第 1 季

在现代日本，看似平静的日常生活中，接连发生着原因不明的地陷和异常气象现象。 主角龙神翔悟（Ryujin Shogo），是一个随处可见的普通高中生。这天，他像往常一样和青梅竹马早穂（Saho）一起走在上学的路上。然而，他们并未察觉，有三名神秘青年正在尾随翔悟。其中一人低语道：“那家伙真的就是‘Dragon Bone’（龙神之骨）吗？……人类最后的希望……” 就在此时，谜之敌人——暗黑之骨（Dark Bone）突然对翔悟发动了袭击！翔悟瞬间陷入混乱，只能拼命逃跑。在慌不择路地逃入一处庭院深处时，他意外触碰到了一块神秘的石板。 就在翔悟的手触碰到石板的瞬间，异变陡生！ 石板骤然迸发出耀眼的光芒，将翔悟整个人包裹其中……变身开始了！ “龙神之骨”（Dragon Bone）于此诞生！ 翔悟为何会突然变身？那块神秘的石板究竟是什么？新生的龙神之骨能否战胜强大的暗黑之骨？而那些追踪翔悟的神秘青年，他们的真实身份和目的又是什么？命运的齿轮开始转动，翔悟作为“人类最后希望”的战斗，就此拉开序幕！

变身为龙神之骨 (Dragon Bone) 的翔悟，瞬间被传送至异空间，与谜之敌人暗黑之骨 (Dark Bone) 展开激战。然而，强大的暗黑之骨让龙神之骨陷入苦战，攻势凌厉，翔悟逐渐不支，眼看就要迎来生死存亡的绝命危机！ 就在这千钧一发之际，三道神秘的巨大轮廓 (シルエット) 赫然出现在龙神之骨的身后！目睹这三道身影的出现，原本攻势凶猛的暗黑之骨竟骤然停止了行动。 紧接着，异空间开始消散，翔悟的意识瞬间被拉回，重新回到了现实世界。 回到现实的翔悟发现，青梅竹马早穂的家，已在暗黑之骨的袭击下化为废墟。无处可去的早穂和她的母亲喜代子，只得暂时搬到翔悟的家中居住。翔悟与早穂同住一个屋檐下的新生活就此展开。 然而，翔悟的内心充满了巨大的疑问： 那个恐怖的暗黑之骨 (Dark Bone) 究竟是什么？ 自己为何能变身？ 在异空间救了自己一命的那三道神秘轮廓，又是何方神圣？ 就在翔悟被这重重谜团包围、百思不得其解之时，一位自称从巴西远道而来的青年——安东尼奥 (Antonio)，突然出现在了他的面前。这位异国青年的到来，又将为翔悟的命运带来怎样的转折？

在巴西青年安东尼奥 (Antonio) 的引导下，翔悟与包括安东尼奥在内的另外三位青年——卢克 (Luke) 和泰伦 (Tyrone) 汇合。面对迫近的威胁，四人共同着装（着装）骨甲 (Bone)，并肩作战，最终成功击退了暗黑之骨 (Dark Bone)！ 此战中，翔悟成功凭借自己的意志主动着装了龙神之骨 (Dragon Bone) 的骨甲。这无疑证明了他正是被“骨甲”所选中的战士！ 然而，面对这接踵而至的巨变，翔悟完全无法理解眼下的状况。冷酷的卢克直接向他揭示了残酷的真相：暗黑之骨的目的，是夺取地球的“骨甲”。卢克警告道，一旦地球的“骨甲”被夺走，地球将面临灭亡的危机！ 即使被告知了如此事关星球存亡的重任，对翔悟而言，这一切来得太过突然和沉重，他根本无法立刻接受和消化。 但卢克等人显然不会顾及翔悟此刻迷茫的心情。他们开始如影随形地出现在翔悟身边： 翔悟的学校里， 放学后的路上， 甚至直接出现在翔悟的家中！ 被这种近乎监视般的行为困扰不已，翔悟忍不住质问卢克：“你们为什么一直纠缠着我不放？” 对此，卢克的回答却带着几分深意，他盯着翔悟说道：“看来，你完全不明白自己持有的那张卡片意味着什么……” 卢克的话如同投入平静水面的石子。翔悟下意识地握紧了那张神秘的龙神卡片 (Dragon Card)——这张自变身以来就伴随他的卡片。 这张龙神卡片所蕴含的真正意义，究竟是什么！？ 这个巨大的谜题，此刻正沉甸甸地压在翔悟的心头，成为他命运中亟待解开的关键！

暗黑之骨（Dark Bone）再次现身，但翔悟却无法变身为龙神之骨（Dragon Bone）。骨甲（Bone）拥有自我意志，它潜意识地拒绝了翔悟战斗的意愿，导致着装失败。翔悟陷入深深的困惑：为何而战？自己为何被骨甲选中？这时，泰伦（Tyrone）向他搭话。出身非洲的泰伦拥有一个包括15个弟弟妹妹的大家庭。父母双亡，照顾他们的重任全落在泰伦肩上。泰伦坦言，他着装骨甲与其说是守护地球，不如说是为了保护家人。随后，安东尼奥（Antonio）也找到翔悟。他向翔悟转述了自己在尚未做好着装骨甲觉悟时，卢克（Luke）曾对他说过的话……

第四位骨甲适合者（Bone Compatible），吉尔伯特（Gilbert）抵达日本机场。翔悟等人前去迎接，惊讶地发现他竟是个13岁的少年。然而，他的言辞却比任何人都要犀利。自称已查阅过翔悟资料的吉尔伯特，一见面就毫不客气地指出：翔悟与骨甲的融合耗时过长，并且对“起源魔神”一无所知。即使面对年长的翔悟也毫不留情，最后更断言翔悟缺乏战斗的意志和觉悟。翔悟自己也觉得吉尔伯特的批评一针见血，不禁开始怀疑自己未来能否作为一名骨甲战士（Bone Fighter）坚持下去……

吉尔伯特着装狮骨甲（Leo Bone），首次与暗黑之骨交战。然而，暗黑之骨组成阵线（Line），召唤出了魔神！更糟的是，首领级的暗黑战马（Dark Horse）腿技威力惊人，雷欧（Leo）完全不是对手。初次目睹魔神的翔悟等人陷入动摇，翔悟更是不安地怀疑他们真的能战胜对方吗？但吉尔伯特并未气馁。为了破解暗黑战马的腿技，他请求翔悟担任陪练对手，开始特训。另一边，卢克给一位神秘人物打电话，请求允许召唤魔神。然而对方警告他，在尚未与翔悟等五人建立信任关系的当下，召唤魔神过于危险，予以制止……

暗黑之骨再次召唤魔神。为了对抗，龙神之骨也召唤出魔神！借助魔神之力，龙神之骨力量暴涨，成功将一名暗黑之骨的骨甲粉碎（Bone Crush）。就在那一刻，暗黑之骨的面具碎裂，露出了酷似人类的真容！暗黑之骨随即撤退。龙神之骨挥出的拳头竟已石化！解除变身的翔悟察觉龙神卡片（Dragon Card）发生异变——龙神骨甲被石化了！为了修复龙神骨甲，并探究魔神之谜与暗黑之骨的真面目，翔悟等人决定前往澳大利亚的骨甲研究所。早穂（Saho）也想去澳洲，但翔悟反对，两人关系变得尴尬……

在骨甲研究所，翔悟从东尾（Touo）处得知了冲击性的事实：暗黑之骨的真身是外星生命体，他们正是为了夺取龙神之骨才来到地球的！翔悟心想，若没有龙神之骨，敌人就不会找上门，周围的人也就不会有危险……他萌生了退出骨甲战士行列的念头。此时卢克出现，带翔悟来到骨甲模拟器前。要修复石化的龙神骨甲，需要在模拟器中测量翔悟的共鸣值。模拟器储存着骨甲数据，可以着装虚拟骨甲（Virtual Bone）。翔悟答应这是“最后一次帮忙”，着装虚拟龙神骨甲。然而，出现在龙神面前的对手，竟是虚拟的鲨骨甲（Virtual Shark Bone）！

为夺取龙神之骨，狼骨甲（Wolf）和虎骨甲（Tiger）现身骨甲研究所！除翔悟外的卢克等骨甲战士立刻着装，展开解放茧舱（Liberation Cocoon），与虎狼二人交战。已决心不再着装的翔悟，得知鲨（Shark）等人苦战，终于下定决心再次着装龙神之骨。然而，龙神骨甲的石化尚未修复，无法着装！在虎狼压倒性的力量面前，鲨等人束手无策，陷入绝境。翔悟发自内心地想要拯救鲨等人，向龙神骨甲发出呼唤——奇迹发生了，石化的龙神骨甲竟产生了反应！

从研究所归来的翔悟等人，过着看似平凡的日常。早穂察觉到翔悟的某些气质发生了变化。她听说翔悟他们去澳洲是“为了帮卢克的亲戚打理牧场”。是牧场帮忙改变了翔悟吗？早穂感到不解。另一方面，吉尔伯特无法容忍翔悟回归平淡生活。面对虎狼压倒性的力量，他们无能为力。更甚者，虎狼明明是地球人，却协助尼波斯·安杰利斯（Nepos Angelis）成为叛徒。得知这一事实后翔悟仍泰然自若，这让吉尔伯特十分焦躁。然而，翔悟心中也有着自己的想法和考量……

看到出现的暗黑战马（Dark Horse），吉尔伯特内心竟暗自松了口气——因为来的不是强敌虎狼。他无法原谅自己这种想法，更加刻苦训练。另一边，暗黑战马因被龙神之骨展现的压倒性力量震慑而焦虑不已。为了向龙神发起最终决战，他着手准备出击。翔悟以“忘记买墨尔本特产赔罪”为由，陪早穂逛街。突然，他们发现可疑人影在窥视。原来是卢克等骨甲战士。为了能在暗黑战马随时出现时保护龙神之骨，他们决定待在翔悟身边。于是，卢克等人以护卫龙神之骨的名义，加入了翔悟和早穂的购物行列。

战斗的余波在翔悟居住的城市留下了伤痕。媒体报道称这是自然灾害，翔悟对此感到违和。原来所有信息都被研究所控制以防泄露。然而，关于战斗中捏碎战马的那只巨大魔神之手，却未能获得太多情报。卢克推测那可能是人们口中的“起源魔神”现世，但真相依然不明。更危险的是，由于护身符（Amulet）被破坏，解放茧舱（Liberation Cocoon）已无法展开。就在这种险境下，新的刺客正为了狙杀龙神·翔悟而来——

被暴走的龙神之骨吞噬的翔悟，被来到日本的伦纳德（Leonard）救出，送往医院。虽然骨甲着装已解除，翔悟的意识却仍未恢复。卢克等骨甲战士以及早穂都忧心忡忡。与他们形成鲜明对比的是健悟（Kengo），他异常冷静，反而关心着卢克和早穂等人。躺在病床上的翔悟，其意识仍与龙神之骨同在，正与它对话。龙神之骨表示，它回应了翔悟“想要消灭暗黑豹（Dark Panther）”的强烈愿望才导致了暴走。暴走给翔悟他们的城市造成了损害，翔悟为此陷入深深的自责。

翔悟对卢克身上某种豁出去的决绝氛围感到违和。他和安东尼奥等人担心卢克是否在为上次战斗中险些被骨甲吞噬而独自挣扎……当翔悟得知卢克是骨甲研究组织最高负责人的儿子后，不禁思考卢克作为骨甲适合者与生俱来的沉重命运。与此同时，古斯托斯（Gustos）和莫尔斯（Morse）为了报复击败了里贝鲁特（Liebert）的龙神，已逼近翔悟等人身边！在尼波斯星（Nepos），克劳德（Crowd）质问里贝鲁特擅自前往地球的行为，同时也看穿了她在与龙神战斗后发生的微妙变化。不久，熊（Morse）和灰熊（Gustos）来袭，鲨（Shark）竟再次莫名暴走！卢克真正的想法究竟是…！？

年幼时，卢克仿佛被命运引导般成为了适合者。自那以后，他便与成为研究组织最高负责人的父亲分离，为了履行骨甲战士的使命独自生活至今。为了保护龙神，卢克甚至不惜自我牺牲。翔悟和安东尼奥等人为卢克偏离常轨的状态担忧。卢克从健悟口中听到了父母思念孩子的普遍情感以及同伴存在的珍贵，不禁开始思考父亲和自身的命运……此时，为夺取骨甲而来的鹰骨甲（Eagle）来袭！面对持续鲁莽攻防的鲨，龙神道出了某种想法。在鹰压倒性的力量面前，鲨会再次暴走吗！？而鲨骨甲（Shark Bone）说出的那句话又是什么？

卢克降神（Descent）水之魔神，让吉尔伯特感到了焦躁。回顾至今的战斗，他苦恼于自负为ACE的理想与始终落后于同伴的现实之间的差距。怀揣着这样的想法，在清晨公园持续进行对练的吉尔伯特面前，早穂出现了。早穂向他倾诉了自己对未来出路的烦恼，并告诉他即便如此自己也不会放弃。即使对翔悟等同伴也一直态度强硬的吉尔伯特，在早穂温柔的心意和话语下，内心也渐渐开始敞开——

雷欧（Leo）凭借骨甲迸发出的强大力量击退了虎狼（Tiger & Wolf）。但这股力量来源成谜，雷欧的骨甲也随之石化。吉尔伯特说在力量涌现时，他听到了骨甲的“声音”。对“声音”这个词反应敏感的泰伦（Tyrone）想起，他的弟弟们也曾听到过犀骨甲（Rhino Bone）的“声音”，并将犀牛卡片（Rhino Card）带到他身边。但泰伦自己却从未听到过“声音”。另一边，翔悟在英语期末考试中挂科，必须为补考复习。他拜托自称在上大学的泰伦教他学习，然而……

清晨道场的训练。安东尼奥与卢克展开了一场卡波耶拉（Capoeira）与合气道的对决，两人仿佛对彼此了如指掌，翔悟看得目瞪口呆。训练结束后，安东尼奥像往常一样去打工。翔悟和卢克看到的打工内容，竟是街头表演融入杂耍（Juggling）的节目。这是安东尼奥为追求梦想之路所做的训练。翔悟对安东尼奥和卢克的过去产生了兴趣，询问他们如何相识，以及安东尼奥为何选择表演之路。安东尼奥道出的真相，是如今的他难以想象的——关于贫民窟（Slum）中那段压抑日子的记忆——

正在与虎狼交战的龙神、鲨、豹（Jaguar）面前，出现了暗黑翼龙（Dark Wyvern）、暗黑鹰（Dark Eagle）、暗黑鳄（Dark Alligator）三人。吉尔伯特和泰伦察觉到了三人的出现反应，赶到了解放茧舱（Liberation Cocoon）附近。但他们的骨甲已石化，无法进入茧舱，束手无策。另一边，暗黑翼龙命令虎狼撤退。它要亲自执行夺取龙神之骨的任务。暗黑翼龙的力量极其恐怖，仅用一击就粉碎了鲨和豹的骨甲！仅剩龙神一人在解放茧舱内，陷入了绝体绝命的危机！

尽管铁骨甲（Iron Bone）的暗黑翼龙拥有压倒性的力量，但雷欧（Leo）成功变身为铁骨甲并将其击退。若暗黑翼龙再次来袭，龙神等人获胜的希望渺茫。为了让除雷欧外的骨甲战士也能变身为铁骨甲，翔悟等人前往墨尔本的骨甲研究所。伦纳德对雷欧骨甲及其适合者吉尔伯特进行调查和研究，但变身为铁骨甲的理论仍未阐明。翔悟焦急万分，认为要战胜暗黑翼龙就必须成为铁骨甲。察觉到翔悟不安的卢克，向他搭了话。

研究所里，为了解开铁骨甲的理论，对雷欧骨甲和吉尔伯特的调查仍在继续。但翔悟、安东尼奥、泰伦却身在墨尔本的咖啡馆。原来，似乎有内鬼解除了研究所的防卫系统，协助暗黑鳄（Dark Alligator）入侵。为了保护翔悟和龙神之骨，卢克和吉尔伯特留在研究所内，将他们三人送出了研究所。另一边，暗黑鳄的适合者德罗萨斯（Drossus），若不能将龙神之骨带回，其自身地位将岌岌可危，他试图夺取骨甲。就在他准备着装时，暗黑鹰的适合者拜兹（Vize）出现，阻止了德罗萨斯。

墨尔本街头。暗黑翼龙的适合者克劳德（Crowd）出现在翔悟面前。他质问作为龙神之骨适合者的翔悟：为何龙神之骨要站在地球这边？但翔悟并不知道答案。对于身为适合者却一无所知的翔悟，克劳德讲述了由起源魔神引发的宇宙诞生历史，以及起源魔神要消灭地球的理由。得知真相的翔悟，听闻地球将被毁灭，无法坐视不理，绝不屈服。翔悟反而质问克劳德：若被告知自己的星球将被毁灭，你会默默顺从吗？克劳德毫不犹豫地回答：若是起源魔神的意志，自当遵从。

早穂向翔悟抱怨没能好好享受暑假。突然，早穂的父亲胜也（Katsuya）结束长期出差回家，父女得以久别重逢。胜也说翔悟长得越来越像小时候离家的母亲了，这让翔悟有些在意……另一边，在尼波斯（Nepos），克劳德与斯托尔兹（Stolz）会面。斯托尔兹担心女儿里贝鲁特（Liebert），同时也警惕着年轻的埃克斯（Eques）一派。和早穂去游泳池的翔悟，偶然与卢克等人汇合。胜也也加入其中，大家通过游玩转换心情。然而，新的敌人剑鱼（Swordfish）来袭！虽然演变成铁骨甲之间的战斗，但龙神等人惊觉这竟是克劳德指示之外的擅自行动。在胜也再次启程的早晨，翔悟思念起母亲，觉得她和自己一样想要守护身边的人……

里贝鲁特（Liebert）陷入了烦恼。屡次阻挡在她面前的地球骨甲战士翔悟。他们对抗起源魔神的身姿，让身为一直敬奉并遵从魔神的尼波斯人的她感到了违和。得知他们竟已变身为铁骨甲的消息后，里贝鲁特终于动身前往克劳德处寻求真相。在获得克劳德许可后，里贝鲁特再次拿起骨甲卡片，为了解翔悟为何能成为铁骨甲、为何而战，她带着古斯托斯（Gustos）和莫尔斯（Morse）前往地球。恰在此时，翔悟在卢克等人和早穂的声援下，正参加一年一度的空手道大会……

尼波斯的战士刻耳柏洛斯（Cerberus）完成了对某星球骨甲的回收。他是为回收骨甲不择手段、甚至不惜屠戮星球所有生物的残忍埃克斯（Eques）。他回到尼波斯·安杰利斯（Nepos Angelis），正式展开行动。另一边，翔悟必须在用于三方会谈的调查书上写下自己的优缺点。对自己了解不深的翔悟毫无头绪。卢克等骨甲战士正在护卫龙神家和岛谷家（早穂家）的家人。因为空手道大会时，古斯托斯和莫尔斯曾接触过早穂。但翔悟断言，如果是里贝鲁特她们，绝不会做出伤害家人朋友的事。

击退豹（Panther）等人的翔悟等人。在豹、狼、虎的身边，本该在研究所的熊（Bear）和灰熊（Grizzly）的骨甲卡片也在。能将骨甲卡片带出研究所的只有所长。卢克确信研究所的叛徒就是东尾（Touo），联系了正在龙神家护卫健悟和喜代子（Kiyoko）的泰伦。然而，东尾早已进入龙神家，与健悟和喜代子待在一起。泰伦将东尾引到屋外，使其与健悟和喜代子分开。东尾早已看穿泰伦的意图，故意应邀出来。就在东尾与泰伦对峙时，翔悟、卢克等人赶到。待翔悟等人聚齐，东尾开始讲述过去那起冲击性的事件。

暗黑剑鱼（Dark Swordfish）的攻击逼近龙神等人和骨甲战士。在这绝体绝命的危机时刻，狼和虎挺身相救。他们挺身挡下了暗黑剑鱼的攻击，掩护了龙神等人。难道是在与龙神的对话中，狼和虎的心境发生了变化！？暗黑剑鱼对狼和虎的行为勃然大怒。茧舱外，卢克正试图向东尾逼问真相：是否是他将暗黑灰熊（Dark Grizzly）和暗黑熊（Dark Bear）的骨甲从研究所带出交给狼和虎的？此时，东尾道出了意外的事实。

里贝鲁特突然出现在翔悟面前。紧接着，仿佛在等待她一般，东尾也现身了。在震惊的翔悟面前，东尾向里贝鲁特提出了交易：为无法回归尼波斯、在地球生活不便的她提供研究所资金上的便利。作为交换，希望她提供关于尼波斯·安杰利斯的情报。起初里贝鲁特顽固拒绝，但想起被邀请到翔悟家享用晚餐的经历，以及从卢克那里得知那正是翔悟想要守护的日常景象，她的心被动摇，最终答应了东尾的条件。在翔悟等人的注视下，里贝鲁极同意协助研究。然而同一时刻在尼波斯，刻耳柏洛斯·雷沃尔特（Cerberus Revolt）出现在了里贝鲁特的父亲斯托尔兹（Stolz）面前……

为了拯救父亲斯托尔兹，里贝鲁特决定返回尼波斯。翔悟等人也决定同行，执行充满危险的潜入尼波斯行动。翔悟在了解尼波斯与地球相似的日常的同时，也为远超地球的先进科技和优美整洁的环境感到惊愕。另一边，雷沃尔特趁斯托尔兹不在之机强行召开临时评议会，并自任议长。他敏锐地察觉到里贝鲁特的回归，设下计谋拜访克劳德……在前往斯托尔兹宅邸的翔悟等人面前，刻耳柏洛斯一派的北海巨妖（Kraken）出现！翔悟着装龙神骨甲，与拥有强大技能的铁骨甲北海巨妖展开了激烈的战斗！

翔悟等人为救出里贝鲁特的父亲斯托尔兹，前往他的宅邸。然而，宅邸不仅毫无人迹，连守卫都没有。虽然怀疑是陷阱，翔悟等人还是分成两队搜索广阔的宅邸。翔悟与安东尼奥、泰伦、里贝鲁特一组在宅邸内搜寻。里贝鲁特找到了斯托尔兹过去与她一同锻炼时用过的剑，思念起父亲。看到这样的里贝鲁特，翔悟对斯托尔兹（的幻影？）说一定要找到他。就在这时，里贝鲁特感受到了骨甲的气息——正朝他们走来。戒备的里贝鲁特面前，出现的是……

在洛杉矶研究所（巧合地被派遣至此）的安娜（Anna）迎接了从尼波斯死里逃生回到地球的翔悟等人。虽然被东尾和伊恩（Ian）等人责备，卢克还是报告了平安归来。然而，由于翼龙·克劳德（Wyvern Crowd）的稀有金属骨甲化（Rare Metal Bone），茧舱（Cocoon）已被破坏。在新的茧舱完成前，为安全起见，众人不得不在装有防护屏障的研究所内生活。另一边，刻耳柏洛斯·雷沃尔特因克劳德和斯托尔兹尚在尼波斯，无法亲自入侵地球，于是派遣部下鹰（Hawk）出击，并赋予其某种力量。鹰向同僚德罗萨斯（Drossus）透露了不安，但无法明说雷沃尔特提出的赋予狮鹫骨甲（Griffon Bone）力量的方案（因封口要求），最终决心独自赴战。翔悟等人则对尼波斯的现状产生了疑问：在星球核心凤凰（Phoenix）被夺走的当下，已无人能听到起源魔神的声音。他们思考能否将这一真相传达给尼波斯人。就在此时，鹰（Eagle）出现！其右臂已着装狮鹫骨甲……！

翔悟终于得知，自己竟在不知情的情况下与阔别12年的母亲智惠（Chie）有过通话。智惠作为骨甲研究者和母亲，回顾了至今的生活。伊恩（Ian）向翔悟道歉，因12年前将智惠召回研究所，导致他们母子长期分离。但翔悟选择不主动联系智惠，智惠也优先继续在国际空间站（ISS）的工作。伊恩和卢克父子察觉了这对母子的纠葛。翔悟第一次深刻了解到，母亲离开家人独自返回研究组织开发解放茧舱（Liberation Cocoon）的觉悟和真实心意。就在这时，埃克斯（Eques）的铁骨甲来袭——

翔悟的母亲智惠，多年来下落不明，原来是在宇宙空间站进行茧舱研究。翔悟通过通讯与智惠进行了12年来的首次对话。回到日本的翔悟想将母亲平安的消息告诉健悟和智子（Tomoko），却无法明说她在研究茧舱，内心焦躁。另一边，里贝鲁特挂念着留在尼波斯的父亲斯托尔兹和克劳德等人。早穂察觉到翔悟和里贝鲁特似乎心事重重。无处可去的里贝鲁特暂时留宿在龙神家，早穂邀请里贝鲁特和翔悟去购物，然而……

学校课间休息。翔悟的同班同学们听闻龙神家有位外国美人的传言，缠着翔悟要求介绍。翔悟敷衍地答应着，与同学进行着无聊的对话——翔悟的日常仿佛回归了。另一边，里贝鲁特的豹骨甲（Panther Bone）石化已恢复。本以为终于可以返回尼波斯拯救斯托尔兹了，就在此时，天空骤然变暗。为夺取龙神之骨，埃克斯来袭！为了避免学校受损，翔悟冲出教室逃跑。出现在翔悟面前的，是格雷戈里（Gregory）和维克托（Victor）！

从尼波斯归来的里贝鲁特和克劳德等人遭遇乌洛波洛斯（Ouroboros）袭击而负伤，正在日本研究设施接受紧急治疗。从里贝鲁特口中，翔悟等人得知包括乌洛波洛斯在内的尼波斯评议会成员，拥有足以令骨甲消逝的恐怖力量。更甚者，原本寄予厚望的克劳德·翼龙的稀有金属骨甲（Rare Metal Bone）之力，并非能持续发挥的力量。就在预料将陷入苦战的时刻，追兵乌洛波洛斯和猫头鹰（Owl）出现。不顾克劳德“危险”的制止，翔悟高喊“连他们我也要守护给你看！”，毅然着装。然而，在绝望的力量差距面前，犀牛（Rhino）、豹（Jaguar）、雷欧（Leo）、鲨（Shark）相继倒下。仅剩龙神一人孤军奋战，克劳德难道只能眼睁睁看着吗……！？

承受暗黑乌洛波洛斯（Dark Ouroboros）的攻击，暗黑翼龙（Dark Wyvern）倒下。在茧舱外担心克劳德安危的斯托尔兹，不知不觉陷入了回忆：那是暗黑翼龙适合者克劳德回收了某星球核心骨甲，将其带回尼波斯时的事。因克劳德回收了核心骨甲，那颗星球毁灭了。虽说是起源魔神的意志，哀叹于亲手毁灭星球的克劳德，决心背负起这份罪业……暗黑乌洛波洛斯的攻击直逼暗黑翼龙！在这绝体绝命的危机时刻，出手相救的正是龙神！

伦纳德对与乌洛波洛斯战斗中稀有金属骨甲（Rare Metal Bone）化的翔悟进行调查。然而，生物数据（Bio Data）和魔素粒子（Magin Particles）均无异状，甚至未留下任何稀有金属化的痕迹。稀有金属骨甲之谜愈发深重，卢克和里贝鲁特等人愕然。另一边，克劳德和斯托尔兹秘密返回尼波斯潜伏。雷沃尔特在评议会上要求追捕二人。索基乌斯（Sokius）派遣部下蛇（Snake）前往地球进行搜索。翔悟与卢克等人讨论关于火之魔神和稀有金属骨甲的信息，逐渐感到压力而迷茫。就在这时，遭遇了蛇。翔悟着装龙神骨甲迎战……

警惕潜伏在尼波斯的克劳德等人的雷沃尔特，决定不亲自出手，转而推进夺取龙神之骨的计划。他召见了曾是克劳德部下的拜兹（Vize）。雷沃尔特命令身为白鹰骨甲（White Eagle Bone）的拜兹独自迎战已成为铁骨甲的龙神等人。面对如此不合理的命令，拜兹向同僚德罗萨斯（Drossus）吐露了不安。然而，关于雷沃尔特提出的赋予狮鹫骨甲（Griffon Bone）力量的方案（作为封口条件），他无法明说，最终决心独自赴战。另一边，翔悟等人对尼波斯的现状产生了疑问：在星球核心凤凰（Phoenix）被夺走的当下，已无人能听到起源魔神的声音。他们思考能否将这一真相传达给尼波斯人。就在此时，鹰（Eagle）出现！其右臂已着装狮鹫骨甲……！

狮鹫骨甲（Griffon Bone）着装实验成功并获得力量的雷沃尔特，终于决定亲自出征地球。另一边，咖啡厅“伊甸园”（Cafe Eden）正在举办圣诞派对，智子（Tomoko）、早穂、卢克等人玩得很开心。然而，唯独翔悟显得有些心不在焉。翔悟溜出派对，独自一人在店外仰望夜空。担心他的泰伦上前搭话。翔悟正在思考因狮鹫骨甲着装实验而消失的暗黑鹰（Dark Eagle）和暗黑鳄（Dark Alligator）的事……

迎来新年，翔悟家神社因初诣（新年参拜）的客人而热闹非凡。在这片喧嚣中，卢克却神情严肃地与墨尔本研究所的东尾通着电话。上次暗黑刻耳柏洛斯（Dark Cerberus）现身地球，使犀骨甲（Rhino Bone）石化。在墨尔本研究所治疗下，泰伦的伤势有望恢复，但犀骨甲的恢复前景不明。卢极认为，要对抗暗黑刻耳柏洛斯，必须解开稀有金属（Rare Metal）之谜，实现龙神之骨的完全觉醒。在神社为参拜者分发甜酒的翔悟等人。卢克看着甜酒，不禁回忆起曾在墨尔本的往事……

乌洛波洛斯造成的犀骨甲石化、墨尔本研究所的破坏……危机接踵而至，降临在翔悟和地球身上。翔悟从父亲健悟处获准暂时前往墨尔本，协助将设备转移至洛杉矶研究所。出发前，看着即将建成的早穂新家，翔悟回想起自与龙神之骨融合以来发生的一切。另一边，查看从墨尔本研究所夺回数据的格雷戈里和维克托，对其内容震惊不已。

墨尔本研究所被毁。翔悟等人转移到洛杉矶研究所（LA Lab），关注着因战斗而石化的犀骨甲的修复作业。犀骨甲损伤严重，能否完全恢复尚不可知。泰伦忧心忡忡地守望着修复过程。另一边，尼波斯·安杰利斯出现了新的动向。佩尔布兰德（Perbrand）和巴利什（Barlish）在评议会上提出，要求解除行为可疑的雷沃尔特的议长职务。但评议会成员之一，暗黑蛇怪（Dark Basilisk）的适合者拉克特（Rakert）支持雷沃尔特。明知雷沃尔特行为有异，他仍为了雷沃尔特，踏上了夺取龙神之骨的征途。

土之魔神现身，犀牛（Rhino）变身为稀有金属骨甲（Rare Metal Bone）。在洛杉矶研究所，以稀有金属及其数据为基础，新型茧舱（Cocoon）的研究取得进展。另一边，在尼波斯·安杰利斯，继火之魔神之后土之魔神也站到了地球一边，这让雷沃尔特开始焦躁。格雷戈里和维克托决定亲赴地球解决问题。卢克为了守护洛杉矶研究所，独自离开研究所巡视警戒。他发誓绝不让墨尔本研究所的悲剧重演，一定要守住这里，然而……

伊恩（Ian）告知翔悟等人解放茧舱（Liberation Cocoon）的真正目的：它是用于召唤起源魔神的装置。解放茧舱是为了接触起源魔神而开发的。并且茧舱即将完成，智惠的研究也接近尾声。翔悟等人从洛杉矶研究所返回日本。回归家人和同伴日常的翔悟，再次下定决心必须守护这份日常，好让完成研究的母亲能够回家。就在这时，评议会派出新的埃克斯——暗黑独角兽（Dark Unicorn）。

起源魔神的出现以异常气象等形式，给地球带来了巨大影响。一夜过后，相关报道铺天盖地，翔悟得知早穂曾目击到火之魔神等人的影子。因尼波斯和起源魔神的侵袭，日常正逐渐被破坏，翔悟感到焦躁。在这种心境下，翔悟请求姐姐智子陪自己练习（手合わせ），试图抓住自己应行之路的线索。另一边，在尼波斯，雷沃尔特终于找到了克劳德等人的藏身之处。他盘算着只要除掉他们，就能无后顾之忧地毁灭地球。然而，克劳德、斯托尔兹等人却反其道而行，借助佩尔布兰德和巴利什的力量，袭击了雷沃尔特的宅邸。乘乱试图夺回凤凰骨甲（Phoenix Bone）的克劳德的计谋，能否成功……

古斯托斯（Gustos）和莫尔斯（Morse）突然出现在地球的翔悟等人面前。他们向翔悟等人讲述了尼波斯发生的悲剧：雷沃尔特着装尼波斯星球核心暗黑凤凰骨甲（Dark Phoenix Bone），袭击了克劳德和斯托尔兹。暗黑蝙蝠（Dark Bat）舍身相护，但克劳德和斯托尔兹仍被压倒性的暗黑凤凰之力击倒。古斯托斯和莫尔斯借助暗黑蝙蝠的空间之力转移至地球，才幸免于难。得知克劳德和斯托尔兹战败的消息，翔悟陷入消沉。而让这样的翔悟重新振作起来的，是安东尼奥的表演……

翔悟被告知评议会的目的在于“终焉之结”（Conclusion of the End），即从起源魔神的支配下获得自由。想到他们为此杀害斯托尔兹、袭击地球的行径，翔悟无法原谅，与稀有金属豹（Rare Metal Jaguar）一同反击索基乌斯（Sokius）等人。里贝鲁特回想起幼年时在地下室，看到写有“终焉之结”文字的父亲斯托尔兹斥责自己的情景，对她而言“终焉之结”绝非自由与和平，而是可憎之物。评议会所言的目的真是真相吗？想到那地下室或许正是召唤起源魔神的场所，为确认真相而去拜访智惠的里贝鲁特，为亡父悲泣。目睹地球惨状的翔悟等人，在挣扎之后，决心与里贝鲁特、智惠一同前往尼波斯。他们为确证“终焉之结”之谜启程，然而……

前往尼波斯的翔悟等人和智惠，在里贝鲁特带领下，于斯托尔兹宅邸旧址发现了地下室。智惠观察祭坛的状况以及翔悟触碰后显现的纹章，掌握了开发茧舱和“终焉之结”的线索。但此时，北海巨妖（Kraken）出现并发起攻击。翔悟不得已，先将智惠送回地球的太空站（ISS），承诺必定返回后迎战北海巨妖。就在五人以为击倒北海巨妖之际，乌洛波洛斯（Ouroboros）突然袭击！加之其运用空间之力的攻击，茧舱时限已到（Time Up），着装也被解除。里贝鲁特试图用空间之力将大家转移，但被等候多时的乌洛波洛斯抓住破绽，翔悟被捕了！被带到雷沃尔特面前的翔悟。龙神之骨终于要被夺走了吗！？

起源魔神终于开始行动。察觉此事的洛杉矶研究所紧急推进解放茧舱（Liberation Cocoon）的开发。要对抗起源魔神，需要完成版的茧舱。另一边，在尼波斯·安杰利斯，翔悟和里贝鲁特正从雷沃尔特手中逃亡。没有茧舱的翔悟无法着装龙神之骨战斗，只能不断逃跑。这样的二人面前，出现了格雷戈里（Gregory）和维克托（Victor）。翔悟和里贝鲁特戒备着，然而……

持续与刻耳柏洛斯（Cerberus）战斗的龙神，因豹（Panther）被击败的愤怒，变身为稀有金属骨极（Rare Metal Bone）。然而，即使拥有稀有金属之力，面对能自由操控三种属性的刻耳柏洛斯，龙神依然苦战。更甚者，在宇宙中，雷欧（Leo）仅剩左手未石化，仍顽强对峙独角兽（Unicorn）和蛇怪（Basilisk）。仅凭一人、一拳，仍不放弃、决心战斗到底的吉尔伯特的钢铁精神，得到了雷欧骨甲和雷之魔神的回应。雷欧也变身为稀有金属骨甲！紧接着，鲨（Shark）、犀牛（Rhino）、豹（Jaguar）也以稀有金属骨甲之姿回归，占据优势展开战斗。然而同一时刻，持续战斗的翔悟，在刻耳柏洛斯的猛攻下终于倒下，龙神之骨被夺走了。地球的命运将如何！？“终焉之结”难道要完成了吗！？

获得了龙神（Dragon）、凤凰（Phoenix）、狮鹫（Griffon）三颗星球核心骨甲的刻耳柏洛斯·雷沃尔特，终于要施行“终焉之结”（Conclusion of the End）。就在此时，斯托尔兹举起凤凰骨甲部件，召回了凤凰的核心骨甲，阻止了雷沃尔特的“终焉之结”。但是，龙神之骨仍在对方手中，地球的危机并未解除。地球的危机分秒逼近，无法着装骨甲的翔悟等人束手无策……

意图毁灭宇宙的起源魔神。作为地球核心的适合者，翔悟本应能通过解放茧舱（Liberation Cocoon）接触起源魔神，但起源魔神不予回应。被抛出茧舱、落在尼波斯的翔悟，斯托尔兹让他返回地球。作为地球核心的适合者，必须在地球展开解放茧舱才能接触起源魔神。翔悟返回地球，展开解放茧舱。他再次挑战，试图接触起源魔神。