第 1 季

故事发生在 2122 年 4 月。立志成为历史学家的历史迷日下部宫美迎来了进入银杏高校的日子。在上学途中，宫美帮助了一名正在遭受霸凌的小学生，小学生却嘟囔着 “对方人那么多，绝对赢不了”。宫美用战国武将织田信长的名言 “绝对，并非绝对” 来劝导他，可小学生竟不知道织田信长是谁。在这个时代，明治以前的历史课已被废除，除非像宫美一样热爱历史，否则根本无从知晓信长的存在。抵达学校后，宫美遇到高年级学生，她自我介绍说 “请多关照，我在特进班”。然而，听到 “特进” 二字后，他们脸色骤变，抢走宫美的书包扔到墙外。这时，一名手拿柿饼的男子从后面走过。宫美返回正门时，发现刚才那些高年级学生倒在地上，其中一名男子宣称 “我是织田信长”，还表明自己是特进班的。宫美听到织田信长这个名字难掩惊讶，还不由自主地被他的身姿吸引住了…… 紧接着，一个个子矮小、长着猴脸的学生来了，他是丰臣秀吉，一边担心宫美的伤势，一边有肢体接触，还一副色眯眯的样子。随后，武田信玄、伊达政宗、上杉谦信、明智光秀、黑田官兵卫相继登场…… 原来他们竟是著名战国武将们的克隆高中生！就在此时，学生们被召集到礼堂。特进班成员站在最前列，其他学生则怒视着他们。面对热血沸腾的学生们，理事长别府诺守与太郎宣布要决出银杏高校最强之人，“旗印战” 就此拉开帷幕！在旗印战中，要升起写有想打倒对象的旗印，获胜就能获得对方的积分，积分最多者可获得与 “顶点”—— 总长对战的权利。第二天，一面写着 “两小时内打倒武田信玄” 的旗印就被竖了起来…… ！？

为了履行与父亲的约定，历史迷日下部宫美进入银杏高校就读。她特进班的同学，有织田信长，还有丰臣秀吉、伊达政宗、武田信玄、黑田官兵卫…… 令人惊讶的是，全班同学竟然都是战国武将的克隆人！刚入学，理事长别府诺守与太郎就宣布要决出银杏高校最强之人，“旗印战” 随即开幕，宫美波澜起伏的学园生活就此拉开帷幕！在这之中，特进班迎来了转校生，是德川家康。戴着墨镜登场的家康，把同学们当作 “垃圾” 对待，气氛一触即发。而信长却在七轮烤炉上烤着扇贝，吃得津津有味。另一方面，把 “旗印战” 视为 “深奥心理游戏” 的秀吉，大言不惭地撒谎道：“打倒那些聚集起来想打倒信玄的外校不良少年的人是我”，实际上是信长打倒的，他却当成自己的功劳炫耀。同学们似乎并不相信秀吉的话，秀吉却对宫美说：“没必要让所有人都完全相信”，还透露了自己的作战计划，他认为只要能让大家心里稍微有个 “说不定秀吉很强” 的意识，大家在出旗印时就会变得慎重。接着，秀吉提交了一面写着 “在一小时内打倒酒井忠次和榊原康政” 的惊人旗印……

德川家康仅用 1 分钟就打倒了 “旗印战” 排行榜第 1 位的武田信玄。同班的武将们望着信玄空出的座位，议论纷纷，猜测家康的下一个目标或许是排行榜第 2 位的丰臣秀吉。就在这时，拄着拐杖的信玄现身了，日下部宫美一脸担忧。家康看到后，命令信玄像给自己擦鞋一样去擦鞋，代替惊愕得说不出话的信玄擦鞋的是明智光秀。另一方面，理事长室里，理事长一副兴致勃勃的样子。在原本的历史中，以不败著称的家康唯一输过的对手就是信玄，而在旗印战里，却突然出现颠覆历史的发展，理事长笑着轻声说 “眼睛可不能移开啊”。与此同时，在屋顶上，织田信长来到独自伫立的信玄身边，面对信玄 “从今往后只能走阴暗之路” 的感慨，信长开口道：“一次的失败，就是所有的失败吗？” 并把 “风林火山” 的旗帜递给了他。在这期间，宫美遇到了一个男人。男人坦白说，将武将们作为克隆人唤醒的正是自己的父亲，他希望宫美能利用历史知识控制这些武将，并且想办法阻止家康……听了男人的话，宫美想出了 “占卜” 的主意。在教室里，参照武将图鉴中 “武将们的轶事” 进行占卜的宫美，其占卜结果获得了 “很准” 的口碑。就在这时，家康提交了一面写着 “在 24 小时内打倒明智光秀” 的旗印。武将们纷纷传言，明智肯定百分之百会输…… ！？

织田信长在旗印上写下 “夺取天下”。在同班武将们探寻其真正意图之时，武田信玄对德川家康说，信长所举的旗印或许是对家康的 “宣战布告”，两人之间弥漫着一触即发的紧张气氛。就在那时，在美术室里，信长正转动着辘轳制作陶罐。他低声念叨着母亲 “怀着和之心，携手共进” 的话语，然而陶罐却还是塌了。日下部宫美注视着信长的一举一动。与此同时，家康提交了一面写着 “打倒某人” 的旗印。由于他没有明确目标是谁，大家都不知道何时会被他盯上。面对这种难以防范的战法，武将们一片骚动。就在这时，二年级的十川八郎被打倒了。随后，家康又新提交了一面旗印，内容依旧是 “打倒某人”，这让同学们难以掩饰内心的恐慌。在训练室里，家康、明智光秀以及一个 “神秘人物” 正在交谈。家康对 “神秘人物” 说道：“你想出的这个作战计划，真是有趣啊。” 接着，他又露出一抹挑衅的笑容，说道：“不过，真没想到你会投靠到我这边啊。”另一方面，宫美直接找到别府诺守与太郎理事长，质问：“难道就要这样进行充满恐惧的旗印战吗？” 然而，理事长只是笑着回答：“完全没问题。这才是真正的战国啊。”在教室里，今川义元正对着肆意妄为的家康愤怒地爆发。竹中重治出声安抚今川，可丰臣秀吉也跟着嚷嚷起来：“就像今川说的那样。” 同学们争执不休之时，当被问及打算如何阻止家康，信长宣告：“怀着和之心，夺取天下。”

为了找出叛徒，织田信长、日下部宫美和黑田官兵卫行动了起来。就在这时，武田信玄对今川义元说道：“叛徒之间，难道就不能好好相处吗？” 今川以为武田和自己一样是叛徒，便诉说着因叛徒之间无法达成协作而感到困扰。武田却冷冷地盯着他，说道：“果然啊，你这家伙就是个叛徒。”另一方面，黑田正和井伊直政交谈。黑田识破了井伊是叛徒，井伊笑着对他说：“你站在我们这边，真让人安心。” 两人正说着，今川、真田幸村和竹中重治走了过来。竹中看着小学时代的同班同学黑田，小声嘀咕道：“好像能相处得不错……”在训练室里，明智光秀向德川家康报告：“有消息传出，说黑田是叛徒。” 明智认为黑田并没有表明站在家康这边，说不定在谋划着什么，对此家康表示：“重要的是，不要因为看不见的叛徒而心生恐惧，导致特进班陷入混乱。”在这种情况下，宫美打算重启为了获取超过家康的积分的 PBB作战，并告诉织田信长，应该团结全班同学……之后，在教室里，黑田向同学们坦白：“我是叛徒，一直在欺骗大家。” 就在伊达政宗挥拳相向之时，不知为何敲着小太鼓的信长出现了…… 黑田向同学们呼吁重启 PBB 作战，但伊达斩钉截铁地说：“你已经不是我们的同伴了。”PBB 作战似乎难以重启。信长一脸思索的表情，似乎在想办法团结全班……

织田信长手握写有 “打倒德川家康” 的旗印，信长一派的武将们以及日下部宫美聚集在他身边。原本打算独自作战的信长，听伊达政宗说这是团体战。在思考与家康的作战方式时，黑田官兵卫表示：“要想想怎样才能取得最后的胜利。”PBB作战重新启动，武将们赶超家康积分的日子越来越近。被明智光秀问到为何还不动手时，家康回答：“要把他们打入地狱，还差最后一块拼图没集齐。”终于到了赶超家康积分的时候！在特进教室，上杉谦信等人留意着家康的动向。家康出现后，一边说着 “没想到你们的团结超乎想象”，一边伸手向信长的衣领……！本以为信长要遭受攻击，没想到家康只是整理了一下信长凌乱的衣领，然后就离开了。之后，在训练室，明智光秀、竹中重治、真田幸村、今川义元聚集在家康身边。明智表示已经将一、二年级 96% 的人拉拢到家康一派，家康命令道：“剩下的也一个都不许放过，让他们服从。”接着，家康表示终于集齐了最后一块拼图，提交了 “在 1 小时内打倒特进班某人” 的旗印。本多忠胜因此被打倒。第二天，家康再次提交同样的旗印，这次丰臣秀吉倒下了……！就在这时，家康与武田信玄在河边展开了一场壮烈的决斗……“人是城，人是石垣，人是堀……” 武田信玄的名言再次响起，一场热血激战就此爆发！

“我们的目标，就是让你失败。” 和圣女贞德、秦始皇一同来到银杏高校的黑百合高校的马修・佩里，对着德川家康大声放话。家康却把佩里他们当作 “垃圾”。秦始皇试图向家康发起攻击，却被家康轻松躲开，眼看秦始皇的拳头就要打到站在身后的日下部宫美……！？多亏织田信长的英勇表现，佩里、圣女贞德和秦始皇只好退回据点。跟这三人搭话的，是制造家康克隆人的博士的儿子！博士当年被年仅 3 岁的家康杀害，儿子一直盼望着向家康复仇的那一天。另一方面，在特进教室，武将们面带不安地交谈着。信长似乎也在思考着什么……！？与此同时，在训练室里，竹中重治、真田幸村和今川义元正在商议。竹中想着要趁此混乱破坏武将们的团结，于是说道要盯上宫美……！？在这种情况下，信长表示 “绝不能轻视那些家伙的力量”。宫美提议去和家康谈一次，信长则说：“真希望有一天，能和那家伙相互理解。”之后，宫美独自在林间小道上走着，真田和今川突然出现，宣称：“我们决定要打倒你。” 就在这时，圣女贞德和黑百合高校的学生们出现了……！？

织田信长宣称：“我们要夺回日下部宫美以及德川家康！” 然而，当被黑田官兵卫问及有何计划时，竟然是毫无计划……！？就在这时，有消息传来，说信长等人在马修・佩里、圣女贞德、秦始皇的据点附近的仓库里布下了阵势。制造武将们克隆人的博士的儿子下令发动奇袭……！究竟信长等人的夺回作战能否成功呢！？

对于织田信长针对德川家康竖起旗印的行动，武将们感到十分困惑。黑田官兵卫询问其中缘由，信长只留下一句 “在与家康的战斗之后，还有最后的决战在等着。我必须走到那一步”，便离开了教室。别府诺守与太郎理事长通过监视器看到信长离开的样子，意味深长地笑了……就在这时，信长向日下部宫美做出了一个惊人的告白……！？

战胜了德川家康的织田信长，与统治学园的总长对峙。结果发现总长的真实身份竟然是理事长别府诺守与太郎，武将们一片哗然。另一方面，黑田官兵卫得知了一个令人震惊的事实：他们这些人是武将的克隆人，只能活到 18 岁，内心陷入了持续的纠结。在各自心怀心事的情况下，武将们与理事长的最后一场战斗拉开了帷幕！理事长真正的企图究竟是什么？武将们能够抗拒命运吗……