第 1 季

一位男性造访了新宿区歌舞伎町“PIPECAT”。他是一位叫约翰・H・沃森的医生，听说夏洛克・福尔摩斯是本领很好的侦探，所以来拜托他。其他侦探也聚集在PIPECAT，警部开始说明请求，连续杀人犯·通称“割裂者杰克”的事件刚刚发生不久，捉住犯人的侦探能得到报酬1000万日元。报酬快者可得！侦探们开始寻找犯人。

虽然沃森向夏洛克提出了委托，但却没能帮他处理家务和照顾身边的事情。郝德森夫人向全员招集了侦探。今天的委托人是在歌舞伎町二丁目经营花店的高峰富士子，是侦探·小林所憧憬的人。在偶像组合“哭泣的凝视队”试镜合格后，预定今天披露的她，一边流着泪一边诉说着她希望解决的事情。

正在举办莫里亚蒂生日会的酒吧“PIPECAT”，来了位叫田中黄熊的男性。他被报道为杀人事件的嫌疑犯、控诉说他是被冤枉的。黄熊被警方带走了，但是看中黄熊的郝德森夫人委托他当侦探。这次的委托是“证明黄熊的清白，把他带回郝德森夫人身边!”接受委托的侦探们前往西部的案发现场。

夏洛克、华生、莫里亚蒂三人来到了澡堂“八天之汤”。不知道为什么，浴场里有三个男人分别戴着狗、猴子、山鸡的面具，正在洗澡。莫里亚蒂说，他们是人气独立乐队的成员。之后有实况录音的主唱桃太郎却突然不见了身影，乐队成员很为难。

玛丽在街上发现了补习班的招牌，向露西诉说着想上补习班，憧憬着校园生活。自年幼离开故乡以来，两人一直在歌舞伎町生活。露西为了实现玛丽的愿望，向兼古老大借了200万日元的学费，但在回来的路上发现了企图跳楼自杀的力士·文丸。

兼古组的危险黑道·杉本出狱了。他曾是小林的老大哥。“歌舞伎町游击队”的孩子们目击到杉本威胁一家零食店，抢走了钱和“吓人贴纸”。游击队的队长·良夫看到陷入困境的零食店，便从杉本那里偷走了那些东西。杉本大怒。孩子们的危险迫近！

一个S级特大委托被带到了侦探长屋：希望能取回被盗的USB。USB似乎是从莫兰新宿区长的卧室里偷出来的。带来委托的是区长的第一秘书官，也是夏洛克的哥哥，迈克罗夫特·福尔摩斯。侦探们对1500万日元的报酬激动不已。据说偷走USB的犯人是那位有名的艾琳·艾德勒。

一位名叫城田结衣的女性来到侦探长屋。她独自一人抚养着独生女绘美理，但前夫米尔沃顿威胁她交出绘美理的抚养权。不想和女儿分开的结衣似乎有什么隐情，她向侦探们求助，拜托他们帮忙。

连续杀人犯·通称“开膛手杰克”发现了艾琳的住所。在哈德森夫人的提议下，艾琳开始与夏洛克同居，沃森则被赶出了夏洛克的房间。面对拥有完美家务技能的艾琳，沃森失去了容身之处，垂头丧气，这时他目击到京极在一台可疑的自动售货机前举止诡异……

夏洛克因艾琳的死而显得意志消沉。侦探们动摇了。在此期间，沃森周围接连发生可疑事件。沃森逐渐开始认为“开膛手杰克”的真身或许是莫里亚蒂，他拼命地诉说着夏洛克有危险，但是……

沃森被行为异常的京极袭击，京极命令他交出USB，但早就预料到这一点的夏洛克等人出现，救了沃森。原来，沃森周围发生的一系列可疑事件，都是为了引诱杰克上钩的计策！？夏洛克开始的推理落语。题目是“开膛手杰克捕物始末”！那么，内容究竟是……？

杰克死亡，莫里亚蒂被警方带走。侦探长屋笼罩着沉重的气氛。这时，哈德森夫人吵嚷着说“PIPECAT”的招牌猫·派普不见了。据说最近歌舞伎町出现了诱拐宠物并转卖的可疑人物……全员被强制参加，受哈德森夫人委托寻找派普，侦探们不情不愿地开始寻找派普。

一位名叫小幡的委托人来到侦探长屋。委托内容是希望寻找失踪的哥哥。夏洛克发现事件与落语《活着的平次》极其相似，兴高采烈地接受了委托。沃森担心自从莫里亚蒂的事件后，夏洛克是否在勉强自己强颜欢笑，迈克罗夫特便向沃森讲述了夏洛克的过去。另一方面，监狱里的莫里亚蒂也找到了讲述过去的对象。

因真纪的事深受打击的京极把自己关在房间里，过着废人般的生活，最终决定住院。某一天，一个名叫风太郎的少年从医院跑出来，根据网络评价找到侦探长屋委托事情。他说同病房住院的院长的儿子·兰波，被留在了他们一起去过的异世界。夏洛克对这奇妙的谜题表现出兴趣，接受了委托。顺便去探望住院的京极，但是……

这次的委托人是迪伦，他在PIPECAT附近招揽客人。他说希望寻找一位叫凯西的女性未婚妻。在她的劝说下，迪伦向一家名为“Vision To You”的、怎么看都很可疑的公司支付了大笔金钱。以两张超高级肥皂乐园招待券为报酬，小林和京极接受了委托。而察觉到了什么的玛丽也邀请沃森开始调查。

在高级夜总会“白玫瑰”前，米歇尔看到了一位名叫艾丽卡的夜总会女郎。米歇尔开始频繁光顾“白玫瑰”以求接近艾丽卡，但由于紧张无法正常交谈，得知艾丽卡有男朋友后，他意志消沉。此时，腰缠万贯、闻名遐迩的慈善家哈利·埃文斯来到店里，指名艾丽卡。艾丽卡抓住了抓住大客户的机会，但第二天却因杀人嫌疑被捕了。为了洗清艾丽卡的冤屈，米歇尔要化不可能为可能……！？

莫里亚蒂出狱了！PIPECAT正在举办庆祝派对。二次会去了击球中心，那里到处都有奇怪的涂鸦。游击队的孩子们被怀疑是涂鸦的犯人。相信游击队清白的莫里亚蒂决定发布S级特大委托“捉拿真凶”。不仅如此，莫里亚蒂本人还说要作为侦探追查犯人……！？

在电视和网络上被称为“英雄侦探”而大受欢迎的莫里亚蒂。忙碌不堪的他来到PIPECAT，商量希望别人能代替自己接受那些处理不完的委托。夏洛克虽然担心莫里亚蒂的状况，但对带来的委托中“动物园动物被杀事件”产生了兴趣，决定接受委托。夏洛克、沃森、莫里亚蒂三人，在发生事件的歌舞伎町动物园调查关着猴子、狼和山鸡的笼子。

莫兰新宿区长主办的慈善音乐会即将举行。那里聚集了受迈克罗夫特委托前来的侦探们。音乐会举办4天前，莫兰收到了一封奇怪的爆炸预告。送来预告信的是被认为是第七监狱集体越狱事件主谋的阿尔伯特·特雷弗！“捉拿阿尔伯特，防患于未然”这一委托的成功报酬是5000万日元。面对如此诱人的金额，加之是莫里亚蒂的请求，长屋的全体侦探都开始了搜查，但……

阿尔伯特的出现让音乐会会场陷入恐慌，在寻找走散的玛丽时，露西被莫里亚蒂叫住。另一方面，为了寻找莫里亚蒂，沃森去了雷斯垂德那里，夏洛克则与哈德森夫人他们会合。夫人担心莫里亚蒂，给他打了电话，但是……

在沃森、玛丽和莫里亚蒂下落不明的情况下，歌舞伎町迎来了平安夜。距离亚历山德拉去世正好两年。圣诞老人四处派发礼物，夏洛克被邀请参加圣诞派对。夏洛克怀着觉悟前往指定的地点。

网络论坛上出现了一个名为“关于酵母菌的帖子”的讨论串。楼主“旅行的前面包师（助手）”开始讲述关于旅行，以及与詹皮、森林等人之间的故事。

夏洛克终于犯下了杀人罪——沃森和艾琳抵达了杀人现场。然而，夏洛克从沃森眼前逃走了，再次下落不明。在缺乏决定性证据的情况下，周围人对夏洛克的怀疑只是日益加深……相信“夏洛克没有杀人”的沃森，采取了某个行动，但……

在长屋侦探们的帮助下，夏洛克和沃森成功从区政府大楼逃脱。莫里亚蒂留下的小夜谜语集中夹着片喰（酢浆草）。察觉到其中含义的夏洛克，为了确认莫里亚蒂的真相，与沃森一同返回了歌舞伎町。