第 3 季

一名外星女性登上飞船，在使其他船员丧失能力后，通过外科手术切除了斯波克的大脑。柯克和船员只有几个小时的时间在斯波克的身体死前找到并更换它。

企业号的船员正在执行一项秘密任务，去偷一个罗慕兰隐形装置。

一个原始行星上的外星装置抹去了柯克船长的记忆，他开始了与该行星土著人民的新生活。

在一个遥远的星球上，柯克、斯波克和麦考伊发现了一个科学小组的尸体，以及他们的孩子，船员们不知道这些孩子，他们拥有强大的力量。

企业号和一位外星大使一起旅行，外星大使的出现会让人发疯。

柯克船长和他的同伴被发现闯入梅尔科提安太空，他们被送去死亡，重新上演了奥克畜栏的枪战。

一股外星力量驱使企业号的船员与克林贡人发生残酷的冲突。

“企业号”的船员们急忙阻止一颗小行星与联邦世界相撞，但发现这颗小行星实际上是一艘有人居住的一代飞船。

科克船长在企业号机组人员试图找回他时被困在两个维度之间。一直以来，索里亚人都要求企业离开他们的空间。

《企业号》的船员们遇到了一个不老的、施虐的类人种族，他们拥有心灵遥控的力量，并声称他们的社会是围绕古希腊的理想组织起来的。

无形的“时间加速”外星人接管了企业号，并试图绑架机组人员作为“基因库”。

在访问一颗注定要毁灭的行星时，登陆队受到强大的外星人的折磨。

企业号载着一位被宠坏的公主，她与特洛伊王室的订婚有望给处于战争状态的恒星系统带来和平。

柯克船长与一位决心控制宇宙的疯狂变形星际飞船船长对峙。

企业号遇到了两个互相矛盾、互相敌对的外星人，他们把船放在冲突双方的中间。

一群人口过剩的外星人绑架了柯克船长来解决他们的问题。

柯克、麦考伊和苏鲁被困在一个贫瘠的星球上，一个神秘的女人试图一次杀死一个，而企业号必须穿越一半的银河系去营救他们。

奇怪的无形外星人威胁着地球记忆阿尔法站和企业号。

《企业号》的船员们在莎士比亚的科幻小说《暴风雨》中遇到了一位不朽的人类。

企业号搭载了一群太空“嬉皮士”寻找伊甸园。

柯克船长与时间赛跑，从一个反对严重的社会阶级不平等的民间起义的世界中获取抗瘟疫矿物。

外星人迫使柯克上尉和斯波克大副与“亚伯拉罕·林肯”和“苏拉克”联手，在一场善与恶的较量中与恶棍作战。

柯克、斯波克和麦考伊被困在另一颗行星过去的两部分——当太阳变成超新星时，这个世界将面临毁灭的威胁。

柯克的前情人之一珍妮丝·莱斯特（Janice Lester）偷走了他的尸体，企业号陷入了危险之中。