第 3 季

Xana已经几个月没攻击现实世界了,但Jeremie不敢松懈, 任杰在第五空间发现一条通道通往心脏区,众人看见Lyoko的心脏,并有怪物向心脏发动攻击

在一次与高年级班级其他同学的郊游中，Yumi 发现自己正与 Xana 附身的学生、老师和校车司机对峙。与此同时，Xana 计划通过另一种方式除掉 Lyoko：逐个摧毁每个区。为此，他利用钵水母纲附身在 Aelita 身上，并将 Code:Xana 输入圆塔，删除了森林区。

Xana 通过占有食物来攻击学校 。与此同时，他还通过升起数字海来夺取山地区，但 Odd 和 Aelita 前往 第五空间阻止了他。Xana 也同时对 Lyoko 的核心发动了攻击。

Xana 侵入了一家武器制造厂的计算机网络，并留下了指向 Jeremie 的文件线索，政府特工来到学校寻找他。随后，特工来到工厂。当他们最终追踪到 Jeremie 到工厂时，Xana 夺舍了他们...

回复记忆的Aelita想回当初他爸Franz Hopper送她往Lyoko的情形,Franz Hopper因为虚拟化程序发生问题而在Lyoko内以光的形态出现,但现在谁也不知道Franz Hopper在哪, Aelita跟Jeremie吵架,她擅自跟Odd到第五空间想找出Franz Hopper,同时Xana激活圆塔...

学校的一个小学生Johnny因喜欢 Yumi,Ulrich 让他一直跟着她。Xana控制了一大群乌鸦,袭击 Yumi并重伤, 虽然Aelita 锁定圆塔,但Jeremie 早已被乌鸦袭击, Aelita 再次被钵水母纲捉住并被Xana所控制,虽然Ulrich 奋勇阻止她进入圆塔, 但最后沙漠区也难逃被删除的命运...

被 Yumi 拒绝后，William 将找出她隐藏的秘密作为自己的使命。不久，他设法跟踪 Ulrich 和 Odd 到了工厂，并了解到 Lyoko 和 Xana 的情况。与此同时，在冰原区，钵水母纲附身在Aelita身上，进入了Code:Xana的圆塔...

在离开第五空间之前，Odd 和 Ulrich 被一对螳螂发出的诡异红色光束击中。在一次学校演出中，他们俩最终开始在现实世界中做出奇怪的举动。他们开始把周围的环境、人视为敌人，并像还在 Lyoko 一样战斗。他们被打上了精神病的烙印，住进了医院，而 Jeremie 则试图找出发生了什么事。与此同时，Xana 利用他们的缺陷对 Lyoko 的核心发动了攻击...

当 Xana 破坏了超级计算机后，Lyoko 开始出现奇怪的错误。随着超级计算机的能量迅速耗尽，Jeremie 需要在它完全失去控制之前将其修复。然而，他似乎忘记了男生宿舍检查的事，于是 Jim 迫使他留下。与此同时，Xana 用藤蔓绊倒了除了 Aelita 以外的其他人。由于攻击不断消耗超级计算机的能量，Aelita 故意消灭了 "冰原区"，只留下 "山地区"。

在一次将 Ulrich 直接实体化到第五空间的试验中，他的精神和身体分离了，导致 Ulrich 的身体被困在 Lyoko，而他的精神则被困在地球上。更糟糕的是，Xana 拥有了 Ulrich 的身体，并用它来攻击核心。与此同时，Susan对 Ulrich 的糟糕成绩感到失望，试图把他送进补习班...

当 Odd 抱怨他在 Lyoko 没有像朋友们一样酷的能力时，Jeremie 为他设计了一种传送能力。它成功了，但却在他传送出的山区位置留下了自己的复制品。在尝试了两次之后，Jeremie 将 Odd 虚拟化以找出问题所在，结果意外地创造出了三个复制人...

随着 Xana 的攻击越来越难以应付，小组考虑再增加一名成员，让事情变得简单些。William仍然是首要人选，但尤米仍然不信任他。在 Jeremie 想办法直接前往第五空间的同时，Xana 复制了他，让他代替 Jeremie 的位置。与此同时，Yumi 旷课太多，如果再旷课就会被开除。Odd 和 Yumi 最终被 Jeremie 的克隆体窃听，导致他们无法从钵水母纲手中救出 Aelita。钵水母纲附身在Aelita身上，让她将Code:Xana输入原塔，消灭了 山地区，切断了通往第五空间的通道...

William加入组织后，发生了一系列事情，只剩下他和 Aelita 来保卫 Lyoko 的核心。在William第一次前往 Lyoko 执行任务时，Xana 利用钵水母纲附身在他身上。尽管他们尽了最大努力，但还是无法阻止被附身的 William 破坏核心。后来，在隐居地里，当大家为自己的困境闷闷不乐时，Jeremie 收到了一条直接来自互联网的密码信息，发送者不是别人，正是在 Lyoko 被毁后以某种方式幸存下来的Franz Hopper...