第一季

1910年，沙皇俄国境内，两个猎人发现一具惨死的尸体，经检查发现死者是得鼠疫而死。为防止鼠疫在俄国境内蔓延，沙俄当局下令将在俄国境内的中国劳工驱赶回国。

早晨姜达明叫郭尔丹起床赶路，发现郭尔丹已死。姜达明在万分痛苦之中送别了郭尔丹，继续往哈尔滨逃亡。沙俄驻哈尔滨领事和海关关长尤里金想借鼠疫爆发使沙俄军队进入哈尔滨，以达到占领中国领土的目的。

留学英国剑桥大学医学院的伍连德博士在英文报刊上得知东北发生鼠疫，主动请缨前往制止瘟疫蔓延。一筹莫展的防疫大臣施肇基大喜过望，立即赶赴天津陆军医学院聘请伍连德为“大清防疫总医官”，亲自把伍连德送上火车。

伍连德和助手林家伟乘货车连夜赶到哈尔滨，此时，县太爷姚仲亭正准备焚烧疫情重灾区傅家甸，掩盖疫情真相。危急时刻，伍连德及时赶到，制止了这场灭绝人性的大火，挽救了傅家甸百姓的生命。

警察巡长穆德惠抓了个行骗的“一贯道”叫索利家，却引火烧身，姚仲亭毒死索利家，嫁祸于穆德惠。伍连德怀疑其中有诈，积极相救。他利用各种关系挖出索利家尸首，经过化验，索利家确实是中毒身亡。行刑之际，穆德惠得救。

俄国医院院长普里诺夫号称“疫病专家”，他欣赏丽达医生的清纯美丽，不断纠缠丽达，向她示爱，都被丽达婉言拒绝。伍连德对中医中药的探究获得了修德堂老郎中修起的理解和信任。

伍连德为了弄清鼠疫的源头，让穆德惠寻找疫病尸体，进行解剖。“入土为安”是祖上的规矩，给死人“开肠破肚”更是闻所未闻。这种破坏祖宗习俗、大逆不道的做法，遭到村民一致反对。为解疫情源头之惑，伍连德坚持必须解剖尸体。

穆德惠很快找到一具刚刚得瘟疫死亡的寡妇尸体，伍连德立即赶往死者家中，正解剖死者尸体，被村民发现，愤怒的村民投掷石块击打伍连德。混乱中，穆德惠保护着伍连德逃出傅家甸，解剖失败。

此时，老中医修起的儿子修暮良急匆匆跑来告诉伍连德老乌吉去世了，伍连德赶到修德堂开始解剖乌吉尸体，终于在老乌吉肺中得到了重大发现，找到了鼠疫杆菌，并且发现这种病菌是可以通过呼吸传染的。

伍连德让防疫总站制作了大量的口罩，请修德堂熬制中药保肺汤免费分发给百姓，预防鼠疫传染。在此防疫的关键时刻，熬制保肺汤的药材遭土匪抢劫。俄领事和海关关长尤里金拜访伍连德，意在借防疫为名，派兵进驻哈尔滨。

沈家李账房知道自己贪污的事情败露，急忙向姚仲亭求助。姚仲亭对沈家女儿沈秀莲早有色心，却遭沈秀莲怒斥，姚仲亭怀恨在心，遂将姜达明关入大牢。

穆德惠接到市民举报，得知姜达明被姚仲亭抓进大牢，立即通知伍连德，伍连德赶往道台府解救姜达明。新任李道台宣布上方旨意，免去姚仲亭和那道台的职务，听候处理。

穆德惠接到市民举报，得知姜达明被姚仲亭抓进大牢，立即通知伍连德，伍连德赶往道台府解救姜达明。新任李道台宣布上方旨意，免去姚仲亭和那道台的职务，听候处理。

俄国公使到府上拜访福亲王，投其所好送上古玩，趁机游说福亲王向摄政王进言撤换伍连德大清总医官之职，让法国教授麦斯尼接任。

麦斯尼在沙俄士兵的护卫下逼迫伍连德让出总医官的职位。伍连德解释无效，为国家主权据理力争。深夜，哈尔滨的市民和商人聚集在防疫总站，恳求伍连德不要丢下深受鼠疫危害的百姓，不要离开哈尔滨。

麦斯尼在沙俄士兵的护卫下逼迫伍连德让出总医官的职位。伍连德解释无效，为国家主权据理力争。深夜，哈尔滨的市民和商人聚集在防疫总站，恳求伍连德不要丢下深受鼠疫危害的百姓，不要离开哈尔滨。

尤里金急匆匆来到领事馆，告诉领事他们精心栽培的代理总医官麦斯尼临死也没在“同意沙俄出兵哈尔滨”的文书上签字，致使沙俄吞噬哈尔滨的计划全盘落空，于是决定派人绑架伍连德。

麦斯尼受传染死亡令朝廷有了应付洋人的托词，让伍连德继续担任总医官。喜讯传来大家万分高兴，施肇基亲自带来一批军医医学院学生，支援伍连德防疫救灾。伍连德召开全哈尔滨防疫大会，安排全市防疫工作。

为了挽回败势，尤里金命令姚仲亭协助普里诺夫抓住姜达明做试验，在疫苗研究上压过伍连德，争夺防疫的主动权。

过度劳累使伍连德咳嗽起来，大家劝他检查并休息，他不以为然，仍然坚持工作。助手林家伟强行为他检查，发现伍连德被传染上鼠疫。

姚仲亭为讨好尤里金，将丽达绑架交给普里诺夫，普里诺夫劝她离开伍连德，被丽达痛斥一番。姜达明闯人普里诺夫医院办公室，用枪逼迫普里诺夫立即放了丽达。

沙俄公使抗议朝廷，告伍连德派人闯入俄国医院，打死俄国土兵。事有蹊跷，施肇基主动请求到哈尔滨调查此事。施肇基看望染上鼠疫的丽达和受枪伤的姜达明。

伍连德终于发现疫情居高不下的传染源是因俄国教学没进行处理的尸体引起，于是下令对俄国医院、教堂等地进行搜查，清理尸体，割断传染源，引起俄国人的抵制。

伍连德（温兆伦饰）发现有好多人都跑去坟圈子偷死人的衣服和棺材去卖钱，他召集大伙一定要想办法解决。最近傅家甸也常常有人失踪，修慕良也被抓走了。联想到最近傅家甸常常有人失踪，慕德惠怀疑是日本人所为，布置警力查找。夜黑人静，被日本人注射了鼠疫病毒的修慕良被扔在了修德堂门前，听到呼救声的店伙计急忙出来营救，被修慕良阻止，告诉他自己被传上了鼠疫，修起急忙把他送往隔离区。经伍连德检查确认修慕良感染了鼠疫。

林家伟和田医官前去检查，结果到了那他们没有发现任何病情，只好返回。伍连德（温兆伦饰）觉得此事有蹊跷，决定亲自去卜奎县调查。卜奎县发生新的鼠疫，伍连德、田医官、林家伟急赴卜奎县，发现疫情严重。县令隐瞒事实逃跑。伍连德立即采取措施，病人隔离，让林家伟留守指挥防疫。姜达明与沈秀莲去卜奎县给林家伟送急需的熬制中药保肺汤的药材，二人一路艰辛一路欢笑，艰难困苦中享受着爱情的甜蜜。

姜达明和沈秀莲把药送到卜奎县，沈秀莲借机到白云庵秘密会见神秘人物冬姐，被姜达明看见。由于叛徒告密，警察局长慕德惠接到上峰指令，在哈尔滨清剿革命党。他立即布置手下设卡、贴告示，抓捕革命党冬姐和奉天总督的通译谢文凯。沈秀莲告诉姜达明她自己就是革命党，令姜达明十分震惊，为爱情他愿意跟沈秀莲共赴国难。这一切都被沈会长听到。受到通缉的冬姐逃到哈尔滨找到沈秀莲，沈秀莲让姜达明把冬姐安排在隔离病院郭佳士处暂避一时。

患鼠疫死亡的尸体不能入土，是不能遏制传染和再爆发的巨大隐患，令伍连德（温兆伦饰）寝食不安，重病中的丽达向伍连德提出焚尸的想法。助手林家伟从卜奎县回来报告，那里的疫情得到控制，解决的办法就是焚尸。事关重大，此事涉及满族人的习俗和中国百姓的传统观念“死者为大，入土为安”。伍连德立即发电报请求朝廷恩准，一连几封电报均杳无音信。无奈之中，伍连德只好到俄国医院请求普里诺夫协助焚烧俄国人的尸体，遭到普里诺夫冰冷的拒绝。伍连德身心疲惫，心灰意冷。回来的路上，被替日本人卖命的姚仲亭带杀手截杀。姚仲亭诱走了伍连德的贴身护卫过江龙，绰号“花脸豹”的土匪冲向伍连德，姜达明为救伍连德身负重伤。

为了支持伍连德的防疫事业，丽达临终前留下遗言焚烧自己的尸体以示世人。望着熊熊烈火中的丽达，伍连德（温兆伦饰）心中的圣女升腾。为了争取防疫主动，俄国人终于同意焚尸。伍连德赶到俄国人墓地，望着忙碌的沙俄士兵，伍连德向普里诺夫表示敬意。普里诺夫惭愧地表示悔过，特别是面对丽达这样的圣女。摄政王以“违反祖制，异想天开，易引发民乱”为由，一口回绝。同时，他们也发现帮着发保肺汤的女人就是革命党，安排人盯紧了沈家的每一个人。

俄国人焚尸震撼了朝廷，施肇基借此请求摄政王同意焚尸，福亲王狂呼“大逆不道”，同施肇基舌枪唇剑，互不相让。摄政王以“违反祖制，异想天开，易引发民乱”为由，一口回绝。日本武官川崎多次阴谋失败，受到上峰的训斥，恼羞成怒的川崎亲自出马刺杀伍连德。过江龙为保护伍连德（温兆伦饰）和川崎殊死搏斗，同归于尽。沈秀莲从穆德惠手中骗得一张特别通行证，送谢文凯和冬姐出城，结果落入穆德惠设的圈套中，双双被抓。沈会长一家也因私通革命党而被抓入狱。老郎中修起急忙告知伍连德沈家一家被抓入狱，伍连德立刻找慕德惠放人，慕德惠托词“身为朝廷命官，理应为朝廷效力，爱莫能助。

伍连德（温兆伦饰）立刻找慕德惠放人，慕德惠托词“身为朝廷命官，理应为朝廷效力，爱莫能助。伍连德和助手林家伟前往监狱为沈家送行，监狱里空无一人，一问才得知，他们已经被提前押往京城。日本人害怕姚仲亭暴露他们所做的一系列阴谋，给他注射了鼠疫病毒。押送途中，姚仲亭寻机打死日本看守逃跑，病毒发作死在树林中。防疫关键时刻，成败在此焚尸一举，仍然不见朝廷回复，伍连德心急如焚，决定孤注一掷，行驶总医官的权利下令焚尸。百姓闻讯包围坟场，阻止焚尸。为彻底消灭鼠疫，伍连德当众发誓，要把自己和百姓们亲人的尸体一起焚烧。他举起油桶浇在身上，此举，震动了所有在场的官员和百姓，大家一起跪下，大火熊熊，上万具尸体在火中焚烧。庆功宴中一道圣旨传来：滨州道台抓革命党不利，摘去顶戴花翎，傅家甸县令、警察局长慕德惠私放乱党重罪不赦，押送京城问斩。除夕夜，疫情解除，百姓们燃放鞭炮庆祝节日，欢庆新生。