第 2 季

动物们被奈恩手下的格里芬之剑击中，开始对其他动物一见钟情，坠入爱河无法自拔。帕斯克打算把这个箭用在人类身上，想借此统治世界。

路易和弗特都特别讨厌吃胡萝卜和西红柿，秀智好心劝说他们两个都不听，还为此争吵了起来。

秀智正在床上做着美梦，突然屋外有强光闪烁，还飞过去了一个东西。秀智被光线惊醒，窗外飞过去的到底是什么东西呢？

迷你特工队没能完成任务，他们很自责。乔迪非常难对付，现在又加上了帕斯克的力量，想打倒他并非易事。

机械装甲半夜散发出来许多花粉，这些花粉落在森林里开出了许许多多的小花。动物们闻了这些小花散发出来的香味之后就开始大声哭泣。

帕斯克来到了金字塔的内部，他唤醒了长眠中的阿波菲斯，纳入了自己的军队。这次帕斯克利用阿波菲斯，打算对迷你特工队进行攻击。

秀智的东西被偷了，这是一对企鹅双胞胎干的好事。他们从秀智家里逃出来的时候，撞上了迷你特工队。

企鹅双胞胎四处行窃，警察都抓不住他们。在秀智家里，迷你特工队正在讨论由谁去打扫卫生间，最后他们用抽签决定谁去打扫卫生间。

万圣节到了，秀智带着路易出去讨要糖果吃。帕斯克利用万圣节，准备了许多巨大的南瓜灯，去教训人类和动物们。

秀智装扮成女巫的样子在万圣节出去玩，迷你特工队也装扮了一番跟在秀智身边。大家的身高不够，所以只能用叠罗汉的方式让自己看起来像人类的身高。

一只松鼠在树上发现了奇怪的手机，当它看到这支手机后就被洗脑了。森林里的动物们陆续都被手机里的视频洗脑，就连秀智也没有躲过这一劫。

奈恩的新机械装甲梦境机械怪让动物们都无法区分梦境与现实，秀智梦见迷你特工队以捉弄她为乐，她觉得这非常的不正常。

松鼠村的村民们虽然弱小，但它们和其他动物都和平共处。松鼠王子的演讲让松鼠们都充满了信心，有力量能解决一切困难。

迷你特工队用烟雾弹迷惑了蛇巫施拉，大家趁机逃离了松鼠村。迷你特工队询问了司令官才得知，原来蛇巫施拉对松鼠村积怨已久。

传说中的怪兽森林守护神出现了，帕斯克向奈恩请示，如果能抓住森林守护神，用黑暗力量灌输它，那么很快就能除掉森林里的动物们了。

森林守护神现在暂住秀智家里，它特别能吃，秀智天天给怪兽做饭，弄得身心俱疲。不过怪兽还是有一一些帮助的，它可以帮秀智抬起家具让她轻松的打扫房间。

机械装甲电力机械怪偷走了整个城市的电力，没有了电，城市一片漆黑。帕斯克和奈恩都觉得胜券在握，迷你特工队要如何解决没电的问题呢？

迷你特工队刚巡逻完毕，他们正准备去玩耍，突然一只小青蛙跑过来向他们求救。这只青蛙说自己遇见了一只恶狗的攻击，说完就晕了过去。

帕斯克叫来了海贼王沙库，希望他能和自己结盟，联手对付迷你特工队。沙库要求有回报，帕斯克给了他一张通往黄金岛的藏宝图作为报酬。

佩罗叔叔在迷你特工队队员之间挑拨离间，可是大家都对此不知情。麦克斯和弗特被佩罗叔叔挑拨的对对方都有了戒心，队员之间的友情已经产生了裂痕。

帕斯克赐予了克罗克黑暗力量，他变得既贪婪又强大。克罗克虽然不愿意，但还是被帕斯克洗了脑。

麦克斯给动物们带去了食物，迷你特工队的成员们看到后都觉得麦克斯做的非常棒，他们也一起前去为动物分发食物。

迷你特工队正在院子里玩，弗特跟塞米起了争执。就在两人吵得不可开交的时候，一位孔雀长者出现了。

奈恩认为帕斯克的黑暗计划都成功，而帕斯克觉得没有自己的帮助奈恩根本打不过迷你特工队。敌人内部出现了内讧，这对迷你特工队来说是件好事。

迷你特工队到秀智家里已经一年了，秀智瞒着他们为迷你特工队准备了周年礼物。但是迷你特工队却丝毫不觉得开心，因为他们马上就要离开这里了。

帕斯克将自己变成了巨大的恐龙机械装甲，在蓝铃村里四处破坏，民众叫苦连天。迷你特工队还在昏迷当中，动物们一起祈祷特工队快快醒来。