第 3 季

飞天小女警前去银行逮捕犯人时，发现犯人竟然是银发族。花花坚持他们必须敬老尊贤，于是他们决定不能跟犯人打。最后市长告诉他们，正义队长是唯一能阻止这三个棘手大盗的人。于是花花说服正义队长出来对付大盗，最后所有的老人都被送进了医院。

毛毛跟泡泡帮花花梳头发的时候，把花花剪了一个愚蠢的怪头。当他们出去对抗怪兽的时候，所有的人都在笑花花，连怪兽也不例外。花花看见自己的头发吓得躲回家，泡泡跟毛毛不敌眼睛怪兽，最后还是靠花花的头发打败了怪兽。

尤教授因为工作的关系，带着小女警们离开小城村，来到一个大城市。小女警们为了继续她们保卫市民的责任，于是去见市长。无意中听见银行被抢，小女警们为了证明他们的能力，展开追捕歹徒的行动，没想到毁了重要的桥梁，遭到市长禁止她们使用超能力。受不了的小女警最后又跟尤教授搬回小镇村去了。

尤教授急着要去演讲，于是请市长来当保姆照顾小女警。可是市长忙着玩电玩，便打电话到监狱去叫保姆，没想到来当小女警保姆的人竟然是魔人啾啾。魔人本想命令小女警帮他占领小镇村，没想到被小女警的顽皮弄得筋疲力竭，最后甘愿回到监牢里去。

尤教授在实验中想把苹果变成柳丁， 一不小心电源超载，使得射线笼罩整个小镇村，结果大家都互换了身分。魔人啾啾利用老婆婆的身分四处犯案，飞天小女警费了一番功夫才知道是魔人啾啾。当他们与魔人大战时，教授找出了正确的方法，让大家又回到原来的身体里。

花花跟毛毛发现泡泡不太对劲，于是请教授帮泡泡检查，结果发现泡泡近视了。教授帮泡泡配了眼镜，可是因为花花跟毛毛的嘲笑，泡泡怎样都不肯戴上眼镜。最后对抗蚂蚁时, 戴上眼镜的泡泡威力大增，击退蚂蚁，还因为毛毛的不小心而恢复了视力。

公主的爸爸将小镇村买下来，让公主当上市长。为了报复飞天小女警，公主制定法律规定犯罪合法，于是花花抢光了公主家里的东西，骗公主将小镇村还给市长。 一切又归于平静。

每逢星期五，幼稚园里的小朋友就要将小仓鼠带回家。这次爱捣蛋的米奇自愿带仓鼠回家，没想到他却虐待小枝，结果小枝变成大仓鼠，米奇因而得到教训。

飞天小女警协助警察打击犯罪，没想到懒惰的警察因而怀恨在心, 想要除掉小女警，小女警掉入他的陷阱时，刚好大批警力赶到救出了小女警。

兽攻击小镇村，但是坚持用战略的花花，却跟坚持用蛮力的毛毛吵个不停。不管她们怎么攻击就是无法伤害怪兽。受不了的泡泡，于是上前拜托怪兽离开，没想到怪兽就这样真的走了。

夜深人静的小镇村，所有的居民都熟睡了，没想到此时的美术馆却失窃了, 窃贼竟是魔人啾啾，而且还是偷以前偷过的胡狼头神像。 花花一行人赶到魔人啾啾的住处，魔人竟然开始跟他们解释他计划的缺点，听完以后的小女警们把魔人狠狠地揍了一顿后，送进监狱里。

歹徒偷走钻石，却不小心被包装在玉米片里，偏偏又被尤教授买回家了。为了拿回钻石，歹徒装成广告中的兔子，想从小女警手中骗回钻石，最后还是被小女警识破，而关进了监牢。

小女警三人迷恋漫画书上的英雄人物，以为只要有了酷酷的打扮跟道具，就是更好的英雄。没想到这三个小镇村的新英雄，却不及阻止攻击小镇村的怪兽，还被怪兽训了一顿。最后三个人终于明白他们不需要道具，只要发挥本能就行，接着就把怪兽打得落花流水。

飞天小女警打败怪兽后，市长请他们吃糖，没想到他们因此爱上了糖果。为了可以吃到糖果，她们叫魔人啾啾出来作案，好让她们打败他后，去跟市长要糖果。后来小女警们发现自己的行为是不对的，于是向市长坦承一切，勇敢的认错。

市长为了感谢小女警的努力，特别制定小女警日。就在表扬的同时，出现了大怪兽。不管小女警们怎样努力，就是无法赶走怪兽。她们后来发现， 原来怪兽是在找不见的猫咪。于是他们只好开始帮怪兽找猫咪，怪兽才开心地离去。

市长因为清洁女工教训他的一席话，决定不再依赖飞天小女警。于是他搭上了轻气球，带着他的拳击手枪，开始打击犯罪。没想到市长太着迷了，竟然连累无辜的市民，大家吓得开始逃跑。此时飞弹就要炸毁小镇村，飞天小女警只好赶快出手阻止飞弹，没想到还是被市长搞砸了。最后市长听取小女警的建议，继续坐在桌子后面，负责打电话呼叫飞天小女警。

小女警们一醒来就发现房间了堆满了玩具，原本以为是尤教授买给他们的，没想到竟然是尤教授梦游的时候拿回来的。因为小女警们好喜欢玩具，就任由教授梦游并且拿回他们想要的玩具。尤教授发现后，就联合市长演了一出戏。让小女警们自己认错，皆大欢喜。

银行的金库遭到抢劫，唯一知道密码的经理却什么都不记得，还一直喊头痛。接着发生几起的抢案，被害人的头上都留下一个记号。苦思好久的小女警终于知道是水蛭人犯下的案子，于是利用市长当饵，引诱水蛭人上门，一举擒获。

小女警接到市长的电话，前去逮捕抢银行的犯人。没想到这次遇上的却是一个女抢犯致命女。致命女说服了小女警相信世上的男人都在利用女人，于是小女警放走了致命女，转而开始仇视男生。基妮老师跟贝伦小姐发现小女警不太对劲，于是一起开导小女警。小女警终于明白她们这样是不对的，而前去逮捕致命女。

尤教授因为无法好好的跟飞天小女警共度快乐的假期，于是自己做了超人装，加入飞天小女警，一起打击犯罪。没想到教授看到小女警出生入死的场面，决定要保护他们，于是处处干预小女警。小女警们决定要让教授知难而退,于是联合了魔人啾啾,两人大打出手,教授的确是知难而退了,可是没想到魔人啾啾也被打得落花流水了

尤教授为了奖励小女警们打扫家里，给了她们一人一块，希望她们学习一块钱的价值。没想到毛毛兴奋地把泡泡的牙齿打掉了，又发现牙齿先子会拿钱来换牙齿。于是毛毛故意想打掉泡泡的牙齿，陷害不成又转而对付镇上的坏蛋，无缘无故打掉他们的牙。最后大家反击，毛毛也付出了代价。

所有的罪犯来到小女警家门口，想要除掉飞天小女警。他们不小心发现，只要团结起来，小女警就不是他们的对手。自此无敌军团横行无阻。一直到尤教授教了小女警一个办法，她们才能拆散无敌军团，一举将他们全部擒获。

泡泡总喜欢捡一些可怜的动物带回家，教授实在受不了了，于是告诫大家再也不可以养动物。可是善良的泡泡实在忍不住，她捡了一只鲸鱼回家。花花跟毛毛帮她把鲸鱼藏起来，可是还是被教授发现，不得已只好把鲸鱼放回大海。泡泡还顺便放光了动物园里的动物……

坏死帮派又在做坏事。赶到现场的飞天小女警教训了他们一顿。没想到坏死帮派的份子竟然突然间有了超能力，而且还把小女警们打得落花流水。最后坏死帮派因为拉肚子结果也失去了超能力，飞天小女警终于大胜。