第 1 季

一位名叫 Milly 的学生因年幼而受到校霸 Sissi 的羞辱和排挤，她寻求泰迪熊的安慰。Milly 认为只有她的泰迪熊才能给她安慰和支持。X.A.N.A.，进入了现实世界，并附身在小熊身上...

Odd 决定和他的朋友们组建一支乐队。但 Jeremie 不会演奏，于是他们想雇一个鼓手。最后，他们找到了最好的鼓手Nicholas。正当大家为是否让Nicholas加入乐队而争论不休时，XANA 正计划让一个电塔超载，通过产生巨大电流，炸毁一座核电站...

Ulrich 和 Jeremie 正在校园的墙上涂鸦，而 Kiwi 吵醒了 Jim，结果惹上了麻烦，不得不在校园里过假期。与此同时，Xana 又发动了攻击，这次她洒出了两种有毒化学品，产生了有害烟雾。Yumi、Aelita 和 Odd 将如何拯救世界...

Sissi找到了一些对 Ulrich 来说非常特别和珍贵的东西，那就是他的日记！不幸的是，日记中包含了一些关于 X.A.N.A.和 Lyoko 的信息。Sissi决定以此要挟 Ulrich。后来，Odd、Ulrich、Sissi 和其他一些学生要去游泳池，他们乘坐的巴士是 X.A.N.A. 的下一个目标。他想把巴士撞进一家化工厂。队员们必须前往 Lyoko，帮助 Aelita 到达圆塔，拯救学生和城市的其他居民。

两个女孩在谈论 Ulrich，然后 Sissi 去打断了她们，并告诉女孩们 Ulrich 隐藏了对她的感情。后来，Odd 和 Ulrich 对 Sissi 做了一个恶作剧，给了她一个关于"真爱"的消息。就在恶作剧进行的同时，小镇上的人们因为一种奇怪的病毒而陷入困境，现在两列火车正在相撞，其中一列火车上的剧毒化学物质会杀死小镇上的人...

Jeremie 正在研究实体化程序，Jeremie 想将 Aelita 物质化，但还需要做准备工作。当晚，Xana 控制了两辆推土机，开始摧毁工厂。Odd 和 Yumi 进入 Lyoko，在那里她掉进了虚空。为了拯救 Yumi 的生命，Jeremie 不得不在实体化她或 Aelita 之间做出选择。

在一次行动后，Yumi的行为变得异常,Jeremie 意识到 真正的Yumi 被 Xana 控制了...

当一位导演来镇上拍摄电影时，Xana 为了消灭 Ulrich 和其他人，附身到一个塑料外星人模型上...

X.A.N.A.控制了人造卫星,企图利用威力极强的激光炮来攻击小队们...

Jeremie 与 Aelita 失去了联系。同一天，一个名叫 Taelia 的新同学来到了学校，她和 Aelita 长得很像。Jeremie 确信 Taelia 是 Aelita 的虚拟化，但其他人却不太确定。与此同时，Xana拥有了Yumi为一个项目带来的古代武士盔甲，并要杀死Jeremie和其他人。Jeremie 带着 Taelia 前往实验室，希望她能克服 "失忆症"，记起自己是 Aelita。但当 Jeremie 发现自己错了吗？

Jeremie得知他必须参加一个测试。如果他通过了，就会被转到一所新学校，到时将没有人能阻止 XANA。说到这里，Xana 控制了一群老鼠。这群老鼠袭击了学校，让学校几乎寸步难行。Ulrich、Yumi 和 Odd 把 Jim、Sissi 和其他人带到屋顶，然后前往实验室。Ulrich 和 Odd 被虚拟化，而 Yumi 控制着超级计算机。Jeremie 暂时离开了，小队还有机会吗？

一天晚上，Ulrich 在门缝里发现了一封神秘的信......一封署名 Yumi 的情书！Ulrich 纠结于自己的感情和如何告诉 Yumi 他对她的感觉。与此同时，Xana 感染了一窝蜜蜂...

Jeremie 仍在尝试将 Aelita 母细胞化。他把小队成员叫到工厂，向他们展示他的最新开发成果。不幸的是，他没有意识到自己按多了一个按钮，因此搞砸了 Aelita 的程序，出现了一大堆错误。就在 Jeremie 试图从字面上解决这些 bug 时，Xana 发动了攻击，放出冲击波，使 Odd、两名小记者和 Kiwi 处于危险之中。Jeremie 是否愿意为了救朋友而让 Aelita 被删除呢？

今天是 Jeremie 和小队成员与 Aelita 相遇的纪念日。小队成员开始计划给她一个惊喜，却不知道 Sissi 在暗中观察。当 Jeremie 和 Odd 试图打开工厂电梯时，电梯却无法运行。他们去控制室查看出了什么问题，Xana 利用控制室里的机器攻击了他们...

在科学课上看到笑气之后，Lyoko 小队不得不再次看到它--为 Xana 工作。在为 Sissy 参与学校编排的《罗密欧与朱丽叶》时，Ulrich 和 Yumi 被笑气制服了，Jeremie 和 Odd 在工厂里也有点吃不消。当然，这也导致了数据传输错误，让 Odd 连走路都成问题，更不用说击退 Xana 的成群怪物了。Aelita 单飞，团队中有三人情况危急，小队们真的会笑着死去吗？

匆匆踢完一场球后，Yumi 回家过夜，但 Odd 和 Ulrich 进饭堂吃晚饭时，Jeremie决定去看看 Aelita，结果 Yumi 跟着他去了。在其他人大快朵颐留下的甜点时，Odd和 Ulrich 陷入了Xana的陷阱。饭堂不仅通了电，屋顶还随时可能坍塌。Yumi 能否成为我们的英雄，把 Aelita 带到圆塔呢？

当 Ulrich 了解到纳米医生（NanoDoctors）--一种被设计用来治疗疾病的小型机器人--时，他拿着一些凝胶。Odd恶作剧地把凝胶推到 Ulrich 的脸上，几分钟后，Ulrich 突然晕倒并失去了记忆。奇怪的是，失忆症传遍了整个学校，Jeremie 和Odd认为是 Xana 在作怪...

Odd 下载的一首新摇滚歌曲让他陷入昏迷，同样的歌曲在学校里流传。Xana的新节拍就是原因，他可以在任何地方播放。医院里的病例爆满，Odd 的心脏每跳动一下都会变得更加虚弱。但是，当工厂里开始播放这首曲子时，小队成员们是否能明白音乐的作用不仅仅是抚慰心灵？Aelita能否拯救他们？

Jeremie 正在推进他的物质化程序。他虚拟了自己，但系统中没有足够的内存来完成传输，Jeremie 被夹在了两个世界之间。要完成传送回现实所需的内存超过了工厂所拥有的内存，如果Lyoko小队不抓紧时间，Jeremie 就会被当作旧文件删除，Yumi 能否挑起大梁？

Herb 和 Jeremie 都参加了机器人比赛，Herb 的机器人是 "Iron Sissy"，而 Jeremie 的机器人是 "Kiwi 2"。Herb耍诈，从"Iron Sissy"上发射齿轮摧毁了 "Kiwi 2"。与此同时，Xana 的计划是利用制造机器人。Ulrich 和 Yumi 在 Herb 的帮助下，拖延了 Xana 机器人的速度。Jeremie 发现 Xana 在工厂里制造了机器人，并破坏了通往 Lyoko 的电脑...

Ulrich参加学校的足球比赛,他的爸妈也来看他... Xana发动袭击,把整间学校的重力减低,而Yumi和Odd正陷入苦战, Aelita冒险一试....

Ulrich 厌倦了多次被重启，也厌倦了等待知道 Yumi 是否对他有感觉。他以为这些是他唯一的烦恼，Xana 的最新攻击相当致命。他断开了扫描仪的连接，如果他或任何成员失去所有生命值，扫描仪不会让他们返回现实世界。他们可能会死在 Lyoko...

Odd认识了一位女朋友Samantha,为了她Odd承认自己偷窃... Xana发动袭击,将整个城市的建筑物不断下沉,并浸没,此时Odd的女朋友还被困...

Odd、Ulrich 和 Yumi 困在了一个和学校一模一样的虚拟世界里。在 Aelita 的帮助下，Jeremy 到达了虚拟世界，并试图让朋友们相信他才是真正的 Jeremy...

就在 Jeremie 为 Aelita 完善他的物质化程序时，Yumi、Ulrich 和 Odd 正在为她的到来做准备。但就在他们即将成功之际，Jim 的偏执却加剧了 Xana 所引发的糟糕局面...

Aelita 被实体化了，但不幸的是，Xana 在 Aelita 体内植入了病毒，所以如果 Xana 被消灭，Aelita 也会死。一帮人正在和 Aelita 讨论，寻找抗病毒的方法...