第 3 季

金刚狼的旧情人小山由里子（之后成为死亡之吻） 诱骗他进入莫洛克人隧道深处追查过去的恩怨。在篮球场上突然接到召唤后，金刚狼、变种人高手和罗刹女一同陷入危机，却意外发现了一艘外星飞船，揭开了未来宇宙事件的序幕

X战警发现那艘外星飞船里关押着能够吸收精神的恶灵“精神吞噬者”。X教授意识到这些怪物正是造成他幻觉的根源。队伍合力击败敌人并拯救被困灵魂，同时死亡之吻暂时放弃复仇离开。

琴·格雷深受外星宇宙能量影响，力量骤增。X战警的队伍必须帮助她应对这股未知力量，同时应对来自高等外星帝国 “席尔帝国” 的威胁，他们密切注视着凤凰力量的动向。

琴面对心灵的侵扰和力量失控，X教授前往灵岛疗伤并试图恢复队伍稳定。同时外星势力与内部干扰不断逼近，逼迫X战警在宇宙与精神层面承担更大的责任。

X战警与海妖前往营救希阿皇室成员莉兰德拉，途径险境遭遇战斗巨兽与希阿帝国护卫队。琴的力量在战斗中愈发显现，团队齐心协力应对新威胁。

星际海盗组织突然出现，劫持了能量水晶并引发宇宙混乱。X战警与星际海盗之间爆发激烈战斗，而琴的力量成为所有势力争夺的焦点。

琴的凤凰力量进一步觉醒，X战警不仅要帮她掌控力量，还要面对她内心深处的恐惧与光明潜能之间的冲突。团队开始认识到凤凰力量的真正意义。

X战警前往蛮荒之地，试图阻止古老恶势力复活。然而野性的环境使行动更加凶险，X战警成员必须面对内心与外界的双重困境

进入蛮荒之地深处，X战警继续与古老敌人战斗，并逐渐发现敌人真正的目标。队伍内部团结与牺牲成为克敌关键。

天使深受复仇与毁灭性企图所困，对古老的反派天启产生强烈执念。X战警成员必须处理队中分裂，同时应对意想不到的威胁。

琴·格雷在希阿帝国审判中获得片刻自由，却被“核心集团”操控，使她走向黑暗。X战警必须阻止她成为宇宙灾难的导火索。

被“核心集团”进一步精神控制，黑暗凤凰力量扩张。X战警在现实与心灵之间挣扎，努力唤回琴的本质。

黑暗凤凰全面爆发，她释放毁灭能量威胁宇宙万物。X战警与希阿守卫和众多异族联手抵抗，但黑暗凤凰的力量近乎无敌。

在最终决战中，琴意识到自己力量的真正意义，选择自我牺牲以拯救宇宙。牺牲震撼全场，并改变了X战警队伍未来的发展。

冰人与前队友极因感情纠葛闯入政府设施，与X战警对峙。事态迅速升级，并牵连到X战警与X因子两队之间的误会。

在宇宙危机外延影响下，X战警内部矛盾加剧。队伍意识到只有彼此依赖才能抵御日益强大的威胁，否则每个突变人都将孤立无援。

红坦克卷土重来，对纽约城造成严重威胁。X战警必须联合应对，同时处理红坦克与队伍成员之间的旧恩怨与误会，保护城市安全。

夜行者独自回到地球，与过去的敌人相遇，试图阻止一场城市灾难。他的幽灵般能力在行动中发挥关键作用，但也引发队伍内部信任考验。

金刚狼发现包含自己过去记忆的录像带，引发关于武器X项目的回忆。罗刹女和队伍帮助他探查真相，并阻止潜在威胁。