第 2 季

Jeremie努力寻找新的、更好的方法来对抗 Xana。为此，他为小队开发了新的交通工具。同时他还开发了一种新的圆塔扫描程序，可以即时检测到已激活的圆塔，让 Aelita 得以在现实生活。在适应新生活的同时，全班同学到附近的森林进行了一次科学考察。Ulrich 想和 Yumi 搭档，但她已经和一个叫 William 的人搭档了...

当 Aelita 适应她在地球上的新生活时，Jeremie 和其他人调查了隐秘小屋的主人 Franz Hopper，以及他与超级计算机 Lyoko 和 Xana 的联系。他们发现Franz Hopper其实是学校的前任老师。被 Sissi 捉弄后，Aelita 退却到 Lyoko，但却迷路了。Jeremie 在 Lyoko 以前未被发现的第五个区域找到了她...

发现迦太基地区后，大家决定前往探索。Yumi 在深夜持续前往 Lyoko 引起父母注意后，被迫选择退出。在迦太基地区，Ulrich 和 Odd 被实体化了，但却没有出现在现实世界中，于是 Yumi 溜出家门去 Lyoko，从钵水母纲手中救出 Aelita，而 Jeremie 则寻找找回 Odd 和 Ulrich 的方法...

Xana控制了时光倒流程序,并不断使用时光倒流程序,众人都摸不着头脑, 不管怎样决定先锁定圆塔, 同时Xana终于能够控制人类,第一个控制的就是Sissi ...

当 Aelita 的梦境和幻觉变得让人无法忽视时，一行人前往隐秘小屋探寻梦境和幻觉的来源。在那里，Aelita 发现了一个玩偶，她莫名其妙地认出这个玩偶就是 Pück 先生。这个玩偶身上藏着一把火车站储物柜的钥匙，里面装着Franz Hopper的加密日记。发现这本日记后，Xana 采取了行动，附身在 Jeremie 身上，以确保他们永远无法读取这本日记。当他们解除了塔的功能，当Jeremie 醒过来时，Yumi 向 Jeremie 解释了为什么 Xana 可以附身在他身上，而不是 Ulrich、Aelita、Odd 或 Yumi。

今天是情人节，空气中弥漫着爱的气息。Ulrich 忘记了，于是为 Yumi 写了一首诗。然而，当 William 送花给 Yumi 时，Ulrich 吃醋了，他把诗读给 Sissi 听，希望引起 Yumi 的嫉妒。两人最终吵了起来，不知道对方是否真的喜欢自己。另外，一个被 Xana 附身的人在 Aelita 家门口留下了一条项链...

学校在体育馆举办音乐会时，William 不小心掉了一块 DJ 比赛用的混音板。Odd 提议修好它，并试图让 Jeremie 帮忙。Jeremie 忙不过来，Aelita 便主动帮忙。她很容易就修好了设备，并发现自己在这方面很有天赋。学校也要举行期末考试了，Odd 发现自己丝毫没有准备好。与此同时，Xana 附身在 Jim 身上，把 Aelita 带到工厂，准备把她交给钵水母纲...

在一次前往迦太基地区的任务中，钵水母纲 袭击了 Yumi，偷走了她的人类 DNA，将她困在了 Lyoko。更糟糕的是，今天是她的班级拍照日，如果缺席，她将被停学。经过一番讨论，Ulrich 想出了让 Sissi 代替 Yumi 的主意。奇怪的是，Sissi 居然同意了，而且不要求任何回报。在此期间，Jeremie 想出了一个让 Yumi 回来的办法...

当 Ulrich 得知 Yumi 可能因为父亲失业而不得不回日本时，他无法接受失去她的事实。不过，在收音机里听到彩票号码后，他有了一个主意。他利用时间倒转的机会赢得了一张中奖号码的彩票，并把它送给了Yumi家。其他人发现后，把他逐出了小队。更糟的是，Xana 启动了一座塔，附身在Nicolas身上。除此之外，他还创造了一支军队来守卫它。

在破译了Franz Hopper的部分日记后，Jeremie 产生了一个想法，那就是制造一个能对抗 Xana的怪物。他将各种技术相结合，制造出了麦尔，这是一个可以无休止复制自己的球体，可以吞噬任何被它包裹的怪物。虽然一开始效果还不错，但当它感应到与 Xana 有关的 Aelita 病毒时，一切都出了问题。在 Odd 为救她而攻击它之后，麦尔失控了...

超级计算机的铀电池能源开始用尽，Xana 被迫附身于罪犯身上，以获取铀电池。超级计算机的定期关机不仅威胁着 Xana，还威胁着 Aelita，每次关机她的心脏都会停止跳动...

众人最近发觉Jeremie做事手法异常,并常用时光倒流程序,时光倒流后发现Jeremie晕倒, 众人在计算机中找到他的日记...

Ulrich 和威廉为了 Yumi 争吵起来。Xana 启动了一座塔，并将红蟹实体化，他袭击了 Yumi 的家，并摧毁了两台扫描仪。Ulrich 被拘留，Yumi 为家人辩护，Odd 在工厂引开了红蟹，Aelita 不得不在没有任何支援的情况下前往圆塔。

当 Xana 附身在Kiwi身上时，小狗变成了一种致命病毒的载体，被它感染的人都会变成僵尸。更糟的是，Aelita 和 Jeremie 被困在食堂里，无法前往工厂。除此之外，Odd 自己也变成了僵尸。Jeremie和 Aelita 逃了出来，但 Ulrich 和其他学生与剩下的人展开了搏斗。

Xana 挟持了校长并绑架了 Odd 和 Yumi，他向 Jeremie 下达了最后通牒：将 Aelita 交给钵水母纲或牺牲 Odd 和 Yumi。然而，Jeremie 和 Aelita 去向 Sissi 求助，Sissi 同意暂时加入拯救父亲和铲除 Xana 的队伍...

普通的实体化程序出现故障和小问题后，Odd 和 Yumi 互换了身体。更糟糕的是，由于被实体化，他们的原子在一段时间后开始分裂，甚至在 Lyoko 上也是如此。一帮人必须在 Odd 和 Yumi 解体并永远消失之前去 Lyoko 解决这个问题，但当 Xana 试图阻止他们时，这并不容易...

Xana 制造了一种名为 "多态幽灵 "的鬼魂，它可以随意改变自己的形状或形态，而且不需要附在宿主身上。在这一集的结尾，Aelita 亲吻了 Jeremie，想看看他会有什么反应...

在迦太基地区探索后，Jeremie 相信自己掌握了治愈 Aelita 病毒的必要数据。在两人研究的同时，Odd、Ulrich 和 Yumi 去参加攀岩比赛。Odd 与 Hervé 比赛，后者不是 Odd 的对手。尽管 Ulrich 很不情愿，William还是劝他参加比赛。比赛中，Ulrich 头晕目眩，摔倒在地。Yumi 发现他一定是得了眩晕症。Ulrich 尴尬地跑开了。与此同时，Jeremie 开发好了反病毒程序并把它交给了 Aelita。尽管在使用过程中出现了一些问题，但它似乎起了作用。然而，好景不长。反病毒程序中的一个错误导致她变成了隐形人。除此之外，她还无法进入圆塔，使她无法阻止 Xana 的攻击...

著名电视新闻报导员访问学校,Odd开心不已,Xana控制了天气,令天气变得严寒, Yumi被大树压住,面临冻死的危机,Odd冒着严寒独自前往工厂...

Aelita 的幻觉再次成为问题，但与之前的幻觉不同。这一次，她看到了她和Franz Hopper被政府特工追捕的幻觉。这些幻觉甚至在她清醒的时候也会出现，导致她在泳池边失去意识。她想知道幻觉的来源，于是前往小屋了解更多有关幻觉的信息...

在学校体检期间，Xana 夺舍了校医 Yolande，并让她绑架了 Aelita。其他人没有办法从比她强大得多的护士手中救出 Aelita。在别无选择的情况下，Jeremie 决定做一个实验，让一个人拥有和 Xana 一样的能力。为此，他必须像 Xana 一样激活一座塔...

Sissi 读到了一个名叫 Leon Corbe 的死者的故事。她设法说服 Ulrich 参加。降神会期间，Xana 的一个鬼魂以四臂怪物的形式出现。众人赶去工厂,但发现超级扫瞄器被破坏了, 他们等人决定分头行事分别到第五空间找数据修复扫瞄器及找出激活圆塔...

Jeremie 发现了五座被激活的塔，于是召集大家去处理它们。然而，当他们到达工厂时，却发现一名男子正在接口处解除塔的功能，好像解除塔的功能是一件很简单的事情。面对询问，此人声称自己正是Franz Hopper。然而，他的到来似乎有些不对劲。Franz Hopper说扫描仪会导致细胞变性，并将这一原因和日记被毁一事归咎于 Jeremie。除了 Aelita，其他人都对他很生气，Jeremie 给父亲打了电话，要求从学校退学，转到一所天才学生学校--但挂断电话后，他在思考自己的困境时，意识到Franz Hopper的解释本身就有问题...

在一部由 Odd 拍摄、Sissi 主演的短片中，Sissi 似乎被鬼魂附身。然而，她并没有像预想的那样行动。相反，她开始用一些奇怪的语言说话，一边说一边盯着 Jeremie。结果她被送进了医务室。后来，她走进 Jeremie 的房间，在一张纸上写下了一些代码。Jeremie 翻译了密码，发现了一条信息，上面写着希望得到帮助...

临近年末，Jeremie 的研究陷入了死胡同。在小组从迦太基地区收集到一些数据后，他计划利用一座塔来破译Franz Hopper的日记。在执行任务之前，Odd 收到了一个神秘女孩的信息。当他去见她时，却遭到 Xana 的一个鬼魂的袭击，并被关进了小屋的一口井里。鬼魂随后变成 Odd 的样子，代替他去了 Lyoko。Xana 激活鬼魂的塔随即失效，这让 Jeremie 感到困惑。他把这件事抛在脑后，开始了破译日记的计划。刚开始不久，鬼魂就反咬一口...

Jeremie开启到Franz Hopper的日记,发觉原来Xana一直偷Aelita的记忆是为了得到Lyoko的钥匙, 取得钥匙Xana便可以离开超级计算机,控制全世界，钵水母纲吸尽了Aelita的记忆...