第 3 季

船员们必须在这颗荒凉的行星上生存下来，而医生、苏德尔与派里斯则尝试重新夺回星舰的控制权。

在航海家号遇到一团17级的巨型星云后，杜沃克开始感受到身体不适，甚至出现一段奇怪然而真实的幻觉，医生认为那段幻觉可能是被抑制的记忆，星云的形象刺激大脑将其再现，他建议通过心灵融合将记忆完全释放，珍妮薇自愿担当融合对象，然而当珍妮薇进入杜沃克的记忆中时，她看到的并非幻觉，而是光苏鲁上校——这是杜沃克年轻时在联邦星舰精进号上服役的记忆！

汤姆·派里斯与哈里·金被囚禁了。

航海家号在穿越一处传感器网络的时候遭遇了一大群飞船，而医生的全息矩阵也出了问题。

船员们遇到两名被外星人奉为上帝的佛瑞吉人。航海家号准备带走他们，但是两名佛瑞吉人陷进了一个不稳定但虫洞，不知去向……

贝拉娜经历了奇怪却逼真的梦境。

凯丝在接触了一处圣殿的能量场后陷入昏迷状态，珍妮薇舰长决心通过宗教仪式来拯救凯丝。

艘来自29世纪的联邦时空舰万古号想要摧毁航海家号，避免一场时空大爆炸导致了一场时间悖论的发生，它意外地将它自己与航海家号送回了20世纪地球的两个时期。

珍妮薇必须阻止一名20世纪的企业家驾驶时空舰前往29世纪，否则29世纪的太阳系将会被摧毁。与此同时，航海家号得到了一位20世纪但女天文学家的帮助……

凯丝被一名外星暴君控制了。

Q造访了航海家号，请求凯瑟琳·珍妮薇帮他结束Q连续体中的内战。

开展外交活动的珍妮薇和尼利克斯返回航海家号，却发现船上似乎遭受外星生物袭击，船员集体失踪，在珍妮薇尚摸不着头脑的时候，尼利克斯又失踪了，孤身一人的珍妮薇抄起武器，一路击杀外星生物，前往医务室找到医生，原来，航海家号响应了一处爆发病毒的采矿殖民地的呼救，这种病毒会通过叮咬生物而逐渐变大，成长为巨型病毒，不幸的是，乘着医生返回航海家号的功夫，这种病毒也跟着溜上来了……医生和珍妮薇使用全息的虚拟人来吸引这种病毒，并消灭了它们。

航海家号航至了尼利克斯所知星域的边界，这里有一处交易空间站。但是尼利斯却鬼迷心窍地帮助黑帮盗取航海家号的曲速等离子体……

船员们在全息甲板中举行了一次夏威夷宴会，杜沃克却发现了一个不同寻常的“全息”人物。这个全息人物被一个空间站控制了，那个空间站的主人爱上了杜沃克……

珍妮薇似乎陷入了时间循环中，但最终都以她的死亡告终。一个外星人扮作珍妮薇的父亲，吸引她进入所谓的“极乐世界”……

沃里克经历了庞发，他向一同工作的贝拉娜求爱。贝拉娜被传染了……他们在探索一颗星球时发现这里有及其隐蔽的外星人，自称在一次惨烈的攻击后躲了起来……最后，决斗解决了沃里克的问题，并且人们发现攻击这颗行星的是——博格。

查可泰响应一颗行星的求救而来到该星，却发现自己卷入了两群人的冲突当中。此时，航海家号也发现了一艘被废弃的博格方块。该星球的前博格人利用神经收发器救了查克泰，被告知了这些人要建立一个合作体，这样可以避免冲突，但在航海家号上的人看来，这无异于创建一个新的博格集合体。查克泰在返回航海家号时被强制连入，帮助他们启动了博格方块。那些前博格人连到了一起，并且摧毁了博格方块……

医生想把他人的个性嫁接到自己的程序中，但“升级”的结果却让他发展出了邪恶的个性。

航海家号帮助一颗行星解决小行星撞击的问题，杜沃克与尼利克斯紧急着陆在该星上并打算修复磁悬浮的天梯。但是他们却在天梯顶部发现了一个秘密存储器; 与此同时，一场谋杀在天梯内展开来……

哈里金在得了一种奇怪病后，被一颗全是女人的行星联系了。哈利金在这里过得很愉快。后来他决定回到航海家号上，并且发现这里男人很少但原因：女人们为了收集到足够的基因，不惜杀死男人……

在未来凯丝死后不久，她开始逆时间旅行。医生使用了生物时空舱稳定了凯丝。

医生在全息甲板上创造了一家人。但是他发现，一个真正的家庭远远比他的想象复杂。后来他的“女儿”在事故中去世了……

一个先进的蜥蜴种族发现了他们自己的真正的起源。他们其实来自于地球，由鸭嘴龙进化而来。但是长老院不承认这一点，因为这危及到了她的统治。航海家号船员和一名蜥蜴科学家差点被关到监狱中。为了拯救航海家号，最后那名科学家屈服了。不过他发誓要改变这里的一切，他相信，总有一天所有蜥蜴种族的人都会将地球当作他们的家……

航海家号的船员接二连三地消失，而同时却出现了相等数量的外星人。一个种族占领了航海家号并将它用作自己的巡逻舰。船员们发现他们被送到了一个独立的人造生物圈中，他们计划夺回航海家号……

贝拉娜·朵芮丝发现了一个不完整的全息甲板程序，在里面查可泰与马奇游击队的成员联合反抗珍妮薇。这个程序原来是杜沃克编写用于训练的，珍妮薇下令杜沃克把它编完。可是这时全息的塞斯卡造反了……

航海家号必须穿越博格的星域，但一个新种族的出现却为双方都带来了麻烦。