第 1 季

神乡慎与弟弟洵来到了北陆的新兴城市绫凪市。这是他们在父母双亡后时隔十年的归乡。还没来得及为与担任年轻警察署长的哥哥谅重逢而高兴，慎就被卷入了连续发生的猎奇事件，并在生命危机中，显现出隐藏的Persona能力。崭新的Persona物语，于此拉开帷幕……

转入凪之杜学园高等部的慎，遇到了同班同学榊叶拓朗、茅野惠和守本叶鸣。学园和街头的年轻人中流行着一种称为“抽影”的仪式，在好奇心旺盛的拓朗邀请下，慎忘记了惠关于危险的忠告，尝试了这个奇妙的仪式。出现在慎面前的是……

慎与伙伴们再次身处又一桩离奇猎奇事件的现场。得知此事的谅以异样的严厉态度命令他离开城市。慎无法理解重逢后谅的态度，开始为十年分离产生的隔阂而烦恼。此时，绫凪署的刑警伊藤出现在慎面前，暗示谅可能与这一连串猎奇事件有关。

在曾是父母工作室的家中画室里，洵不断找出回忆之物给慎看。弟弟平日虽不算和善，甚至有些别扭，此刻顺从的态度让慎略感困惑。两人找到父母最后的合著绘本《鲸之羽》，正沉浸在怀念中时，归家的谅与慎发生争吵，目睹此景的洵在深夜消失了踪影。

慎得知拓朗的朋友、摇滚少年孝司失踪了，并想起他的名字曾出现在谅电脑里的名单上。当晚，慎与开始出现怪异行为的洵一同前往海岸边的Livehouse旧址，在那里遭遇了驱使Persona的少年濑能壮太郎，并目睹了被其吸纳的孝司的Persona。

预定来绫凪署的一日署长因大雪被困机场。为了举办交通安全活动，署员们奔走寻找代任者。偏偏此时接到“Reverse事件发生”的紧急通报，谅只身前往现场。署长不在的绫凪署，又接到了“绑架事件发生”的消息。在这非常事态中出现的两位半日署长究竟是……！？

慎和伙伴们来到黑部海岸的温泉旅馆。受茅野惠邀请加入一行人的舞蹈部前辈田坂悠美，因遭受稀人袭击的冲击和后遗症而一蹶不振。抱着濒临崩溃的精神，悠美向如妹妹般关心的惠表达了心意，却在当晚企图投海自尽。她那空洞眼眸中映出的，是身覆羽毛的少女身影。

一位名叫山咲真由理的转学生出现在慎的班级。她成熟稳重、沉默寡言，是位神秘的少女，似乎与守本叶鸣相识，但叶鸣对她的重逢显得有些尴尬。此时，学园里每夜开始发生不可思议的现象。觉得这不似人为恶作剧的慎等人，为了查明真相，决定进行深夜校内巡逻。

自从回到绫凪市，与谅之间的尴尬成了慎日常的郁结。二阶堂映子邀请慎去兜风。即使这兼有工作目的，但与从小憧憬的女性独处外出，仍让慎的心情暂时放晴。映子正在独自调查富山湾断续发生的失踪事件，她的叙述让慎的脑海中浮现出绘本《鲸之羽》的形象。

神乡家只剩下谅和洵两人。洵有想和谅一起去的地方，却说不出口。随着山咲真由理意外来访，兄弟俩度过了一个奇异而难以理解的假日午后。另一方面，为了备战而秘密进行Persona操控训练的拓朗，以及担任教练的惠那边，跟踪叶鸣的绫凪署楢崎刑警正在接近。

惠得到情报，有学生在校内秘密组建了“抽影同好会”，便带着慎和拓朗闯入了作为活动据点的空教室。没想到，中心人物竟是叶鸣。她明知这是危险游戏却无法停止。为了拯救开始出现严重戒断症状的叶鸣，慎决定全天看护她，但是……

陪洵去医院检查的慎，听说了关于十年前拯救了濒死洵的脑外科医生的事。慎重新涌起感激之情并对那奇迹般的技术产生兴趣，但听说那位医生已经去世。当晚，谅与一位曾和他共同参与警方绝密特殊部队设立计划的男子意外重逢。

持续违背法则使用Persona的谅，其极限正在逼近。在洵的课堂参观日，答应会出席的谅让慎感到莫名不安。此时，获得新潜在者名单的稀人们在九条稀也的意志下，企图再次在绫凪市引发“Reverse”事件的惨祸。那虽受威胁却仍被允许的日常，此刻即将终结。

沉浸在突然噩耗的悲痛中，慎为了追寻亡兄的影子和真相而继续彷徨。季节更替至夏季，街上越来越多的人逐渐失去了活力……尽管在本集末尾出现了失踪的谅，但那真的还是原来的他吗？

在谅失踪及“Reverse”事件广为人知后，派驻绫凪署的参事官真田明彦找到了慎。真田要求慎与拓朗、惠作为“Persona使者”共同战斗。他与谅同属负责超常精神事件的特务机关员，但实际上上层只要求他们隐瞒相关事实。怀抱着“断绝扭曲的Persona研究”这一共同目的，两人一直在秘密合作。

虽然预感到会与稀人战斗，但拓朗和惠对于真田等人为了抽取潜在者而同样利用“抽影”、并未能防止牺牲的做法感到不解。同时，两人心中也各自萌生了对自己Persona的不安与无法消除的疑虑。出于对谅的牵挂而决定协助真田的慎，不顾对洵的担忧，参与了阻止永井制药的永井秘密与稀人进行控制剂交易的行动。

慎等人在惠位于八尾町的老家为洵进行应急处理，等待天明。面对因接近危险之地而受伤的洵，慎真切体会到了谅当初想让他们远离此地的苦心。在同一屋檐下，茅野惠也直面着自己十年前的心结……那场由同时多发无气力症引发的事故惨剧，正是她一直暗自自责、并对自身Persona抱有疑虑的根源。

洵在家附近的公园遇见了一位正在读《鲸之羽》的红发少女。名为彩音的少女让洵产生了从未有过的情感，他在困惑中被深深吸引。慎察觉这位总是与白色羽毛一同出现又消失的少女非同寻常，在莫名不安的驱使下跟踪了他们的“相会”。在那里，慎目击到了……

富山湾及其沿岸地区持续发生原因不明的失踪事件，一些深陷无气力状态的人甚至主动消失。与此同时，开始确认有失踪者归来，但他们的肉体与精神都出现了不一致的异常。在这日常逐渐被异样侵蚀的时节，拓朗与一位自称是他生父的妙龄女性相遇。

真田推测，以富山湾为中心发生的一系列不可思议的事件，是人类不断玩弄从无意识之海中诞生的Persona所招致的报应。他要求慎等人做好决战准备，目标是将稀人的复合Persona以及九条研究的所有过去数据彻底消灭。在这样的情况下，慎和洵度过了属于兄弟二人的时光。

绑架了洵的稀人们企图利用他的Persona，来稳定即将超出控制极限的复合Persona。同时，慎从曾参与Persona研究的柊社长那里，得知了只有谅才知道的、关于父母过去的真相。

一心只想让死去的爱女复活的九条，其执念已化为威胁无意识之海秩序的妄执。真田找到了稀人们潜伏的研究设施，但最终的行动被托付给了慎这些Persona使者。

得知自己的记忆是被制造出来的，且一直受九条操控的叶鸣陷入绝望。在失意中，她向伙伴们告别，独自走向大海。然而她所站立的地方，正是与慎之间微小回忆的所在地。

十年前的真相终于揭晓。那个冬日的午后，在绫凪市沿岸发生的多重灾害的中心点……能够望见铅色富山湾的海岸上，神乡谅与小松原彩音，以及他们的父母都在场。当时，谅怀中抱着的是……

在得知关于Persona的众多真相以及谅所背负的一切后，慎深受打击。他像那些患上无气力症的人们一样，独自蜷缩在海边。而地下设施中的有机人工体再次启动，开始向富山湾移动。

知晓了一切的慎，为了终结所有悲剧，将自己的决心化为利剑，召唤出全新的Persona。而渴望将人们精神从Persona中解放的谅，其最终的姿态与选择，也呈现在弟弟面前。