第 2 季

李奥纳多、拉斐尔、米开朗琪罗和多纳泰罗正在回忆之前打败过的所有坏蛋，米开朗基罗坚持他们打倒过一个叫乡村芝士恶魔的坏蛋，拯救了世界免于淹没在臭臭的芝士里。拉斐尔说不过他，只好随他去。大伙商量着去奥尼尔开派对庆祝，但是奥尼尔却没法邀请忍者神龟们进屋，奥尼尔的爸爸疯狂迷上了绑架外星人，这让她很苦恼。

忍者神龟们正在四处寻找突变剂，多纳泰罗的粘液扫描仪突然有了反应，他相信突变剂肯定就在附近。终于，他们在房顶找到了一罐突变剂，但是还有剩下的六十三罐突变剂散落在各处，忍者神龟们必须尽快找到，以免伤及无辜。时间已经过了好几天，忍者神龟们还是没有找齐突变剂，他们要怎么办呢？

多纳泰罗的粘液扫描仪扫描到了很多信号，他指挥着李奥纳多开车，结果车子行驶路线变得歪七扭八。突然多纳泰罗发现了一个很强的信号，他们赶紧停车追踪。多纳泰罗带上粘液镜片追踪器寻找突变剂的痕迹，在地上发现了一串脚印，那一定跟突变剂有关。大家随着脚印寻找，结果发现了一罐只剩一半的突变剂。

米开朗琪罗正在看《超力金刚机器人》的录像带，他是在一个垃圾堆里发现的。垃圾堆里丢弃的录像带不止那一卷，还有其他好多卷，米开朗琪罗把它们全带回了家。多纳泰罗很不屑看这种录像节目，但是李奥纳多、拉斐尔跟米开朗琪罗却看的津津有味。多纳泰罗回到实验室里，他要努力研制出反突变剂，好解除大家的危机。

忍者神龟们正在家里做早餐，他们用武力制作早饭，却把厨房弄的一团糟。多纳泰罗、李奥纳多和拉斐尔知道自己没有做饭的天赋，他们决定把米开朗琪罗叫醒给他们弄早饭吃。米开朗琪罗睡得迷迷糊糊，昏昏沉沉的起床后发现自己的脸蛋起了大变化。他昨晚睡觉前吃了好多东西，结果起床后发现长了满脑袋的青春痘。

奥尼尔成了坏蛋们的目标，她在回家的路上总觉得自己被跟踪了。其实那是多纳泰罗在跟着奥尼尔，他只是想确认奥尼尔的安全。可是奥尼尔却不这么想，她的烦心事很多，作业、国际象棋俱乐部，还有爸爸变成了杀人突变蝙蝠的事。奥尼尔把一肚子的怨气都撒在多纳泰罗身上，多纳泰罗非常的委屈，他也无能为力。

米开朗琪罗正在玩游戏，拉斐尔怒气冲冲的跑了进来。米开朗琪罗不小心把披萨酱汁弄到了拉斐尔珍藏的杂志上，但米开朗琪罗却觉得这不算什么大事，李奥纳多也帮着米开朗琪罗说话。拉斐尔觉得米开朗琪罗的态度太随便，而李奥纳多又不向着自己。生气的拉斐尔大吵大闹的走掉了，却打扰到了正在做实验的多纳泰罗。

忍者神龟们飞快的穿梭于高楼大厦之间，奥尼尔非常吃力的跟在他们后面。这种训练对于忍者来说是小菜一碟，但是奥尼尔却吃不消这种耗体力的训练。奥尼尔想接受真正的任务，但是她才刚刚入门，还有很长的路要走。正当他们交谈之际，远处有人正在监视他们，还偷拍了照片。

凯西琼斯是一位热血青年，他看不下去自己的城市被突变怪物和忍者占领，决定自己出面摆平这一切。他用各种体育器材武装了自己，决定跟这些人一决高下。斯普林特老师正在教导忍者神龟们团队合作的道理，他让四位忍者自由竞赛，最后留下的那个就是胜者。大家都在奋战，最后获胜的会是谁？

奥尼尔很开心自己有了位同伴，她一直苦于不能向别人倾诉自己的烦恼，如今有了凯西，她觉的自己轻松了很多。凯西还是觉得忍者神龟的存在很不可思议，但是他还是接受了他们。这天，奥尼尔和凯西悄悄前往忍者们的住处，在下水道里他们遇见了一位惊慌失措的水管工，他尖叫着逃走了。下水道里究竟发生了什么事？

多纳泰罗把机器人金属头升级了一下，他把金属头的人工智能升级了，现在金属头就可以作为非常棒的练功工具了。大伙听闻都跃跃欲试，经过一番测试之后，金属头果然没有令人失望，它的战斗值比四位忍者还要高。米开朗琪罗被金属头的飞行拳头揍的满屋子飞，直到斯普林特老师出面他才得救。

奥尼尔和凯西还有艾尔玛在路上发现了一只流浪猫，奥尼尔和凯西决定去给这只小猫找个家。艾尔玛一心想要找出奥尼尔和凯西的秘密却一无所获，她正准备回家的时候，一个巨大的黑影出现袭击了她。斯普林特老师正在训练忍者神龟们，他蒙住自己双眼让忍者们攻击自己，忍者们能成功攻击斯普林特老师吗？

施莱德的女儿莘擅自行动，准备突袭忍者神龟们。忍者神龟在行进的时候感觉到异样，他们突然就遭到了莘手下们的攻击。忍者神龟们奋力反击，李奥纳多努力想告诉莘关于她父亲的事情。其实施莱德并不是她的亲生父亲，莘的父亲另有其人。莘听不进去李奥纳多的话，他们越打越激烈，突然楼房开始晃动，一颗烟囱倒下来砸到了李奥纳多。

施莱德回来了，还带回来一个得力手下虎爪。虎爪把忍者神龟们一一抓获，但是没有伤害他们，因为施莱德下令要留他们活口，他要亲手终结忍者神龟们。虎爪和莘决定先对付斯普林特师父，斯普林特师父在危急关头切断了捆绑忍者神龟们的绳子，用自己换取了徒弟们的安全。

忍者神龟们正在玩游戏突变迷宫，斯普林特师父走过来询问他们在干嘛。师父质问他们为什么不去寻找突变剂，忍者神龟们找借口想休息一天。大家不理会师父的质问，斯普林特师父总觉得事情没有这么简单。在某个阴暗角落，忍者神龟们的一举一动已经被坏人监视，这个坏人到底是谁？

施莱德计划制造一支突变人大军，但是实验结果却不是很理想。巴克斯特博士制造的试验品都是徒有外表，没有什么实质用处。施莱德觉得巴克斯特博士不再有利用价值，他用突变剂把巴克斯特博士变成了苍蝇。另一方面，多纳泰罗正在实验室里研究制造反突变剂，他的实验似乎取得了重大进展。

拉斐尔和凯西联手追缉抢走布的犯人，途中拉斐尔发现了异样。犯人在某个阴暗小巷里被袭击，被夺走的布也不知去向。拉斐尔对这个袭击了犯人的神秘人很警戒，因为能造成这么大的破坏必须要有非常强大的攻击力，如果这个神秘人是跟忍者神龟对着干的，那将对忍者神龟们造成非常大的威胁。

莘从李奥纳多那里得知，斯普林特老师才是她真正的父亲。施莱德看出了莘的反常，他认为莘有心事瞒着他。莘想知道事情的真相，她向施莱德询问自己母亲的事情，施莱德迫不得已只能告诉她事实。正当施莱德准备继续说的时候，虎爪推开大门闯了进来。莘以为他被外星巨虫吃掉了，可虎爪却不愿意就这么死去。

艾尔玛约奥尼尔出来看电影，奥尼尔着急要赶去忍者神龟那里，她打算编个理由说要跟凯西约会，好借此开溜。但是艾尔玛却不是那么好骗的人，她更加怀疑奥尼尔的那些“秘密朋友”了。正当艾尔玛准根究底不放过奥尼尔的时候，一个骑着摩托的男生冲过来撞倒了艾尔玛，嘴里大叫着他被人攻击了。

亚历山大大帝的胸甲，命运之矛，断钢剑，这都是世界上最伟大的收藏品。不过史德瑞克还是少了一样收藏，那就是施莱德的黑甲头盔。史德瑞克命令泽克去偷来黑甲头盔，它在施莱德的巢穴里收严密保护。如果泽克能顺利把黑甲头盔偷回来，那他射瞎史德瑞克眼睛的事情就可以不用再追究。

克朗计划把人类的大脑全部替换成克朗的大脑，这样就能把地球变成克朗星球。他们正在进行最后的实验，用克朗精神交换机把抓来的人类当作实验品，替换成鸽子的大脑。这一切都被忍者神龟们看在眼里，实验马上就要进行，忍者神龟们出动准备救出人质，可是却晚了一步，那个可怜的人质的大脑已经被替换成了鸽子的大脑。

莘被施莱德下令关在了地牢里，莘趁着看守不注意准备逃离这个鬼地方。正当她要突破最后一道关卡的时候，虎爪现身把莘制服在地。虎爪原打算痛下杀手，施莱德现身制止了他。施莱德不忍心看到莘受伤害，但他还是一心希望能替家族报仇。莘已经知道了事情的真相，她再也不想把施莱德当做自己的父亲。

奥尼尔在楼顶寻找莘的踪影，凯西和多纳泰罗在一旁不停的拌嘴。两人在争吵的过程中，多纳泰罗发现了紫龙帮的人正在闯入博物馆，他们立刻前往博物馆抓捕这群家伙。两帮人在博物馆里展开了激烈的战斗，但是却让紫龙帮的人逃掉了。紫龙帮的人逃走时还偷了一把古老的刀，那把刀似乎隐藏着什么秘密。

克朗已经研究出来改良突变剂，刺霸得知后想尽快通知忍者神龟们。不料他的行踪已经被克朗发现，在一番奋力抵抗后，刺霸还是没能抵过克朗们的攻击，他被电击昏了过去。多纳泰罗正在研究新的攻击武器，他的研究遇到了瓶颈。烦恼的他不小心把器材掉到了地上，结果阴差阳错的连接到了X次元。

施莱德正在回忆与莘的过去，虎爪进来通知他说时间已到。克朗至尊要求施莱德现在就作出决定，跟他们合作还是与之为敌。克朗至尊答应施莱德，帮他抓住忍者神龟们和斯普特林，把莘恢复原来的模样；但是与之相对的，施莱德必须付出相应的代价。施莱德必须要帮克朗至尊征服纽约，之后就是全世界。

克朗至尊在施莱德的帮助下在纽约大肆破坏，把无辜的人们都变成了怪物。奥尼尔最好的朋友居然是克朗，这让她无比震惊。多纳泰罗和米开朗琪罗躲在奥尼尔家里，他们看过新闻后更加觉得事态严重。奥尼尔认为这都是她的错，她必须负起这个责任来。李奥纳多和拉斐尔还有凯西还在街上躲避追杀，忍者神龟们要如何做才能让纽约恢复以往的样貌呢？