第 1 季

豪华公馆内，日本高官与南京当地卖国政要举办联欢会，庆贺傀儡政权——南京维新政府成立半年。军统女特工慕容秋化装潜入，在同伴掩护之下，施行美人计，从日军大佐手里窃取情报后火速逃亡。

慕容秋在回雀山途中，路过兰竺镇探望父亲慕容尚，不想却看到一门屠尽的惨境，并在幸存的下人口中得知害了父亲的是叶万泉和松桥。

潘杨与庞健相助百合夜盗叶万泉尸体。叶百合亲手埋葬父亲，掩面咬唇，痛泣不已，并在父亲坟头发誓，父亲的罪行，她将用自己的行动代他偿还。

进入雀山城内，百合偶遇吴雄，质问他为何要与日军勾结，导致其父惨死。吴雄抵口不认，暗中命副官严斌派人将百合灭口。

日军紧逼，山上不再安全，且面临粮尽弹绝之境地，方兰筹谋脱险之策，慕容秋前来找方兰，提及队伍中内奸一事。

医疗队冲入雀山城，不料却被吴雄扣押到礼堂内。他想以新四军医疗队为筹码献给松桥，换得自己和妻儿平安离开中国。

宋鹏程和叶百合的对话被门外的慕容秋听得一清二楚，慕容秋无法掩饰自己的悲伤和仇恨，拔出枪想要杀了百合为全家报仇。

宋鹏程派人去接应山林中的新四军，新四军与国军合力将鬼子的特种分队全部歼灭了。日军大佐勃然大怒，下令火力全开，攻打雀山。

秦凡达按照上级的命令，将帮助雀山城团部转移，他同时还提醒宋鹏程，国军与新四军终究是两个阵营，要与新四军划清界限，止于雀山，各走各路。

国军战地医院的祁主任知道了百合与慕容秋之间的不和，为了考验百合，祁主任命令百合负责对慕容秋进行治疗，直到慕容秋不再厌烦百合为止。

疲惫的百合还没来得及休息，便听到了病房中传出的吵嚷声，她立即赶到病房，将老六救出，和赶来的小武一同扑灭了床单上的火，百合的手也因此受伤。病房中的火灾让护士长刘梦欣终于抓到了百合的把柄，对她一阵冷嘲热讽。

百合喝退了刘梦欣，立刻温柔地帮小武换床单被罩，这让小武和其他战士十分感动。当晚，小武就接到了通知，让他迅速返回现场。百合把治疗尿床的药制作成了药丸，让他带着上战场。小武无意中告诉百合，慕容秋知道自己的病已经被治好了。

旅长的死吓坏了刘梦欣，她在慌乱中谎称自己把病人交给了百合看守。而百合表示没有接到刘护士长的任务，那时的她正在慕容秋的病房，慕容秋可以为她作证。

在秦凡达的暗示下，刘梦欣终于承认了是自己的失误造成了此次医疗事故。然而，秦凡达并没有信守对刘梦欣的承诺，而是将她开除军籍就地正法了。

叶百林在妓院买醉，宋鹏程现身劝说，叶百林坚决反对加入行动，以枪相对。在打斗中，宋鹏程负伤，幸而被一直尾随的慕容秋所救。

叶百林急忙送走日军长官，立刻将百合领出大院。叶百合刚上车就立刻昏迷了。叶百林抱着妹妹冲回酒店，原本等在医院做接应的宋鹏程和慕容秋，接到消息也立刻赶回住处。

百合强忍着悲痛被宋鹏程带走，当百合再次醒来时，发现自己身在医院，而自己的哥哥确实已经不在了。

国军医院召开了考核大会，经过了三个月的考验，新四军医疗队的同志们全部通过考核。小乔等三人成为了正式护士，百合成为了国军医院的正式医生。

在国军医院中，留守的护士们和病人们都深深挂念着百合。然而，日军的战斗机并没有放过这里的人们，数架飞机掠过医院上空，投射下无数炸弹。

一路走来，部队上的药品越来越少，而众人又得了疟疾，这更加剧了药品的短缺，百合决定不能再坐以待毙，祁主任的病情一天天严重下去，她不能辜负祁主任对自己的嘱托和信任。

潘杨找到百合，说出了自己急于去寻找新四军大部队的想法，而百合却告诉她大部队的行军路线被切断，一时半会儿她们还不能与大部队汇合。

百合痛恨着秦凡达这一伙人，她想要尽快回到大部队，带着宋鹏程一起走，在这里，只能让宋大哥这样的人越来越痛苦。

秦凡达接到军统命令，押送新四军一行去后方审理。当夜，秦凡达再次召见心腹杨登，让他暗中处理医疗队。杨登等押送百合一行人上路行至长阳铺，乔装打扮的郝三顺扮成茶铺的老板，将杨登等人全部迷晕，解救了百合。

郝元宝对叶百合等人的身份起疑，郝三顺编了一套假话哄骗三叔，郝元宝将信将疑。叶百合看出郝元宝有沉疴，为其号脉开方，赢得好感。

第二天一早，百合走进病房，发现三顺也感染上了这种病。百合查阅了多种医书，终于确定了他们患上了鼠疫，这很有可能就是日军进行的细菌战。

叶百合回到戏楼，元宝等人正在准备当晚的演出，说是日本军官今晚又来听戏。百合将通行证交给小乔，命她带着伤员等人先行离开，寻找大部队。

玉儿见马跃良一副魂不守舍的样子，便上去询问，马跃良紧张地将藤田侮辱百合，自己砸晕藤田的事情告诉了玉儿。

郝家丧礼上，小乔忽然折返，身后带着一队乔装的人马，竟是在兰竺山一役中无奈撤退的新四军军官袁波。袁波等人当日回归大部队，后迁至平岗镇附近一带的根据地。

一旁的熊井听到了几人的对话，表示愿意用一个秘密来换自己的性命。藤田告诉马跃良等人，细菌弹根本不在机场，而是在弹药库。

八年后，武汉沿江地带，叶百合已经成为解放军战地医院的院长，也是一名合格的共产党员，有着丰富的战地医生经验，深得组织信任。

叶百合晓之以理动之以情地把国共双方的形势做了分析，以着眼民生、保护古城为由力劝方世宁配合武汉和平解放的计划，并希望他能协助探听到武汉城防工事图。

方世宁设宴，宋鹏程前来与方世宁追查账本事件，方紫薇在一旁，试探性地询问宋鹏程对形势的态度，劝他不要再执迷不悟。这时，躲在暗处的叶百合出现在宋鹏程的面前，宋鹏程惊呆了。

秦凡达见宋鹏程经常出入方世宁府，而监视方世宁的人又汇报秦凡达有女中医在方府客居，秦凡达怀疑宋鹏程有嫌疑，故意带着慕容秋大摇大摆地上方府来搜捕。

宋鹏程告知叶百合，图纸就在参谋长办公室的保险箱里，可是要想得到图纸必须有保险箱的钥匙和密码。叶百合觉得，胡明海老婆生病，自己有潜伏进去的机会。

胡明海出门，突然想起什么，他连忙赶回家，幸而发现钥匙还在，只是钥匙上有些异物，他用手捻了捻，却并没有太在意。

宋鹏程邀胡明海喝酒，故意提醒他要注意城防图的安全。胡明海带宋鹏程来到办公室，赶忙掏出钥匙要打开保险柜给宋鹏程看看，以证实城防图安然无恙。

慕容秋把叶百合安排在树林的小木屋里，和她讲述了自己的计划：城防图被看管严密，很难弄出去，不如对外散播消息，就称共产党方面已经截获城防图，这样国民党军不得不重新制定城防图，说不定司令部就会自乱分寸，打破死局。

宋鹏程历经一番有惊无险，偷拍下图纸，将底片藏在军服肩章里。绘制营地，宋鹏程食物中毒，连夜被送往医院。秦凡达故意告知慕容秋，宋鹏程进了医院，让她负责把守医院安全，以防不测。

秦凡达派人将叶百合押回了保密局，这时他才发现刚刚被劫持的小护士不见了，便立刻派人封锁了医院，进行搜查。

百合与紫薇开车途经事发地，看到三娃已经被打死在路边，百合从一个奄奄一息的特务口中得知，宋鹏程被带往了北家村码头。