第 1 季

数千年前，弱小力薄的动物们为了自保，选拔出了具有特殊力量的动物组成了迷你特工队。他们四处奔波，保护着濒临灭绝的动物们。

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兔子妈妈和兔子宝宝在洞穴里玩捉迷藏，突然出现了一只巨大的怪兽袭击了母女俩。它吐出带电的蜘蛛丝，将兔子母女困在了蜘蛛网上。

小浣熊们在路上遇到了皮欧的袭击，它们都被皮欧麻醉后抓了起来。帕斯克命令皮欧去对迷你特工队，特工队要如何救出被抓的小浣熊们呢？

托雷斯奴役了一群乌龟，强迫它们为自己做劳力。乌龟们敢怒不敢言，有违抗者就会被托雷斯施以酷刑。

迷你特工队捡到了一颗奇怪的蛋，这颗蛋细细长长的跟普通的鸡蛋不太一样。不管是什么动物的蛋，都得尽快送回妈妈身边去，丢失了自己的孩子，这个妈妈肯定非常着急。

奈恩的计划正在实施，他狂妄的认为自己可以统治一切动物。帕斯克准备一台自动贩卖机装甲，准备用这个装甲去偷袭动物们。

奈恩的军队又制造了新的机械装甲，这次的机械装甲可以腐化一切食物。奈恩打算用着散发着臭气的机械装甲去除掉迷你特工队。

迷你特工队家里来了只迷路的小猫，她叫力帕斯。男生们都对她一见钟情，大家开始积极地向力帕斯献殷勤。

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帕斯克的军队来了一位新成员，他名叫美杜莎。长着蛇形头发的美杜莎可以将动物们都变成石头，迷你特工队要如何抵挡美杜莎的攻击呢？

机械装甲糖果罐释放出来的糖果可以挂在树上，把树木都变成了糖果树。动物们吃了这些糖果开始精神恍惚，这都是奈恩在捣鬼。

迷你特工队正在洗澡，麦克斯被弗特捉弄，弄得满嘴都是泡沫。弗特没忍住打喷嚏，将泡沫全喷到了塞米脸上。塞米在之前战斗中所受的伤还没有痊愈，他把气都撒在了露西身上。

塞米来投奔帕斯克，帕斯克摆出了很大的阵仗迎接他。帕斯克对塞米洗脑，他想用塞米来对付迷你特工队。

一只小臭鼬紫罗兰正在路边伤心的哭泣，她与其他的臭鼬不一样，别的臭鼬都能散发出臭味，而她却只能散发出花香的味道。

帕斯克又新造了一个机械装甲，奈恩妄想用这个机械装甲来收拾迷你特工队。在迷你特工队家里，秀智看到脏乱的房间，想出了一个妙计来督促迷你特工队打扫房间。

小动物们正在河堤饮水，突然从河里出现了一个巨大的机械装甲。这个机械装甲开始往河里排放污染物，动物们喝了水都中毒了。

夜晚有小动物遭到了突袭，迷你特工队还不知道这件事。迷你特工队正在和秀智在家里看恐怖片，秀智本来想吓唬吓唬大家，结果她自己却被电视里的恐怖画面吓了一跳。

帕斯克来到了悬崖，他解开了悬崖的封印，召唤出了被封印的战士。迷你特工队正在家里等待巧爷爷的到来，他是司令官的朋友。

巧爷爷对上了拉欧鼠，几百年前就是巧爷爷将拉欧鼠封印在悬崖上，现在拉欧鼠看到了巧爷爷，势要报被封印之仇。

帕斯克遇见了同样是前迷你特工队成员的霍克，霍克离队是为了让自己变得更强，而帕斯克却仇恨着迷你特工队。两人目的不同，帕斯克挑拨离间，想要破坏霍克对迷你特工队的感情。

最近街上发生了许多怪事，伊登经过一番调查后发现这些事都跟秀智家有着关联。他全副武装，准备去秀智家查个水落石出。

最近出现了一位黑色迷你特工队员，他能轻松击败帕斯克的手下。这位黑色迷你特工队员究竟是谁，他为何要孤军奋战？

弗特变得不认识大家了，失忆的他变得特别有攻击性。失忆的弗特对人类怀有敌意，他幻想着自己正在对秀智发起攻击。

陶博士正在被追赶，情况非常紧急，他赶忙向司令官求助。随后陶博士所驾乘的飞行器被击翻在地，那位神秘的黑色迷你特工队员又出现了。

秀智跟哈利哥哥出去逛街，他们路过一家花店，秀智请哈利哥哥摘朵花给她，结果没想到花里竟然有蜜蜂，这可把哈利哥哥吓坏了。