第 1 季

故事始于后来被人们惧怕为“杀人狂”的男子冈田以藏的悲剧。以藏原本是个心地善良、单纯追求力量的青年，却因师父武市半平太的冷酷阴谋而心碎，出于复仇之心，他首次挥起了刀刃……。

近藤派的年轻队员佐佐木爱次郎遭到残忍杀害。作为师傅的永仓新八化身沉默的复仇者，然而那却是某人设下的巧妙陷阱。虽报了仇，永仓却违反了“禁止私斗”的军中法规……。

首席局长芹泽鸭揭露了所有悲剧的幕后黑手。得知队内被腐蚀的背叛行为后，土方岁三等近藤派成员决定肃清幕后黑手。由此，一场关乎后来成为新选组的组织未来的内部争斗之火被点燃……。

齐藤一在与作为亲友之敌的新见锦的殊死搏斗后，将其击败，至此一系列阴谋剧落下帷幕。然而，这只是新一轮，也是最终的内部争斗的开始。局长芹泽鸭的疯狂愈演愈烈……。

舍弃奇策，决定以武士的骄傲正面迎战的近藤勇等人。出征前，近藤担心天才冲田总司会在战斗中再次化身为“鬼”，于是将此事托付给土方岁三。怀揣各自的觉悟，他们向岛原进发。

关乎新选组未来的最后决战拉开了序幕。冲田总司向芹泽鸭发起挑战，虽释放了内心的“鬼神之力”，但其人斩剑术却被芹泽斥为“无聊的暴力”。危在旦夕之际，濒死的近藤勇赶到了现场……。