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1867年春,美国商船罗妹号在福尔摩沙南端海域遭遇船难,上岸时因误闯原住民领域遭馘首,而爆发「罗妹号事件」。琅𤩝,此时争夺粮食与水源的闽客庄民,一场抢夺资源的生存之战迫在眉睫,代表河洛一方的柴城头人朱一丙,以其势力优势要挟保力客庄与社寮就范。猪朥束社,斯卡罗族群大股头卓杞笃,正与风祭司及一众部落领袖、族勇,为巴耶林误杀女人恐触犯祖先禁忌而担忧,风祭司竟告知,不祥之兆如漫漶的海水,将带来更多蓝眼人的报复…。
美国驻厦门领事李仙得亲赴台湾道了解,听闻其余船员应已遇害,震怒欲前往台湾道寻求公理并展开搜救…。李仙得未料台湾道道台告知琅𤩝为治权未及的化外之境,遂请托必麒麟与天利洋行老板带信施压闽浙总督,台湾道两位最高层级官员,一文一武之争,将再次跃上台面…。蝶妹费尽心力物力,为终于来到府城的弟弟阿杰打点安排,让阿杰能尽快落户并在打石场工作,还连番告诫务必隐藏身份、莫与人争,才是在此安身立命之道。
台湾府通译献计,谎称船员获救养伤且已处置肇事部落,但为李仙得识破。李仙得并试图以闽浙总督回复信函要求出兵琅𤩝,道台、总兵互争主导,李仙得持续与其斗智。李仙得透过蝶妹的出身,初步了解琅𤩝部落文化,渐感兴趣的李仙得,同意聘雇蝶妹,两人也因此有了相处与对话机会。刘明灯领军,李仙得、必麒麟、蝶妹一伙人随行,镇琅军浩荡自府城开拔,然而懊热的气候与风土,也将在路程中潜伏与袭击。
李仙得一行人来到海岸,见遇害罹难的十数名船员,赤条排列岸边,心中悲痛不已。蝶妹告诉李仙得,社寮是琅𤩝势力最弱小族群,然一行人来到社寮庄口,李仙得见庄口洋人无头尸而震惊、怒不可遏,社寮头人水仔像亡命狗般命在旦夕。部落边缘,卓杞笃与伊沙各率部落族勇对阵,卓杞笃盼伊沙能以大局为重、共同对抗外人,此次对峙危机直逼临界点。蝶妹挟柴城令保力,成功领众人入保力庄,李仙得竟在头人林阿九家中搜出罗妹号船长遗物。
美国海军正式涉入罗妹号事件,进行「福尔摩沙远征」,美国海军陆战队员迅速登陆进入丛林,试图直捣部落核心,而部落也快速集结与反应,一方拥有军力优势,一方占有诡谲礁丛屏障,双方展开激斗。蝶妹与阿杰来到山林,试图寻找记忆中,母亲曾带姊弟俩走过的入山禁忌之径,相思树花飘散间,禁忌之径的某处,神秘的精灵鹿竟正凝视着蝶妹。眼看来自山下汉人与洋人的纷扰不断,伊沙前来策动朱雷,五年祭那天,将是卓杞笃最后的日子。
山海交界处,崖壁艰险浪滔天,镇琅军至此停驻,无法再往前进,骇然竟有一支部落族勇正各自盘踞山壁,准备往劣势下风处的军队攻击。伊沙部落正准备大量武器,卓杞笃与乌米娜闻讯赶来,智取兵器、削减战力,伊沙忍无可忍,摊牌表示欲逼迫卓杞笃交出大股头之位。斯卡罗公主乌米娜向水仔要求往柴城游历,但头人朱一丙岂容乌米娜入庄探知庄内形势,族勇、庄勇两方对立,场面一触即发。
总兵摆起军队阵仗,水仔、朱一丙、林阿九各怀心思,都想借力使力、保存实力,蝶妹传译总兵命令,赏银并号令尽速归顺官军,朱一丙提议官军可在柴城外草埔驻营,水仔闻言欲制止。蝶妹与卓杞笃再次见面,两人争执、立场仍然对立。蝶妹不愿亲人、族人命丧于外人军队,卓杞笃不愿出卖弟兄、更不愿见蝶妹出卖部落,遂要驱逐蝶妹下山。
蝶妹知卓杞笃即将袭击军营,李仙得似察觉异状,便接连询问蝶妹与必麒麟,琅𤩝之行发生何事。蝶妹深怕部落引战,愧疚自责不该带官军进琅𤩝,伤痛之余便燃起火把往营外而去,蝶妹此刻已然危如累卵、命悬一系。卓杞笃率大批族勇往保力,要头人林阿九共同抵御外人军队,林阿九虽慑于部落势力,仍趁机索讨利益,卓杞笃淡然表示「不是朋友」。
丧失统领埔主控权,屋舍、存粮被烧,水仔心痛不已便率领庄民抢割未熟米稻,林阿九领保力众制止,双方爆发严重械斗。
蝶妹与母亲玛祖卡一样染上热病,病危之前向李仙得坦诚与卓杞笃的舅甥关系,李仙得到玛祖卡坟前,祈求蝶妹的平安,并愿意承受所有的病痛与诅咒…。
朱一丙老谋深算,见官军久未有实际动作,便刻意率庄民前往兵营口拦路,逼迫总兵在尽速剿番与撤出琅𤩝间抉择,总兵决意孤注一掷。
运油队陆续将兵营集结的松节油一一运往保力,总兵要参将尽速通知柴城、保力两庄成立乡勇团练,协助运押松节油,以期尽快烧山对部落展开攻击。