第 1 季

曾经作为科搜研（科学搜查研究所）王牌活跃的土门诚，因某起事件辞去了科搜研的工作，如今经营着自己开设的 “土门鉴定所”。在这家土门鉴定所担任研究员的高仓柊子，学生时代学过心理学，擅长从举止和言行中识破他人的谎言。然而，即便是高仓，也唯独无法看透土门的心理……某天，神奈川县的海岸边打捞出一辆被水淹没的汽车。神奈川县警察搜查一课的巡查部长都丸勇人与系长三浦耕太郎赶到现场，在车内发现了一具白骨化的遗体，以及一个塞满贵金属的包。从残留物推测，这与 12 年前发生的一起抢劫杀人案有关。正如都丸等人所想，发现的贵金属被证实是 12 年前被抢走的物品。但此后一个月，搜查毫无进展，科搜研的鉴定也没有突破，搜查员们渐渐弥漫着放弃的情绪。于是，三浦指示意气消沉的都丸，委托 “土门鉴定所” 进行遗体的身份确认。然而，都丸对委托民间机构进行鉴定面露难色。对此，三浦对他说：“如果有证据证明土门诚无法鉴定，那其他人也绝对做不到。他有个绰号，叫‘最后的鉴定人’。”

发生了一起资产家被妻子枪击身亡的事件。起初，人们怀疑是年龄差距较大的妻子为了遗产而犯下的罪行，但妻子本人却主张这是 “受托杀人”，是受受害者所托才动手的。这起事件因极具轰动性，也被众多综合娱乐节目报道。在此期间，负责为身为嫌疑人的妻子辩护的相田直树来到了土门鉴定所。相田为了证实 “受托杀人” 的说法，开口请求道 “希望能证明被告人当时的‘犹豫’”，并向土门讲述了事件的大致情况。对此，土门不以为然，认为证明 “犹豫” 并非科学搜查的范畴。然而，由于鉴定所完全没有接到委托，加上鉴定所正面临资金短缺、难以维系的困境，再被支持相田的高仓说动，土门勉强接受了这一委托。随后，土门开始分析事件当天的现场监控录像以及两颗子弹……

土门诚和高仓柊子迎来了律师相田直树的鉴定委托。相田负责辩护的是从越南来日的技能实习生黄范义。黄范义在自己与其他实习生同住的集体宿舍纵火，之后主动报警并被逮捕。现场遗留的塑料桶上检测出了黄范义的指纹，且案发时除他之外所有人都外出了，因此他的罪行看似确凿无疑。然而，自被捕以来，黄范义始终保持沉默。由于当事人一直沉默就无从辩护，相田便请求土门调查纵火的动机。在相田的强烈坚持下，加上高仓也从旁劝说，土门最终接受了委托。他决定先对燃烧残留物进行检测 —— 尽管现场鉴识已经做过简易检查，但他认为还需要更精密的查验。

高仓柊子从相田直树那里听到了关于土门诚的传闻。据说，曾经被称为 “最后的鉴定人” 的土门，也有一个唯一未能解决的案件，而那或许就是他辞去科搜研工作的原因。某天，西村民代来到土门鉴定所，请求进行鉴定。她希望对自己自杀身亡的女儿的遗物进行鉴定，还说遗物中有名为土门的科搜研时期的名片，所以才找了过来。当民代说出女儿・叶留佳的名字时，土门不禁有些动摇。原来，土门曾与当时在搜查一课的叶留佳一同调查过 7 年前发生的连环拦路杀人案。此外，民代还透露，叶留佳去世的前一天曾打电话说 “要去见 7 年前那起案件的犯人”，土门于是决定接受她的鉴定委托。

得知土门诚和尾藤宏香曾是夫妻后，高仓柊子怀疑离婚的原因可能在土门身上。不仅如此，面对进行反驳的土门，高仓甚至直言不讳地说：“既然能和尾藤老师结婚，却又离婚，我无法理解。” 就在两人争执不下时，都丸勇人来到了鉴定所。

土门诚和尾藤宏香接到科学搜查研究所所长加贺正之的召唤，被委托鉴定在神奈川县山中发现的被肢解的白骨遗体。加贺与土门、尾藤是旧识，他说希望在退休前再看一次两人携手合作的样子。土门无法拒绝自己尊称为 “鉴定之神” 的加贺的请求，于是决定由尾藤负责白骨遗体的鉴定工作，土门则负责验证遗体发现现场。

在河川岸边发现了一名名叫横手紘奈的女性遗体。都丸勇人和三浦耕太郎将紘奈的前男友北尾洋介带回去进行自愿陪同调查，然而洋介始终否认嫌疑。但从受害者的唾液中检测出的 DNA 与洋介的一致，检察官川原催促都丸和三浦尽快将其送检。

高仓柊子作为研究员，正努力练习 DNA 鉴定，希望能为土门诚出一份力。然而，她接连出错，让土门不禁感叹 “你缺乏科学家所需的细致”。这句不留情面的话让高仓前所未有地沮丧，她开始考虑辞去鉴定所的工作，回到老家……

在土门诚与高仓柊子面前，相田直树带来了新的鉴定委托。相田即将为水原佳南绘担任辩护，水原佳南绘的案情如下：她在家中遭到前来纠缠的熟人寺井淳一袭击，为自保用钝器击打寺井头部，致其死亡。之后，她为掩盖证据焚烧了遗体，随后向警方自首。尽管佳南绘主张自己的行为属于正当防卫，但检方认为，佳南绘存在销毁证据的行为，性质恶劣，因此不认可其正当防卫的说法，打算以杀人罪对其提起公诉。

科警研研究员尾藤宏香发表了一篇关于 DNA 鉴定的论文，却被法科学部部长立花指出，该论文的研究数据可能存在篡改。据悉，立花收到了一封关于数据篡改的举报信，尽管发件人身份不明，但信中附带了一个 U 盘作为证据。面对立花要求撤回论文的要求，尾藤虽竭力辩解，立花却根本不愿听取。尾藤离开部长办公室后，当立花正准备收起 U 盘时，不知从何处传来了机械运转的声音。办公桌旁放着一个陌生的箱子，就在立花打开箱盖的瞬间，耀眼的强光瞬间笼罩了整个办公室……

为证明科警研纵火杀人案嫌疑人尾藤宏香无罪而奔走的土门诚，查明了该案实为前科警研职员下垣满行所犯。然而，当警方闯入下垣家中时，他已死亡，遗体旁还留有一张写着 “致土门 H” 的字条。紧接着，策划了这一系列事件的氷室崇志给土门打来了电话。氷室说道：“科学从不说谎…… 你还在相信这种幻想吗？” 土门这才意识到，对方真正的目标并非尾藤，而是自己。