侦探歌剧少女福尔摩斯第二幕

好不容易恢复的Toys转瞬即逝，再次失去Toys的Milky Holmes四人。强烈盼望好敌手复活的亚森（=亨利艾特），为了能让Milky Holmes取回Toys，在暗处明处支持着四人，但Toys完全没有恢复的迹象。不仅如此，四人完全习惯了贫穷生活，在不成器的道路上一路狂奔。最终不仅忘记了Toys，连学院生活最重要的东西也忘得一干二净……

因田地遭毁无法收获，难以忍受饥饿的Milky Holmes四人决定打工。艾露克露的打工是担任著名的樱桃画伯的模特。然而，看到完成的画后，出现了一位无论如何都想要它的老人。说画中人像极了多年前失散的初恋对象。艾露克露想爽快交出，但试图设法赚取高额报酬的涅洛却……

乘着泥船遭遇海难的Milky Holmes们。四人漂流上岸，却立刻被捕入狱。没想到，她们到达的竟是名为“八景岛”的监狱岛！但据说被称为“绝望之岛”的八景岛上沉睡着至宝，为此怪盗帝国的成员们早已潜入。另一方面，与其他囚犯一同苦于重体力劳动的Milky Holmes们，想方设法试图逃离小岛……

一如既往反复迟到、不成器的Milky Holmes。对她们不成器的样子越来越不高兴的亨利艾特，某天严厉斥责了四人。想着要设法不迟到的四人，认为睡相差是迟到的原因，于是想方设法试图改善睡相。但果然不顺利，很快演变成涅洛和柯蒂妮娅的争吵。最终，根据柯蒂妮娅的建议，四人更换了睡觉的地方……

横滨街道上，频繁发生着在女性面前敞开长风衣的变态出没事件。担心事态的亨利艾特，决定分发提醒学院学生注意的传单。拿着传单的Milky Holmes面前，出现了一个穿着风衣的可疑人物。认为此人是变态的Milky Holmes试图逮捕他……

一辆江之电电车驶入镰仓站。其后部车厢内，是被卷在草席中的涅洛、衣衫褴褛的小衣等面目全非的Milky Holmes与G4成员。时间回溯到40分钟前。G4收到了预告要炸毁作为大侦探博重点项目而建的镰仓大侦探像的预告信。信中还有犯人的挑衅：想阻止的话，就来江之电特别急行上找到我吧。在愤怒的G4成员乘坐的江之电即将发车前，Milky Holmes的四人匆忙冲上了车……

在横滨警察局的拘留所里，享受着美食与空调优待生活的Milky Holmes。但被彻底惊呆的小衣将她们赶了出去。为追求舒适生活，她们前往学生会长亨利艾特的房间，但进入房间的四人看到的，是与平时不同、一脸闹别扭样子的亨利艾特。试图为她打气的四人却起了反效果，亨利艾特勃然大怒。然而，下一瞬间抬起脸的亨利艾特，脸上却洋溢着满面笑容……

福尔摩斯侦探学院终于决定废校。面对突如其来的状况，拉特、二十、石流三人心情低落。另一方面，Milky Holmes四人在其他学生的转学去向接连决定时，仍无处可去。精神被逼入绝境的柯蒂妮娅沉溺于逃避现实的妄想中。那不断壮大的妄想，不仅吞噬了夏洛克、涅洛、艾露克露，连本想向Milky Holmes发泄怒气而来的拉特、二十、石流也被卷入其中……

时隔许久请带薪假放松的G4成员次子、平乃、咲。完全忘了此事的G4领袖小衣反而怨恨起其他三人。另一方面，为复兴福尔摩斯侦探学院而努力的Milky Holmes四人，依旧是那副不成器的样子。看到这一幕的小衣，计划利用Milky Holmes四人来打扰次子、平乃、咲的休假。但此计策轻易暴露，被三人轻松打发。于是小衣想到要利用怪盗帝国……

发誓“要在侦探博之前成为出色的侦探”的Milky Holmes。但时光飞逝，迎来了“侦探之塔”揭幕式的日子。焦躁于时间不够的四人，拿到了印有“侦探博吉祥物女孩大赛”招募字样的传单。觉得是绝佳机会而干劲十足的四人，却看到“参赛资格·Toys”的字样。沮丧的四人得到情报，横滨某处有能让Toys复苏的“潘多拉之壶”。立刻找遍横滨的Milky Holmes最后到达的地方，竟是学院的旧址……

自称“猪油之神”者蹂躏着侦探之都横滨。在那压倒性的力量面前，所有生物都即将屈服。在这绝体绝命的危机中，为拯救横滨街道而站出来的Milky Holmes，与“猪油之神”展开了壮烈的最终决战！另一方面，已离开横滨、现居伦敦的亚森，在与索尼娅的对决中，被说服要再次面对Milky Holmes……

成功返回横滨的亚森，与三张卡片一同重新开始怪盗帝国的活动，并期盼着与一定有所成长的Milky Holmes们重逢。另一方面，为了成为侦探博的吉祥物女孩而奋斗的Milky Holmes。其中，夏洛克凭借与生俱来的强运，在吉祥物女孩的审查中不断晋级。终于迎来最终审查的夏洛克面前，出现了另一位最终候选人……