第 2 季

飞天小女警的班上来了一个公主。公主想要成为飞天小女警，却遭到花花等人拒绝。不死心的公主于是跟小女警们对上了。

坏死帮派来到小橡树幼稚园，瞒着老师，欺负幼稚园的小朋友。花花等人本想教训坏死帮派，可是碍于校规不能动手，最后用躲避球结束了这一场危机。

蓝尼是小女警迷，专门收集所有小女警的商品。但是他仍不满足，便绑架小女警成为他收集的一部份。最后尤教授带着小朋友，攻破蓝尼的心防救出小女警。

平凡的史密斯先生受不了飞天小女警打败坏人。就在史密斯太太请小女警来晚餐时,史密斯先生终于忍受不住，成了大坏蛋。大家也不用吃美好的晚餐了。

飞天小女警过生日，关在牢里的坏蛋各自准备了礼物要毁掉小女警。小女警最后打败了那些怪物，虽然生日会一团糟，但是来玩的客人都非常高兴。

小女警们厌烦了小镇村民事事依赖他们，因此决定冷眼旁观遭受攻击的小镇村。就在小女警们的引导下，小镇村民打败了怪兽，但是依赖的习惯好像还是改不过来。

花椰菜外星人利用花椰菜，催眠了小镇村的家长，并打算大举入侵地球。为了保护地球，小女警们连合镇上的小朋友，一起吃光了入侵的花椰菜。

小女警们打败怪兽后，每次都会弄得全身脏兮兮的。花花跟泡泡喜欢洗澡，可是毛毛却讨厌碰水，大家开始远离毛毛，最后连怪兽都不肯跟毛毛打。毛毛只好乖乖的回家去洗澡。

睡魔因为忙着让大家入睡，自己反而得不到片刻的休息。因为做了让大家永远睡着的机器，小女警们只好跑进睡魔的梦里，吓得他不敢睡觉，才救醒了全世界的人。

魔人啾啾设计了一个完美的计划要摧毁小女警，没想到计划随风飞出窗口，被阿米巴帮捡到。小女警以为这是张捡破烂的单子，于是帮忙组合摧毁他们的机器。

飞天小女警救了坏死帮派的大比利，比利很感谢小女警，便到小女警家中，自愿帮他们的忙。没想到比利越帮越忙，不仅让抢匪逃走，还毁了小镇村，所以花花生气了。

泡泡在与魔人啾啾战斗时被击伤头部，误以为自己就是魔人啾啾，并与花花及毛毛打了起来。最后，魔人啾啾受不了泡泡的喧宾夺主，又重击泡泡，泡泡终于醒了过来。

为了让尤教授高兴地度过父亲节，小女警们打算帮尤教授准备礼物。尤教授最想要的高尔夫球具却价值两千元。没有钱买高尔夫球具的花花，在发现橱窗破了以后，偷偷拿了球具送给教授，结果害得教授背上偷窃的罪名。

小女警们忙于对抗邪恶、打击犯罪，累得在课堂上睡着了。基妮老师请了尤教授到学校来商量对策，最后决定小女警必须按时间上床睡觉。失去保护的小镇村顿时陷入一片火海，教授此时发现时间错了，于是小女警又拯救了小镇村。

祖想要毁掉飞天小女警，可是她又想不出好办法来，于是雇用了魔人啾啾替她计划邪恶的阴谋。她假装被魔人绑走，却设下陷阱，想消除小女警的超能力。最后花花识破她的阴谋，将她及魔人都送进监狱。

尤教授发明了最完美的宠物，一生只需要吃一次。可是小女警们喂了太多次，结果毕宝长得太大，不停地吃，就快把小镇村毁了。小女警们只好忍痛对付毕宝，最后毕宝爆炸，变成好多可爱的小毕宝。

幼稚园里来了一位新生麦克，麦克想要交朋友，但是因为太害羞，于是自己幻想了一位好朋友。没想到小派却在教室里捣乱，飞天小女警只好幻想一位正义的兔女郎将小派打败，解决了危机。

大家都传说海利身上有虱子。所以当海利想亲吻大家时，所有的人都逃得精光。魔人啾啾发现后，便将海利当作对抗飞天小女警的法宝。每次魔人作案，小女警一看到海利就吓跑了。后来花花真的被海利亲到，却什么事也没有。这下魔人啾啾可惨了，被毒打一顿送进了监狱。

因为小镇村下起大雨，街上一片宁静，也没有人犯罪。无聊的飞天小女警，于是在自己家中玩起飞天小女警打击犯人的游戏。最后小镇村的天气放晴，坏蛋又出来了。游戏结束，小女警又开始打击犯罪了。

普通的坏蛋哈洛在出狱之后，老婆玛丽安已经一切准备齐全，决定向毁了晚餐的飞天小女警报复。他们趁着小女警跟教授出门买东西的时候，闯进小女警的家，毁了一切。没想到小女警并不感到气馁。愤怒的玛丽安于是驾车想要毁了小女警，结果下场反而更凄惨。

小女警们觉得工作量太大，让她们受不了，她们决定要找人帮忙，于是仿效尤教授制造她们的过程，创造出小女警邦妮。可是邦妮没有打击犯罪反而惹祸，小女警们只好去找邦妮。邦妮伤心的离开后，小女警们遭到围攻，邦妮叫了大家却又爆炸了。

每次市长打来求救的电话时，毛毛老是跑得不见人影，让花花跟泡泡找了半天。原来是毛毛在战斗以前需要她的旧毯子给她信心。有一次毛毛找不到毯子，竟然失去了战斗力。花花只好找来毯子安抚毛毛，没想到连尤教授也迷信毯子的力量……

飞天小女警比赛飞回家，没想到他们用光速飞行后，他们的时间停止。小镇村却过了五十年，他们发现五十年后的小镇村已被“他”控制住了。大家都责怪小女警不该离开小镇村，小女警在小镇村恢复以后，再也不敢离开了，甚至连跟教授一起去渡假都不肯。

魔人啾啾利用小孩子羡慕飞天小女警的心理，赋予他们神奇的力量，唆使他们去除掉小女警。小朋友们发现上当以后，便用剩余的力量救活小女警们，让小女警将魔人啾啾绳之以法。

罪犯瑟杜莎打扮成贝伦小姐的样子，到处抢劫，再假装目击犯案打电话给飞天小女警，最后又绑架贝伦小姐，想藉此消灭飞天小女警，最后被小女警识破。在贝伦小姐的协助下，将瑟杜莎送进监狱。

飞天小女警请了所有的女孩子们到家里来开睡衣舞会。魔人啾啾也打扮成小女孩的模样参加，小女警们因为找不到他使坏的证据，误以为他是真心来参加舞会的。没想到他趁大家熟睡时，偷了教授的解毒剂，毁去小女警的超能力，最后所有的小女孩合力将魔人揍个半死，结束了一场危机。