第 4 季

珍妮薇与博格人达成了协议：帮助他们使用修改过的纳米探针击退来自液态空间的8472种族，以换取安全通过博格星域的承诺。博格人派出个体九之七与他们一同工作。

凯丝的精神能力发展到了危及航海家号的地步，她在临死前用尽她的能量将航海家号向阿尔法象限推了10000光年。

贝拉娜想庆祝自己的克林贡荣耀日，然而不好的事接二连三地发生，甚至飞船的曲速核心因为一次事故被弹出了。汤姆派里斯和贝拉娜被困太空，贝拉娜向汤姆派里斯表白了……

查可泰在一场外星战争中被洗脑，帮一方战斗。

一个全息人物联系上了航海家号，医生因为见到另一个全息人物而倍感兴奋。但是这个全息人热衷于杀害有机人，一同前往的贝拉娜陷入危险中……

九之七陷入博格记忆的重现中，她找到了小时候她生活的飞船，她希望自己能更具有人性。

船员们被莫名其妙的疾病所困扰，而一群看不见的入侵者正在近距离地观察他们。珍妮薇冒死冲进了脉冲双星系统来甩掉他们……

航海家号建造了一间新的天文观测室，这让他们走上了一条新的航线，也让他们遇到了能抹去历史的克瑞尼姆时间舰。

航海家号受到了严重的损坏，因此不得不躲进一片星云中并留下骨干船员进行修复；同时克瑞尼姆舰的指挥官也在与查可泰和派里斯寻求妥协。这艘时间舰独立于时空之外，无数次地改变历史，但是没有一次完美。航海家号撞上了这艘时间舰，让历史回到了正常的轨道上……

朵芮丝在访问一个心灵感应种族居住的世界时被逮捕，罪名是暴力的思想。

一群外星人偷走了航海家号的一些有技术价值的部件在一个星球上被出售。珍妮薇和全息人物达芬奇夺回了这些部件，珍妮薇也第一次乘坐了达芬奇的滑翔飞行器……

尼利克斯在星云里采集样品的过程中突发事故死亡，九之七使用博格探针让他复活。但复活后的尼利克斯发现很难去适应，尤其去相信死亡后并不能见到自己亲人的事实。

航海家号的船员陷入不能苏醒的梦境中，只有查可泰能救他们。

医生的程序经由一个外星人的通讯网络而发送到了位于阿尔法象限的实验星舰普罗米修斯号上，但却发现星舰被罗慕伦人占领了。只有他和那艘船的紧急医疗全息程序能重新夺回船的控制权。

一则来自星际舰队的信息被截留在了希罗吉恩人的由量子奇点驱动的中继站上，珍妮薇设定航向去找回这则信息。最后所有中继站在争端中被摧毁……

航海家号营救了一名希罗吉恩人，他告诉船员他的猎物逃跑了。这个猎物是8472种族的，珍妮薇决定将这名8472送回液态空间……

医生让九之七固执地相信，一个为航海家号装配新武器的商人盗取了她身上的博格技术。

希罗吉恩人把装置植入船员体内，并猎取那些相信自己是全息程序角色的船员。

希罗吉恩人把装置植入船员体内，并猎取那些相信自己是全息程序角色的船员。

一艘带着某种原型推进系统的外星飞船向航海家号求助，好动的派里斯主动要求去帮助飞行员修复飞船。但是这名飞行员为了生存，强制与派里斯交换了身体，留在了航海家号上……

在机密指令被激活后，珍妮薇开始不经解释就下达命令。这条命令是关于摧毁Ω分子的。这种分子威力如此之大，以至于几个就能养活一个文明。不过它一旦爆炸，会使一大片空间变得无法进行曲速航行。九之七认为这种粒子是完美的，想要稳定它……

一艘隐形飞船的外星女性想要见查可泰，并要求航海家号为她提供庇护。

航海家号在克瑞安博物馆中被描述成了一艘邪恶但战舰。在700年后，一名克瑞安博物馆的馆长希望航海家号遗失的医生备份能证实他们的历史记载。但是医生推翻了这一切，为航海家号正了名。

汤姆·派里斯与哈里·金驾驶穿梭机降落在一颗环境恶劣的Y级行星上，以获取飞船航行的氘燃料。但是一种化合物复制了船员，这些复制船员竟然可以在这颗行星上呼吸……他们最后留了下来。

航海家号要穿过一片布满致死辐射的星云，这迫使除了九之七外的所有船员都要进入休眠状态。而在医生掉线后，九之七必须面临孤身一人的境遇，她因害怕产生了幻像。就在九之七极端害怕时，飞船成功通过了星云……

派里斯与尼利克斯任务归来时带来了一名通晓4,000多种语言的乘客。他协助解码了星际舰队发送的信息，这似乎为航海家号的回家指明了道路。这条信息指引他们找到了一艘先进的联邦飞船，带有量子滑流技术。正当船员兴奋时，九之七解码了据那个乘客说无法解码的信息，这条信息表明星际舰队无计可施，更没有派什么飞船，一切都是伪造的。外星人乘客最后只抓到了珍妮薇和九之七，回到了外星人被博格占领的母星，企图让集合体同化他们。航海家号使用滑流引擎追赶了过去……