第 1 季

金田一受学姐樱木的邀请，加入不动高中的神秘现象研究会，力图解开这七个不可思议的谜团。在接到樱木学姐兴奋的电话，告知他们已经解开谜团之时，金田一和学校警卫在新校舍看到学姐被吊死在旧校舍的生物教室。但当他们赶到之时，却发现生物教室什么都没有。然而，第二天一早，生物教室却出现了悬挂着的樱木尸体。紧接着当天晚上，尾上贵裕在查看樱木留下的文件时也不幸死亡，手中还攥着生物教室的钥匙。

异人馆村是一个隐藏着惊人秘密的村庄，六大家族与牧师一家曾经秘密栽培大麻，由此发家致富。然而，牧师因为收养了7名孤儿并为了孩子们的未来着想，主张停止这种非法行为并打算报警。这一决定触怒了六大家族，他们射杀了牧师夫妇，并将7名女孩关进教堂放火烧死，留下了七具各缺少一部分的干尸。

阿一和美雪从同学那里拿到了邀请券，前往湖畔酒店。但紧接着，就传来了附近监狱中的杀人魔杰森越狱的消息。不久之后，一位受邀客人被发现死于他杀。更糟糕的是，电话打不通了，唯一与外界相连的吊桥也被炸毁了。完全孤立的客人们陷入了恐慌。

阿一和其他推理研究会的成员们为了帮助戏剧部，决定在孤岛上的酒店进行合宿。他们要上演的剧目是《歌剧魅影》，这关系到他们在竞赛中能否获胜。然而，在这个时候，独自一人在舞台上排练的织绘，却意外地被照明设备压在下面不幸身亡。以此为开端，仿佛模仿《歌剧魅影》中的情节一般，接连发生了多起悲剧……。

在传说中沉睡着20亿财宝的秘宝岛上，人们发现了一件指示财宝位置的古老屏风，于是组织了一次寻宝之旅。阿一和美雪也决定参加，前往秘宝岛。然而，当他们到达岛上时，迎接参与者的却是秘宝岛主人的惨死之躯！

阿一被数学老师小野指示参加一个只聚集成绩优异学生的特别班级的暑期补习班，不知为何。在特别班级中，最近频繁发生恶劣的恶作剧，小野希望阿一能找出犯人。就在这时，同班同学古谷被发现以自缢的方式死亡。现场留下了一张写有“地狱的摇篮曲”的威胁信。

被剑持警部邀请，阿一和美雪来到了举行“生首祭”的“无口村”。剑持的老朋友，也就是无口村的名门巽家的女当家紫乃，似乎收到了一个自称“猎头武士”的人物送来的威胁信。威胁信上写着“在祭典开始之前，要割下下一代当家的头颅”。而且，正如信中所言……。

阿一、美雪和剑持决定参加一个在迁移到日本的中世纪德国巴尔特城堡，俗称“蜡像城堡”中进行的推理游戏——“推理之夜”，游戏的赌注是城堡的所有权。其他参与者也是从世界各地聚集而来的知名人士。刚到达，参与者们就被引导到城堡内的大型客厅，并对那里排列着的自己的蜡像感到惊讶。不久，第一个事件发生了。一个参与者当麻的蜡像被刀子刺穿。紧接着，当麻本人被发现以与蜡像相同的刺杀方式死亡。参与者们被关在了场内。“神秘之夜”原来是主办者Redrum所策划的杀人游戏！

背冰村流传着的「雪夜叉」，如风雪般的绝望及愤怒，只要这场暴风雪不停止就会继续杀人……

作曲家的徒弟为了寻找《恶魔组曲》的乐谱，前往某个山庄。到达山庄后不久，发现了作曲家的尸体，而且歌剧演唱者也被某人杀害。金田一等人认为这是以《恶魔组曲》的诗为模板的凶杀案…

知名人气偶像速水玲香突然失踪了。金田一却突然收到了玲香寄来的一封信，“请来我父亲在青森县的山庄”。看到信上写着这样的内容，金田一立刻前往别墅。实际上，玲香只是来此休养，并且随行的七瀬美雪也松了口气。山庄由玲香的父亲速水雄一郎经营，里面摆放着塔罗牌，因此被称为塔罗山庄。突然塔罗牌被盗走后发生了谋杀案...

畅销书作家橘五柳宣布，他将在自己生日派对上举行一场密码游戏。他宣称游戏的胜者将获得他新作品的出版权，因此，阿一和其他推理研究会的成员被熟人所在的音羽出版社派去帮忙。阿一很快就成功破解了密码，但与橘发生了争执。橘非常愤怒，不仅取消了新作品的出版，还宣布要收回所有版权给音羽出版社。那天晚上，阿一不得不去橘的豪宅道歉，却发现橘已经被某人杀害了。阿一被陷害成了杀人犯。

一个神出鬼没的盗贼——怪盗绅士，他不仅偷画，连画中的主题对象也要偷走，他向警方发出了挑战书。据说怪盗绅士的下一个目标是世界著名画家蒲生刚三的人物画。正如预告的那样，蒲生所画的《画廊社长的肖像画》被盗，而作为模特的社长则被发现已经死亡，脸部被残忍地割去。接到案件报告后，阿一和剑持一同前往蒲生邸，在那里意外地与曾经的同班同学小樱重逢。而小樱则是蒲生的女儿。就在这时，以小樱为模特的画作也被怪盗绅士盗走。而且，小樱本人也……

有一天，阿一收到了一封调查委托信。发信人是天神学园高中的新闻部，信中还附有礼金。美雪被委托了这项工作，但她不小心把礼金花掉了。就在这时，阿一因急性阑尾炎住院，无奈之下，美雪决定以阿一的名义进行调查。一家异国风情的酒店收到了来自自称“地狱小丑”的人物的威胁信，信中威胁说如果不取消在酒店举行的推理活动“神秘之夜”，就会有人死亡。当天，县警的精明警部也出现在了现场，本以为事件会顺利解决，但主演女演员万代却在舞台上被毒杀。美雪能否解决这个案件呢！？

得知同班同学丽美单恋真壁后，阿一放下心头的一块石头。他和好友友代、佐木一起邀请真壁去南方的岛屿旅行。到达当地后，他们被当地的旅游公司人员邀请参加无人岛之旅。到达岛上的阿一他们，遇到了在那里进行生存游戏集训的一群人。那天晚上，阿一他们被爆炸声惊醒，赶到了现场，发现白天遇到的那些生存游戏成员的尸体四散，现场宛如地狱。这个岛屿在战争时期曾有数万士兵死亡，至今仍有传说称，幸存的士兵会杀死所有访问岛屿的人，这就是被称为“墓地岛”的地方！