创圣的大天使

创圣纪元0011年的地球。因11年前的大异变，南极冰层溶解，本应于一万两千年前灭亡的亚特兰蒂亚出现，“堕天翅族”苏醒了。他们为了摄取生命能量“普拉纳”接连捕获人类。另一方面，大异变后设立的地球再生机构DEAVA，将被称为“元素人”的少年少女们从各地召集而来，作为曾将堕天翅族逼至灭亡的传说兵器“机械天使Aquarion”的搭乘者接受特训。因元素人之一丽娜的预言，皮埃尔和西尔维娅为寻找本应成为救世主的“太阳之翼”前往冰之城。然而，作为目标的少年阿波罗，却是靠偷来的食物维生的、野兽般的街头儿童。

在冰之城中好友巴隆被堕天翅族带走的少年阿波罗，仿佛被什么引导着与太阳Aquarion合体，一击粉碎了凯尔贝姆兵。另一方面，虽然完成了合体，但因遭受收获兽攻击而解除合体的丽花，对在那场战斗中陷入重伤的格连感到责任。并且，由于Aquarion的复活，堕天翅族的前线指挥官头翅也从一万两千年的长眠中苏醒。

DEAVA来了新的元素人候补生。是雏和纯。加入他们的元素人候补生们进行合体模拟器训练。然而，阿波罗和西尔维娅配合不佳，雏和纯也因极度紧张无法发挥实力，训练因可疑的爆炸而中止。训练后，苏菲亚对独自留在模拟器中思念被捕好友巴隆的阿波罗，讲述了关于“伙伴关系”的话题。

从沉睡中醒来的头翅向最长老约翰内斯提议，利用太阳之翼的力量使生命之树进化，创造天翅族的新世界。另一方面，在DEAVA，随着不动一声“赤脚！”的喝令，一场令人费解的特训开始了。不动仅瞥一眼脚印，便能读取元素人们的心理和弱点。训练后，丽娜出现在正要揭露不动机关的西尔维娅和阿波罗面前，将不动比喻为“贯穿天地之光柱”。

阿波罗为救出被堕天翅族掳走的好友巴隆，决心只身潜入亚特兰蒂亚，溜出宿舍。不动命令元素人候补生们，将追踪阿波罗作为特训。目的地是DEAVA基地的地下。那里是巨大的地下迷宫。候补生们接连脱落。其中，修雷特、皮埃尔、丽花、西尔维娅逼近了阿波罗。

不动命令元素人候补生们进行一项特训：将自身灵魂的形象传递给远方对象，并使其回头。然而，阿波罗他们的思念难以如愿传达。距离太远了。不动对阿波罗他们阐述：“距离和时间皆是人内心迷茫所产生的幻象。”此时，堕天翅头翅将看似近在咫尺却无法触及的“月亮”之力授予凯尔贝姆兵，袭击阿波罗他们。

旧阿丽西亚王国的王子修雷特。他无比喜爱美丽之物，时而吟诗。即便在战斗中也是如此。目睹他战斗姿态的圣天翅·头翅，为了展示真正的美，派出了新的神话兽“安提克顿”。在此期间，围绕一本据说是希腊奥诺玛克里托斯所作的关于宝石的书《利提卡》，阿波罗、西尔维娅、修雷特、丽花之间的关系变得尴尬。

一队成员中，唯有雏和纯尚未在实战中合体过。而且合体后似乎能得到模拟器中无法体验的舒畅感。于是雏向丽花请教关于“第一次”的心理准备。纯也向皮埃尔寻求建议。然后，翌日模拟器训练中，再次发生了神秘的爆炸事故。

每晚，世界各地多发孩子无法从睡眠中醒来的事件。DEAVA判断这似乎是神话兽的精神攻击。不动命令元素人们进行特训。然而，阿波罗他们对这令人费解的特训内容感到困惑。其间，连修雷特和丽花他们也受到了那种攻击。阿波罗他们为了拯救修雷特等人，前往矢量机。

无视命令成为头部与Aquarion合体的阿波罗。此时，原型翅·炼翅赋予生命的新型凯尔贝姆兵出现。战翅·双翅乘坐其中，其力量深不可测。在双翅的猛烈攻击下，阿波罗他们毫无还手之力，最终西尔维娅身负重伤。赶到的修雷特殴打了造成西尔维娅负伤原因的阿波罗。

自从第一次合体时，遭受被堕天翅族掳走之人的思念攻击以来，那成了心理创伤，丽花无法再合体。加之她招致不幸的体质，使得周围的人更加不幸。雷鸣轰响，电脑损坏，重伤的格连也毫无好转迹象。感到责任的丽花决心离开DEAVA。

从密林遗迹中，发现了被疑似堕天翅的琥珀包裹的“翅膀”。因可能记载着堕天翅族的秘密，研究迅速展开。丽娜从翅膀上感受到不可思议的力量，昏了过去。不动不知为何禁止多人触碰此翼。为了夺回那“琥珀之翼”，搭载着头翅和音翅的新型凯尔贝姆兵逼近了DEAVA。

头翅与音翅驾驶的凯尔贝姆兵，拥有压倒性的强大。即便是承受了阿波罗和雏的全力必杀技，其机体也毫发无伤。被压在岩壁上，太阳Aquarion动弹不得。头翅悲伤地质问阿波罗他们，是否已忘却前世的记忆。然后，头翅将作为人质的巴隆推到了阿波罗他们面前。

西尔维娅梦见阿波罗过去的体验，仿佛是自己亲身经历一般。连巴隆痛苦的记忆也如同自己的记忆。于是西尔维娅拜访苏菲亚，询问原因。阿波罗也因接触翅膀而复苏了阿波罗尼奥斯的记忆，但苏菲亚解释说那是否真是阿波罗尼奥斯本人的记忆尚不确定。另一方面，头翅向夜翅报告已破坏了琥珀之翼。头翅所持头盔的秘密由此揭晓。

与Aquarion合体时，所有感觉都会变得敏锐，甚至能感受到其他元素人的超感觉。也就是说“感觉很舒服”。总是开朗的皮埃尔样子很奇怪。一副疲惫不堪的样子，上课时心不在焉，只是按着圆珠笔的笔帽，按上按下，若是平时的皮埃尔，看到克洛伊的裙底本该大喜，现在却完全没注意到。是的，皮埃尔的身体发生了某种异变。

观看恐怖电影而颤抖的皮埃尔等人。片中登场的吸血鬼与丽娜一模一样。在纯和雏的脖颈上发现了两个被刺穿的咬痕。那难道是吸血鬼所为？而且阿波罗也坦白曾被丽娜吸过血。纯和皮埃尔等人开始怀疑丽娜是否是吸血鬼，甚至是堕天翅族派来的间谍。对此，唯有西尔维娅庇护着丽娜。

为了不被兄长讨厌、为了精准操纵Aquarion、因为是前辈的建议——西尔维娅、丽花、雏分别因不同的理由开始减肥。然而，无法控制“想吃却不能吃”的压力，她们终于在梦中祈愿“食物都消失吧！”。目睹此景的小天翅·双翅发起了某种攻击。

头翅将背叛自己的阿波罗尼奥斯的翅膀作为头盔装饰，以示不忘。不知此情的、堕天翅族最后的孩子天翅·双翅，利用阿波罗尼奥斯的翅膀和被囚禁的阿波罗的同伴奇比子，对阿波罗他们开始了可怕的作战。出击的阿波罗他们音讯全无，本应通过传送交换出击的丽花也没有回来。

因自私的行动而放跑收获兽的阿波罗、修雷特、西尔维娅。他们只考虑自己，完全无法体察对方的心情。不动对这样的阿波罗他们下达了“试成为对方”的特训。特训前，纯展示了自己某个特殊的爱好。

与太阳之翼的游戏——战斗。意外地喜欢上战斗的双翅，不顾智翅的制止，率领众多凯尔贝姆兵开始袭击城市。因其天真无邪，对人类而言攻击更为残酷。面对无差别攻击，阿波罗显露愤怒，修雷特警告说那是不可鸣响的翅音。另一方面，新联合国军因六芒星型高次元量子结界系统的完成，发动了笼目作战。

双翅因笼目作战被人类捕获。其翅膀为了新型兵器的开发而被扯下。被夺走所爱之人的怒火点燃了头翅，他为了夺回同等份量的爱，与漆黑的最强凯尔贝姆兵一同前往DEAVA。昔日，阿波罗尼奥斯曾走过的红色道路，再次于此世显现的时刻迫近。

DEAVA基地建设在旧阿丽西亚王国的遗址上。那片土地的深处隐藏着什么？不动终于向苏菲亚揭示了那个秘密。然后，修雷特和西尔维娅手环下的秘密也向元素人们公开了。

在觉醒为堕天翅之力的修雷特操纵的凯尔贝姆兵面前，阿波罗他们的攻击完全无效。拯救这绝体绝命危机的，是DEAVA秘密开发的强攻型Aquarion。而它的驾驶员，竟是意识不明后行踪成谜的格连。格连虽从重伤中恢复，但他的身上被植入了被捕获的堕天翅·双翅的翅膀。

堕天翅族的总攻终于开始了。世界各地的天空中出现门扉，无数孢子倾注而下。接触孢子的人类接连植物化，被收集的普拉纳使生命之树成长到结出果实的地步。面对严峻状况，新联合国军计划连同被囚禁的人们一起毁灭亚特兰蒂亚。得知毁灭计划的DEAVA，决心出击亚特兰蒂亚以拯救被囚禁的人们。

通往亚特兰蒂亚的亚空间回廊终于打开。新联合国军的强攻型矢量机，抢在阿波罗他们前面，接连不断地涌入亚特兰蒂亚。企图连同被囚禁者一起摧毁亚特兰蒂亚的新联合国军，与迎击的无数堕天翅族凯尔贝姆兵。在壮烈的战斗中，DEAVA能救出被囚禁的人们吗？

塞丽安的灵魂分别寄宿于修雷特和西尔维娅兄妹之中。怀揣一万两千年的思念，头翅操纵的利刃刺穿了修雷特乘坐的矢量机。目睹濒死的修雷特，被强烈愤怒驱使的阿波罗，在生命之树下迎来了与头翅的凯尔贝姆·维尔泽巴的最终决战。