第一季

彩云帮帮主段九红和日本三田中将勾结，暗中和军统交易盘尼西林的针剂和菌种，而这场交易其实是军统的骗局。中共地下党掌握盘尼西林的菌种和配方，地下党邓红奉命运送一号针剂，他自知此行凶险遂向未婚妻陈慧琳道别。病毒学家齐小云为将针剂交给邓红，不惜抛下病重的女儿小英子。医生陈慧琳取药却被森春元刁难，她无奈取消小英子的手术。邓红带着药剂闯关，却不幸被日军逮捕。

陈慧琳即将给小英子做手术，此时性命垂危的邓红被送到医院救治。邓红重伤不治逝世，陈慧琳为了查清死因要求尸检。法医冯老头查出邓红的死因，陈慧琳误以为张东洋害死邓红，她并不知道尸检曝光了中山医院的大秘密。日军动武逼问强子偷走药物一事，甘主任谎称将药物给了邓红，岂料森春元枪毙了甘主任。十七号首长得到地下党首领虞美人的情报，盘尼西林的研制并未完全成功。

木津取代森春元把控中山医院，平民被赶出医院。强子袭击仇人木津引发骚乱，心理医生西义敏郎出面保住强子。医生愤慨要求严惩杀人凶手森春元，西义敏郎单凭口舌就让森春元自杀谢罪。日军制定青梅计划夺取盘尼西林的菌种，十七号首长决定将计就计。三田命令木津放松对医院的管制，从而夺取地下党研制的盘尼西林。陈慧琳喜欢西义敏郎，而张东洋却试图强行欺辱陈慧琳。

三田安排木津撤离医院，让张东洋接管青梅计划。陈慧琳即将离开中山医院，袁真拒绝和她相见道别。三田怀疑日军中有地下党内应，他命令张东洋找出内应。陈慧琳离开中山医院时遇到强子刺杀木津，她将受伤的强子藏到手术室。陈慧琳拒绝为木津治疗，却遭张东洋拔枪恐吓。张东洋用军犬搜查强子，陈慧琳竭力设法阻拦。张东洋接到密报得知凶手就是强子，他再度闯入手术室抓人。

张东洋派兵大举在医院搜查强子，然而真正的强子被齐小云救走。西义敏郎一直喜欢陈慧琳，陈慧琳却拒绝了他的感情。齐小云将救治女儿的药物用来救治强子，她将一些不为人知的真相告诉陈慧琳。军统对段九红下了锄奸令，张东洋奉命阻止这场屠杀。张东洋拆穿军统暗杀段九红的原因，又曝光中山医院出现盘尼西林。齐小云约定当晚将菌种交给同志龙舌兰，各方势力已经暗中计划夺取菌种。

西义敏郎揭穿陈慧琳从未爱过邓红，陈慧琳坦白因为中日战争而不能和西义敏郎相爱。袁真被骗认为丈夫出轨陈慧琳，她意图查获丈夫的婚外情，张东洋跟着她最终抓获了强子。院长李汉霖其实是军统特工，他派遣职员偷窃齐小云的试验品却以失败告终。西义敏郎和陈慧琳当晚约会，陈慧琳也说出被父亲抛弃的往事。段九红拿出证据，声称陈慧琳为钱杀害袁真的父母。

齐小云带着菌种离开医院，她的身后紧跟着军统特工和日本特务。联络员老范现身搅局，齐小云终于摆脱跟踪完成任务。张东洋分析应该窃取药剂促使齐小云转移菌种，日军可以趁机捣毁地下党组织。西义敏郎做心理剖析，认为陈慧琳惧怕爱情的缘由是出自童年父母的伤害。袁真的父母卷入军事药物走私案，她在家破人亡后嫁给黄元本，黄元本为了任务捏造出轨假象。

强子的丈夫曾经为救陈慧琳而死，而强子也被木津糟蹋，陈慧琳恳求西义敏郎搭救强子。齐小云秘密进行最后一次实验，日军特务守候在侧准备伺机而动，而军统特工也在一旁虎视眈眈。彩云帮潜入医院夺取药剂，袁真这才发现丈夫并未出轨。日军特务和军统特工在屋外掀起了混战，齐小云立刻销毁药剂逃跑。冯老头大喊闹鬼。日军试图用残忍的手段伤害小英子，齐小云被迫背叛组织。

齐小云要求日军提供药品立即给小英子做手术，随后她坦白地下党身份。张东洋搜查左手中枪的军统特工，李汉霖故意制造爆炸案想要洗脱嫌疑。张东洋强迫陈慧琳放弃小英子的手术而去医治李汉霖，陈慧琳否认李汉霖身上有枪伤。日军逼迫齐小云写出配方，她最终选择自尽。日本头号间谍在重庆活动，白子阳下令执行默尔索密令。张东洋和段九红密谋，想要从医院抢出齐小云。

黄元本和老范自曝地下党身份，想要求助陈慧琳救出齐小云。三田觉得齐小云会将盘尼西林的秘密告诉陈慧琳，他想要利用陈慧琳得到秘密。齐小云被捕前留下营救强子夫妇的话语，然而强子的丈夫早已被日军残忍杀害，老范觉得这其中必有蹊跷。李汉霖换掉了药剂，导致齐小云中毒性命垂危。张东洋声称因为陈慧琳告发他非礼，才导致他当了汉奸，陈慧琳随即否认此事。

陈慧琳从昏迷终醒来，她的身侧惊现被强子杀死的军统特工。西义敏郎坦白诬陷导致张东洋被学校开除，他和陈慧琳商议借助转移士兵遗体的机会救走齐小云，他们的谈话被张东洋偷听。地下党想要借助段九红的势力救出齐小云，他们并不知道段九红和张东洋已经勾结。陈慧琳设法将齐小云和日军士兵尸体调换，此时牢房被炸强子等人逃脱，齐小云被趁乱送出医院。

齐小云遭到袭击时没能正确对上口令，就将菌种地址告诉龙舌兰。强子不肯接受西义敏郎的帮助离开医院，她暗杀木津却再度失败。陈慧琳没能救出小英子，而张东洋也将齐小云抓回医院。陈慧琳做手术救治命悬一线的齐小云，张东洋却逼陈慧琳先抢救木津，陈慧琳不得不同时操作两台手术。齐小云当着张东洋等特工的面，设法将菌种藏匿之处巧妙的告诉陈慧琳。

张东洋跟踪陈慧琳找到强子，他却因为袁真而放过强子。陈慧琳聪慧的找到齐小云藏匿的菌种，岂料却被张东洋撞破，幸好西义敏郎及时弄晕张东洋。三田早就看穿张东洋和段九红勾结，原来青梅计划是两个部分，日本头号间谍九英长仲在重庆另有行动。西义敏郎发现袁真父母走私案的真相，原来张东洋就是害得袁真家破人亡的元凶。军统早已知晓真相，九英长仲落入军统圈套。

齐小云恳求陈慧琳将菌种注射到她体内，随后齐小云香消玉殒。陈慧琳按照齐小云的遗言亲自进行尸检，日军却得到齐小云死于盘尼西林的结论。张东洋推测齐小云已经将盘尼西林的秘密传递给了陈慧琳，他和三田不断研究齐小云的遗言。袁真放火烧伤女护士，西义敏郎以治疗袁真的名义逃离被迫回国的命运。地下党绑架张东洋，随后欲放火烧死他。

肖洪涛带领地下党潜入医院营救陈慧琳等人，彩云帮帮众也假扮护士参与营救行动。张东洋假装围捕肖洪涛一行，此时彩云帮炸毁医院围墙，张东洋向日军谎称地下党要从围墙缺口逃离。强子开枪打伤木津，陈慧琳为找到强子放弃逃离医院。肖洪涛为救小英子死在三田枪下，最终小英子还是没能逃走。强子报仇却险些被木津掐死，陈慧琳见状协助强子杀死木津。

九英长仲秘密收购盘尼西林的配方，军统将其暗杀。十七号首长认为三田是故意放走陈慧琳等人，目的是为了破解盘尼西林的秘密。西义敏郎揭穿强子屈辱的经历，强子对陈慧琳说出她的秘密而心生怨恨。军统处长白子阳下令，启动了代号樱桃的特工。袁真拿出房契控诉陈慧琳是杀害父母的仇人，这让陈慧琳心生疑惑。陈慧琳说出齐小云的遗言，老范认为这些话语包含有盘尼西林的秘密。陈慧琳从昏迷终醒来，她的身侧惊现被强子杀死的军统特工。西义敏郎坦白诬陷导致张东洋被学校开除，他和陈慧琳商议借助转移士兵遗体的机会救走齐小云，他们的谈话被张东洋偷听。地下党想要借助段九红的势力救出齐小云，他们并不知道段九红和张东洋已经勾结。陈慧琳设法将齐小云和日军士兵尸体调换，此时牢房被炸强子等人逃脱，齐小云被趁乱送出医院。

老范对张世忠隐瞒了盘尼西林的秘密，这让陈慧琳心生不解。西义敏郎为袁真治疗心理疾病，他逐渐得到了袁真的芳心。齐小云的遗言迟迟没有破解，老范却拒绝让西义敏郎帮忙查找线索，这让陈慧琳非常愤怒。参谋部宣判西义敏郎为叛国罪，三田奉命对其追杀。西义敏郎通过解读袁真的梦境，推测黄元本可能是杀害袁真父母的凶手。陈慧琳决定为了强子离开西义敏郎，老范也将秘密告诉西义敏郎。

西义敏郎用心理医生的专业能力，分析出齐小云每一句遗言的深刻含义。军统操控林秘书长和日军交易配方，日军被迫动用重庆所有的谍报网。西义敏郎通过遗言找到教会医院，陈慧琳遇到邓红的学生，从而得知菌种就藏在邓红的墓地。黄元本曾经用捐赠袁真家的商铺换取升职机会，袁真得知黄元本为追求名利而骗取她的感情。樱桃抢先拿走菌种，强子及时赶到帮助地下党夺回菌种。

陈慧琳等人分成两批走水路和陆路护送菌种离开，三田命令张东洋派人暗中跟踪。西义敏郎重提旧事激怒强子，众人为找强子分开行动。地下党一行被日军包围，老范中枪不幸牺牲，他临终指出队伍里的内奸是西义敏郎。陈慧琳感佩老范的英勇牺牲，她的内心受到极大的触动。西义敏郎重新返回队伍却遭到陈慧琳怀疑，而此时张东洋又包围了他们并且夺走了菌种，就在此时黄元本自曝特高课特工身份。

张东洋自曝地下党特使龙舌兰的身份，并揭穿黄元本是日本特工。尽管无法取得陈慧琳等人的信任，张东洋还是带着他们设法逃脱日军的抓捕。黄元本不断挑拨离间，张东洋这才说出地下党和日军在间谍战线的诸多秘密。张东洋承认设计天使计划谋夺袁真父母走私的药物，他揭穿黄元本亲手杀害袁真父母的真相。三田派遣重兵进行追捕，张东洋坦白队伍中仍有内奸。

袁真坦承和段九红暗中勾结，西义敏郎揭穿段九红也是谋害袁真父母的凶手之一。袁真并非真正的内奸，随后西义敏郎自证清白。强子身上疑点重重，她自称为了斩断陈慧琳的恋情而投靠日本人。杨国兴是南京政府的奸细，随后他劫持陈慧琳等人。杨国兴一行设法逃脱日军围捕，内奸却给日军留下记号。杨国兴和段九红交易菌种，日军再度将他们重兵围困，陈慧琳逃亡时中枪坠车。陈慧琳从昏迷终醒来，她的身侧惊现被强子杀死的军统特工。西义敏郎坦白诬陷导致张东洋被学校开除，他和陈慧琳商议借助转移士兵遗体的机会救走齐小云，他们的谈话被张东洋偷听。地下党想要借助段九红的势力救出齐小云，他们并不知道段九红和张东洋已经勾结。陈慧琳设法将齐小云和日军士兵尸体调换，此时牢房被炸强子等人逃脱，齐小云被趁乱送出医院。

西义敏郎和袁真被日军逮捕，张东洋一枪击毙杨国兴后带着陈慧琳逃跑。西义敏郎在被枪决前请求三田放过袁真，袁真感动的愿意说出盘尼西林的秘密，借此换取三田放过西义敏郎。张东洋和强子深入虎穴抢药，张东洋揭穿西义敏郎就是内奸。陈慧琳在没有麻药的情况下指挥张世忠给她做手术，然而此时日军已经向他们袭来。袁真和西义敏郎被带回医院，三田逼问袁真菌种和配方。

陈慧琳的手术非常成功，而张东洋为救她更是牺牲良多。张东洋为爱曾经试图强占陈慧琳，现在他为了更重要的事情决定放弃这一段感情。三田强逼段九红交出菌种，而军统已经将日本在重庆的谍报网一网打尽。尽管张东洋说出诸多疑点，陈慧琳不肯相信西义敏郎是内奸，她怀疑袁真才是日本内奸。袁真热情求爱却被西义敏郎拒绝，她决心将配方告诉三田。

张东洋决定带着所有人返回上海，此时袁真已经和三田合作研制盘尼西林。袁真即将为日军研制出盘尼西林，实验的最后一刻却被人设法破坏。张东洋为情而郁郁寡欢，强子揭穿他痴情的爱着陈慧琳。白子阳命令潜伏特工不惜牺牲也要摧毁袁真的实验，袁真的实验却很快成功完成。无辜的中国人被拿来试药，他们的丧命证明袁真实验失败。

法医冯老头为试药的人进行尸检，确定死者并非死于盘尼西林，三田觉得齐小云并未将完整配方交给袁真。袁真试图上吊自杀，她在最终一刻获救。白子阳下令炸毁中山医院，确保盘尼西林的秘密彻底消失。张东洋要为民族和国家夺回盘尼西林，强子心生感佩希望加入共产党。张东洋为了完成陈慧琳的心愿，不惜和护士长去见敌我难辨的西义敏郎。张东洋套话段九红，他发现西义敏郎可能是日本特务。张东洋自曝地下党特使龙舌兰的身份，并揭穿黄元本是日本特工。尽管无法取得陈慧琳等人的信任，张东洋还是带着他们设法逃脱日军的抓捕。黄元本不断挑拨离间，张东洋这才说出地下党和日军在间谍战线的诸多秘密。张东洋承认设计天使计划谋夺袁真父母走私的药物，他揭穿黄元本亲手杀害袁真父母的真相。三田派遣重兵进行追捕，张东洋坦白队伍中仍有内奸。

张东洋拆穿西义敏郎的谎言，而他的安全撤退更加证明西义敏郎就是日本间谍。陈慧琳始终相信西义敏郎是个正直的人，她声称即将离开，西义敏郎提出要和她私奔，双方相约在天使广场相见。张东洋假扮陈慧琳出现在天使广场，他却落入陷阱惨遭西义敏郎枪杀，陈慧琳目睹这一幕受到极大震撼。西义敏郎是青梅计划的制定者和实施者，他想通过陈慧琳解开配方密码。陈慧琳从昏迷终醒来，她的身侧惊现被强子杀死的军统特工。西义敏郎坦白诬陷导致张东洋被学校开除，他和陈慧琳商议借助转移士兵遗体的机会救走齐小云，他们的谈话被张东洋偷听。地下党想要借助段九红的势力救出齐小云，他们并不知道段九红和张东洋已经勾结。陈慧琳设法将齐小云和日军士兵尸体调换，此时牢房被炸强子等人逃脱，齐小云被趁乱送出医院。

西义敏郎分析自己早已掉入张东洋的圈套，又推断陈慧琳一定会回来找他。西义敏郎遭到军队的质询，他被迫逐一分析青梅计划的来龙去脉，他仍旧想要完成青梅计划。白子阳下达最后的冷漠这一密令，李汉霖和军统日夜忙碌在中山医院下安装炸药。西义敏郎坦承将地下党张东洋安排到日军内部，是为了引出地下党首领虞美人。陈慧琳决心向西义敏郎复仇，她重新回到中山医院。

西义敏郎谎称袁真的制药实验成功，他不断示爱却遭到陈慧琳无情对待。西义敏郎利用高超的心理分析能力试图把控陈慧琳，陈慧琳却不惜以自杀要挟才得以见到袁真和菌种。袁真被日军残忍的捅伤腹部，陈慧琳被威逼说出配方和密码才能为袁真治疗。袁真化解了姐妹之间的仇恨，她最终惨死在陈慧琳面前，岂料随后西义敏郎又用小英子的安危要挟陈慧琳。

面对小英子的生死，陈慧琳最终屈服帮助日军破解配方。冯老头闯入军统秘密施工地，原来他就是地下党的首领虞美人，此时三田率兵找到了这里，虞美人利用爆炸成功掩护军统逃脱。三田怀疑军统要炸毁实验大楼遂转移菌种，此举正好落入虞美人的圈套。虞美人设法从日军手中救出陈慧琳和菌种，他坦白自己就是陈慧琳失踪多年的生父，随后他掩护陈慧琳带着菌种逃离医院。

西义敏郎承认在间谍战中失败，他要挟杀死小英子逼问陈慧琳的去向，岂料虞美人服毒自杀。陈慧琳推测麻醉学的公式就是配方的密码，她将配方交给张世忠保管，而护士长一直暗中偷听。李汉霖说出虞美人自杀一事，随后劫持张世忠逼讨菌种，强子最终闯入将他制伏。日军要公开杀害小英子，李汉霖允诺和陈慧琳合作，随后陈慧琳答应用菌种交换小英子。张东洋自曝地下党特使龙舌兰的身份，并揭穿黄元本是日本特工。尽管无法取得陈慧琳等人的信任，张东洋还是带着他们设法逃脱日军的抓捕。黄元本不断挑拨离间，张东洋这才说出地下党和日军在间谍战线的诸多秘密。张东洋承认设计天使计划谋夺袁真父母走私的药物，他揭穿黄元本亲手杀害袁真父母的真相。三田派遣重兵进行追捕，张东洋坦白队伍中仍有内奸。

陈慧琳以配方引诱段九红合作，她们劫持了日军军官家眷和一名大将。陈慧琳要用人质交换小英子，西义敏郎却以中山医院的职员要挟她交出菌种。陈慧琳决定用大将交换小英子，西义敏郎却在交换人质时捣鬼，他因此被强子捅伤。陈慧琳毫无留恋的离开，西义敏郎没能说出配方就命丧黄泉。护士长就是樱桃，她杀死张世忠和段九红夺取菌种，最终在陈慧琳的感召之下交出菌种。陈慧琳从昏迷终醒来，她的身侧惊现被强子杀死的军统特工。西义敏郎坦白诬陷导致张东洋被学校开除，他和陈慧琳商议借助转移士兵遗体的机会救走齐小云，他们的谈话被张东洋偷听。地下党想要借助段九红的势力救出齐小云，他们并不知道段九红和张东洋已经勾结。陈慧琳设法将齐小云和日军士兵尸体调换，此时牢房被炸强子等人逃脱，齐小云被趁乱送出医院。