第 3 季

雪梨在香港醒来，发现自己对过去两年毫无记忆。她回到洛杉矶，试图拼凑起自己失踪两年的生活，却发现朋友和家人的命运已天翻地覆。沃恩以为她早已殉职，已经再婚。

雪梨对过往的追寻将她引向身陷囹圄的萨克，但他们的审问因一起绑架案被迫中断——两名中情局科学家被“圣约组织”绑架，令萨克成为了赎金的筹码，而这起绑架案可能与萨克父亲之死有关。杰克联系了一位昔日的故交，以打探斯隆在瑞士所谓“世界和平”项目的内情。

雪梨与沃恩重组搭档，以阻止现已升任圣约组织头目的萨克摧毁全国卫星通信系统。与此同时，杰克必须设法阻止马歇尔查出一起谋杀案嫌疑人的身份——那个嫌疑人正是雪梨。

雪梨在追寻自己失踪两年线索的过程中，发现了一个关键人物：西蒙·沃克，一个决意夺取致命生物武器的危险组织头目。与此同时，沃恩在雪梨执行任务时，内心挣扎于嫉妒与思念之中。

沃恩生命垂危之际，劳伦得知了雪梨在其被刺事件中扮演的角色，与她针锋相对。与此同时，斯隆遭圣约组织头目卡扎里·博马尼绑架，雪梨由此进一步质疑斯隆的真实立场。

雪梨再次与艾莉森·多伦正面相遇，情绪被彻底颠覆。这个已故弗兰茜的仿冒者本应早已丧命，如今却成了圣约组织的关键杀手。劳伦追查杀害拉扎瑞的凶手，离发现与雪梨相关的线索越来越近。

杰克采取了极端手段，确保国家安全委员会永远不会发现雪梨谋杀俄罗斯外交官拉扎瑞的真相。但他的行动给沃恩的婚姻带来了沉重压力，因为劳伦离雪梨的真相越来越近。

雪梨被国家安全委员会的头目林赛先生拘押，杰克和沃恩别无选择，只能与斯隆联手营救她。但距离她被强制接受极端手术以恢复记忆只剩几小时，他们必须组建一支由自由职业特工布里尔率队的营救小组。

雪梨在沙漠中有了惊人发现——一只被切断的人手，属于她曾在被圣约组织洗脑充当杀手期间杀害的俄罗斯外交官拉扎瑞。斯隆发现自己被一个意想不到的敌人逼入了绝境——林赛先生决意要永久铲除雪梨·布里斯托。

神秘人“圣艾丹”的身份，迫使雪梨将惊愕不已的威尔·蒂平从证人保护计划中拉了出来，帮助她找到拉扎瑞以洗清自己的嫌疑。但这场追寻，让这两位老朋友与毁了他们人生的弗兰茜仿冒者艾莉森迎面相撞。

雪梨终于从一个意想不到的渠道得知了她失踪两年间令人震惊的真相：联邦调查局特别探员肯德尔。肯德尔将她迅速带走，在一架飞行中的757客机上与她私密交谈。据肯德尔所述，雪梨是被圣约组织俘虏了。

杰克联系了一位神秘女子——前克格勃特工卡佳·德雷夫科，伊琳娜的姐姐，请求她帮忙解救雪梨和沃恩。两人在寻找一名计划叛逃的俄罗斯科学家列昂尼德·利森克时，飞机在朝鲜境内坠毁。而萨克正试图在利森克向中情局自首之前杀掉他。

雪梨和沃恩被派去取回“多利克议程”，以取得对圣约组织的优势。为此，雪梨和韦斯还必须说服桀骜不驯的安全系统设计师托妮·卡明斯，帮助中情局入侵一套“致命反应系统”。

在试图取回一枚炸弹时，雪梨和沃恩遭到不明袭击者的伏击。与此同时，劳伦和萨克继续巩固他们作为圣约组织新领导层的搭档关系。斯隆向中情局心理医生朱迪·巴奈特，吐露了一个关于自己过往的黑暗秘密，其中涉及雪梨和伊琳娜·德雷夫科。

雪梨和沃恩必须说服炸弹制造者丹尼尔·瑞安，让他们假扮成圣约组织的成员，以找出他藏匿一枚装置的地点。但当雪梨得知瑞安的兄弟就是被谋杀者时，她发现自己与炸弹制造者的牵连，可能会将他推向一次自杀式任务。

迪克松的孩子们被萨克绑架，雪梨设法营救。与此同时，劳伦身为中情局和圣约组织双重间谍的身份面临考验，她得知自己必须与她的父亲——一位富有的美国参议员——联手合作。

雪梨和沃恩必须追踪卡扎里·博马尼，在圣约组织得手之前拿到一件兰巴迪拼图的关键部分。与此同时，杰克向里德参议员透露了他对其女儿劳伦所持立场的怀疑；沃恩则对自己的婚姻作出了决定。

雪梨和杰克向不愿相信的沃恩发出警告，说他们怀疑劳伦就是中情局的内鬼。与此同时，卡扎里·博马尼和萨克占有了兰巴迪机器，作为他们更大宏图计划的一部分。雪梨和沃恩必须阻止一种正在瘫痪全球医疗设施的圣约组织病毒。

在发现劳伦确实在为圣约组织效力后，沃恩被杰克和雪梨告知，要继续维持婚姻幸福美满的假象，以便监视他妻子的活动。但当他揭开劳伦的母亲奥利维亚竟与女儿合谋参与圣约组织活动的真相时，他大为震惊。

在终于查明兰巴迪“旅客”的身份——她竟是斯隆的私生女后，雪梨和杰克寻求斯隆的协助，以追踪这名“旅客”的下落。首先，斯隆必须与一个名为“信托会”的秘密政府小组的五名核心成员会面，以获取一件能定位“旅客”的兰巴迪装置。

在卡佳·德雷夫科与被中情局关押的安全系统设计师托妮·卡明斯的协助下，雪梨和沃恩试图追踪斯隆和娜迪亚的下落。但劳伦和萨克也紧追其后，志在揭开兰巴迪的秘密。

劳伦策划了一场惊人的背叛：她伪装成雪梨，炸毁了中情局办公室以窃取机密材料，并在这个过程中差点杀死马歇尔。但萨克在劳伦逃脱时被捕，雪梨决定亲自玩起这场乔装游戏，以查明劳伦的目的地何在。