第 2 季

元少年犯罪者的交通引导员别所突然凶暴化，以超人般的怪力惨杀 5 人后力竭身亡，科学犯罪对策室展开调查，新成员奥田玲音（吉本实忧）加入团队。调查发现别所半年前曾接受最上的恩师 —— 研究者九龙（升毅）的疫苗接种，而九龙所属的 “莱登集团” 研究机构在案发时已失踪，小比类卷着手追查九龙的研究内容，最上负责遗体 DNA 鉴定，案件背后似乎隐藏着更大的秘密。

小比类卷等人与公安搜查官手冢在九龙的遗体旁撞见神情恍惚的最上，公安以杀人嫌疑追捕逃亡的最上。对策室在追查别所凶暴化原因的同时，也试图证明最上的清白，此时发现另有多名元少年犯罪者曾接受九龙的疫苗接种。在对这些人进行询问时，其中一人突然凶暴化后死亡，逃亡中的最上与小比类卷接触，请求他调查神秘的 “帕克斯计划”。

戴狐狸面具的男子持猎枪闯入餐厅，劫持婚活派对参与者和店员为人质，在场的厚劳省官员三枝（佐藤隆太）也卷入其中。公安断定犯人是元少年犯罪者三浦，小比类卷得知后大惊 —— 三浦同样接受过九龙的疫苗接种，还是涉及法务省、厚劳省的基因编辑犯罪者矫正项目 “帕克斯计划” 的受试者。对策室成员急赴现场，最上则试图锁定引发凶暴化的因子，而手冢背后似乎另有图谋。

交通事故车辆中发现两具遗体，DNA 鉴定显示其中一具属于 62 岁议员葛原，但遗体外观却是少年，且缺少一个肾脏、颈部埋有微芯片，小比类卷推测这是 “用于器官移植的克隆人”。另一具遗体的线索指向莱登集团日本支部的泽田（平山浩行），他被认为是九龙被杀的幕后指使者。现场另有一名少年失踪，此时追踪莱登集团已久的自由记者郡山（深水元基）接近小比类卷和最上，带来了令人震惊的情报。

最上刚解析完芯片信息，直树就被泽田的手下绑架。解析结果显示直树的原型是与椿关系密切的富豪田部，田部患肺癌卧床却在 5 天前由神经外科医生鲛岛（阿部翔平）安排转院，行踪成谜。小比类卷直觉莱登集团的目的不止于器官移植，而成功掳走直树的泽田开始了 “恐怖实验”。对策室成员、三枝与凯恩的行动交织，最终决战揭开克隆计划的真正意图与国家层面的阴谋。

直树在卡尔・卡恩别庄被莱顿集团掳走，最上为保护他身受重伤。最上解析芯片得知直树的原型是与莱顿顾问椿文治交好的富豪田部正明。调查发现田部曾患肺癌，其转院手续由脑神经外科医鲛岛办理。小比类卷等人发现莱顿集团的最终目的是通过克隆与脑移植实现 “不老不死”，最终众人联手阻止了泽田与鲛岛的实验，揭露了国家层面的腐败与莱顿集团的罪行。