的能力而持续沉睡的皆本。薰拜访兵部，希望能唤醒皆本。作为交换条件，兵部企图将薰留在自己身边。此时葵和紫穗也赶来了。

在暴风雪的雪山中前进的少女们和皆本，正前往蕾见管理官的别墅——旧蕾见男爵家别墅。那时，其他巴贝尔的成员们也聚集在别墅。在蕾见的安排下，众人在别墅放松身心。

桐壶和皆本等人，正受到将少女们力量视为危险的政府高官的审问。高官们列举至今为止发生的诸多器物损坏事例，以及“悬案事项666号”，诉说少女们的危险性。

超能力犯罪组织“暗黑幽灵”（Black Phantom）的据点中，对其首领对少女们产生兴趣，正打算派遣刺客前往日本。此时，在日本，薰正打算和皆本一起前往巴贝尔的研究设施。

少女们正在进行模拟宇宙空间任务的训练。这是为了日美联合项目“国际月球空间站”建设所做的准备。作为第一阶段，五天后将进行航天飞机发射。

由于美利坚进行的高水平超能力者开发实验，在卡萝莱娜体内诞生的人格——卡莉。大学时代的皆本曾是年幼人格卡莉的代理抚养人。那对她来说是无可替代的存在……

测定小学生潜在超能力的“全国统一ESP检查”时期到来。少女们就读的六条院小学也要实施，但为守护她们的秘密，皆本等人被动员为工作人员。

皆本因训练暂时离家，少女们三人显得无精打采。放学途中，一本笔记本从她们上空落下。这本看似平平无奇的笔记本，是一本写下的事会变成现实的笔记本。

深夜，皆本被蕾见管理官叫出。事情是关于“悬案事项666号”的谈话。据她所说，“The Children”化身为给世界带来破坏的恶魔的概率，比之前进一步上升了。

少女们在高级酒店执行逮捕罪犯的任务。期间，遭到意外反击，皆本险些……危急关头被薰所救。但薰却无法控制力量。检查结果发现，薰的脑部有细微损伤。

为解决问题而出动的谷崎主任遭不明人物袭击，被发现时处于失忆状态。被发现时，谷崎手中紧握着蓟花。而此时，少女们也接到了出动请求。

被神秘敌人夺走记忆、精神回到10年前的皆本。更因兵部京介的催眠能力，视觉信息被操作为10年前的模样。存在于那里的，是毫无疑问的10岁皆本少年。

以真正解放超能力者为目标持续活动的“潘多拉”（P.A.N.D.R.A.），日益扩大其势力。另一方面，在巴贝尔和皆本的指导下活跃的少女们，也在切实地不断成长。然后，时光流逝……