第 1 季

十五年来，四只变异海龟和它们的啮齿动物老师在纽约的下水道下过着秘密的生活。第一次浮出水面，海龟们很快就发现他们的一天被打断了，因为一个年轻女孩和她的父亲成为神秘而危险的男人的目标......

当阿普丽尔·奥尼尔被绑架时，海龟队的搜索导致了机器人克朗军队的基地，莱昂纳多努力团结他叛逆的兄弟们取得胜利。

当头脑发热的拉斐尔在街上与一个人争吵时被视频拍到时，海龟队面临暴露的危险。他必须学会控制自己的脾气，以便在视频落入坏人之手之前帮助其他人取回视频。

为了证明海龟可以与人类成为朋友，米开朗基罗利用一个社交网站与一位著名的武术家成为朋友，他秘密地是碎纸机的高级副官。

当多纳泰罗的最新发明赋予失败的发明家和永远的失败者巴克斯特·斯托克曼增强的能力时，海龟必须学会用头而不是蛮力来击败他。

当多纳泰罗对他的博法杖作为一种有效武器失去信心时，他建造了金属头，这是一种基于 Kraang 技术的全副武装机器。

多纳泰罗和阿普丽尔调查了一名科学家的失踪事件，但却发现了一个关于一只奇异通灵猴的阴谋。

当 Xever 劫持当地一位面馆老板为人质时，Leo 担心他的仁慈行为又回来困扰着他。

在艾普丽尔收到被监禁的父亲的警告后，她和海龟们开始执行一项任务，拯救他并阻止克朗在城市引爆诱变剂炸弹。

当克里斯·布拉德福德试图用危险化学品摧毁下水道时，海龟队必须保卫他们在下水道中的家园。

当紫龙队和巴克斯特·斯托克曼的机械莫瑟同时受到威胁时，海龟队分成两组时，唐尼和米奇必须证明他们的“B 队”与 Leo 和 Raph 的“A 队”一样有价值。

米开朗基罗与莱瑟黑德成为朋友，莱瑟黑德是一只不稳定的变异鳄鱼，拥有一种奇怪的克朗技术，但其他海龟不确定莱瑟黑德是朋友还是敌人。

海龟必须面对一个新的敌人，鼠王，他威胁要不仅控制这座城市，还要控制斯普林特的思想。

蛇草回来并开始绑架人们。莱昂纳多厌倦了拉斐尔在试图阻止蛇草时不断批评，他让拉斐尔尝试一下领导能力。在离开团队时，莱昂纳多遇到了一位名叫卡莱的女足忍者，她试图引诱他走向黑暗面。

海龟队第一次看到高中时，四月的学校项目引起了 Kraang 的注意。

当一名青少年决定打扮成“粉碎者”并打击犯罪时，海龟队遇到了他们的第一个粉丝。

在闯入 TCRI 总部的敌对环境时，海龟们发现了 Kraang 的真正意图，并决心一劳永逸地阻止外星人入侵。

在试图挫败克朗入侵阴谋时，海龟们被一只巨大的蟑螂猎杀。

巴克斯特·斯托克曼 （Baxter Stockman） 寻求对鱼脸和狗磅以及海龟的报复，并将他们引诱到一个致命的迷宫中。

在目睹了 Kraang 的行动后，Karai 意识到外星威胁的严重性，并提议与海龟结盟......除非碎纸机发现。

当海龟潜入海底克朗基地时，足族试图抓住艾普丽尔。

当碎纸机计划创建一支变种人军队时，海龟必须依靠粉碎者的帮助，粉碎者被招募到足部（作为消耗品）和志愿者代表他们收集内部信息。当他同意成为被盗的 Kraang Mutagen 供应的测试对象时，海龟救了他，但在他鲁莽地让自己变异之前。

当他的兄弟们落入寄生黄蜂的控制之下时，米开朗基罗必须与他们战斗。

多纳泰罗为了营救柯比·奥尼尔而闯入克朗的秘密拘留中心，但最终与一名名叫纽特拉利泽的致命囚犯一起被困在里面。

海龟们展开了一场艰苦的战斗，他们拼命攻击 TCRI 以关闭 Kraang 门户。

在世界岌岌可危的情况下，唯一重要的是海龟完成他们的使命。不管怎样......