第 5 季

金田一一（道枝骏佑饰）就读的不动高中有一个被称为学园七大不可思议的谜团。其中一个传说是若有人知道了细节不明的第七个谜团的真相，就会被潜藏在旧校舍的怪人『放学后的魔术师』咒杀。而推理研究社的七瀬美雪（上白石萌歌饰）和社员们开始调查这个谜团。有一天晚上，美雪因为被社长樱树（大友花恋饰）叫出来，与一赶到旧校舍。可是他们在那里目击到的是在“打不开的生物教室”上吊的樱树！她身旁还有一个看起来像是『放学后的魔术师』的身影，但当他们破坏门并踏入其中，看到的是一个空无一人的房间。但樱树的尸体还是在隔天被发现。剑持警部（泽村一树饰）和当时在旧校舍的佐木（岩崎大升饰）等其他研究社的社员们、正好在场的值班警卫立花（杉本哲太饰）、教师的场（光石研饰）展开搜查。美雪感到后悔，她觉得如果当初不调查七大不可思议就不会发生这种事。然而在那之后还是不断有人牺牲，最后就连美雪也…！经过进一步调查，他们发现10年前追寻同一谜团的学生竟然也失踪了。一对犯人感到无比愤怒，他赌上爷爷的名声，发誓绝对会解开谜团。而隐藏在离奇密室杀人事件之谜下壮烈又哀伤的真相究竟是什么？

一（道枝骏佑饰）、美雪（上白石萌歌饰）还有佐木（岩崎大升饰）参加了剑持警部（泽村一树）因兴趣而报名的钓鱼团，一行人前往的目的地圣恋岛总有一种毛骨悚然的声音响彻全岛。据说那是在希腊神话中登场的海中怪物『赛莲』的哭声，『赛莲』会用那种声音诱惑人类，将他们拖入海中咬死再吃掉。当天晚上，钓鱼团的全体客人都收到其中一位参加者寒野医生（高桥优饰）约他们出来见面的信。寒野是和在同一间医院工作的影尾教授（佃典彦饰）、医疗器材的业务员伊豆丸（小市慢太郎饰）一起来的。而钓鱼团的负责人芷田（吉谷彩子饰）似乎从以前就认识这间医院的医生们，却不知为何表现出闪避他们的态度。一到指定的时间，所有人都来到集合地点。在下个瞬间，寒野医生被从海中射来的箭刺中眉心而身亡。隔天某位钓鱼团参加者在海钓时被拖入海中。这一切真的都是『赛莲』所为吗？一等人虽从岛上唯一的居民雾声（余贵美子饰）那打听到圣恋岛于战时背负的悲惨史实…。

发生连续杀人事件的圣恋岛因恶劣的天气好转，剑持警部（泽村一树饰）告诉一（道枝骏佑饰）所有参加者明天就能回家。他才刚这么说完，已经失去两位医生同伴的影尾教授（佃典彦饰）就失踪了。出外找他的一等人发现停船小屋的灯光而匆忙赶过去，但本来没上锁的门却被锁上。一行人无计可施，只好绕到另一头的门，从窗户窥看屋内后发现有人倒在里面。停船小屋的灯光此时突然消失，他们看到有一道光正从小屋逃离！一行人心想那也许就是犯人，就像是被某人玩弄于掌心般，他们追着那道光，最终发现影尾教授的尸体。一在这时察觉在岛上的人全都在现场。到目前为止，每当事件发生，每个人都有不在场证明，这让一觉得不自然。他在看了佐木（岩崎大升饰）拍摄的现场影片后惊觉某件事。与此同时，芷田（吉谷彩子饰）说出和被杀害的医生们有关的某件事情真相。另一方面，美雪（上白石萌歌饰）因为担心不眠不休地埋头推理的一，开始思考该如何协助他。在哀伤的哭声回响的孤岛上发生的连续杀人事件，真凶的真面目即将被揭开！

一（道枝骏佑饰）与美雪（上白石萌歌饰）正和家人们一起旅行，他们巧遇正在追某起杀人案犯人的剑持警部（泽村一树饰）。一行人造访白蛇村，旅馆老板娘镜花（凉饰）告诉他们这个地方把白蛇当作神之使者崇拜。三人会合后目击到一个用面罩将脸藏起来的可疑男人进入毗邻的酒藏。那里是白神家代代经营的酿酒铺『白蛇酒藏』，现在是由音松（小野武彦饰）担任社长，守护酒藏。而那个男人是次子莲月，虽然在5年前因火灾失踪，但在2个月前恢复记忆后回到家中。火灾的后遗症改变了他的容貌与声音，但听说经过DNA鉴定后，血缘关系已经过证实。清楚知道对方身分的一等人只能暂且作罢，他们在酿酒学徒鹭森（冈山天音饰）的引导下参观专家黑鹰（寺岛进饰）等人工作的酒藏，然而他们却在酒桶中发现莲月漂浮的尸体。莲月遇害的时段中，唯一留在酒藏的是长子左绀（吉田悟朗饰）。左绀因此被认为有嫌疑，但他却不见踪影，下一个悲剧就此发生！因接连丧子而慌乱的音松认为这都是因为白蛇大人的天谴。一调查起事件的谜团，殊不知其中藏着白神一族充满爱恨纠葛的真相。

佐木（岩崎大升饰）带一（道枝骏佑饰）与美雪（上白石萌歌饰）来到他亲戚所经营的民宿。正好有4位美术大学的学生在这间民宿集训，他们邀一等人参加试胆大会。佐木觉得这是能增进一与美雪感情的绝佳机会便煽动一参加。试胆大会的舞台是已于30年前关闭的医院。有一个鬼故事内容为厕所有一位曾是住院病患，名叫『花子』的少女鬼魂，向她搭话的人都会被杀死。试胆大会的规则是大家每隔10分钟各自前往女厕中花子所在的里面那间厕所，说完“花子，一起玩吧”后，将罐中的乒乓球拿回来。试胆大会照着抽签的顺序进行，最后出发的伊能（中川大辅饰）却没有回来。伊能总以一副盛气凌人的态度把鸣泽（小野寺晃良饰）耍得团团转，他还为了前女友真纪（田边桃子饰）的事与狮子岛（篠原悠伸饰）形成三角关系。厕所的地板有一道延续至花子之墓的血迹，结果一行人发现那只是墨水。大家都觉得那是喜欢吓人的伊能所做的恶作剧。但他们却在隔天发现伊能的尸体！当众人怀疑是随机杀人的歹徒犯下的罪行，一则认为隐藏在花子亡灵背后的狡猾杀人犯就在这群人之中。

著名纪实文学作家橘（胜矢饰）在派对上出了一个暗号谜题，此谜题能导出被隐藏的新作原稿所在之处。橘表示那份原稿以真名揭发某位出席者犯下的罪行，得到原稿后在世间发表的话一定会畅销。因此参加派对的众人（渡边大饰·户冢祥太饰·山西惇饰·宫泽艾玛饰·今井隆文饰·Yukipoyo饰）全都拚命试图解开谜题。 与此同时，一救了被喝醉的橘纠缠的宾客，写真偶像桂木汤里奈（Yukipoyo饰），但橘却因此对一大发雷霆。佐木等人因为担心去向橘赔罪却迟迟不回来的一，而去找他，但他们竟然看到手持染血凶器，呆站在橘的尸体旁的一！ 一虽然坚持自己是清白的，但他被参加派对的众人逼得走投无路。当警察抵达现场，一已消失无踪。 “嫌犯是17岁的少年金田一一！” 警察为了追捕他而建立起包围网，一开始展开逃亡。 一为了调查暗号的谜底而造访参加派对的人，然而他们却都在他赶到前被杀害。 他被栽赃的罪变得越来越重，一虽然尝试和看不见身影的敌人对抗…。

一（道枝骏佑饰）不但被怀疑是杀人犯，现在更被世人认为是使警官受伤，夺取枪枝的凶恶连续杀人事件嫌疑犯。 然而一从佐木（岩崎大升饰）那里得知美雪（上白石萌歌饰）在替他担心后，加强了绝对要靠自己抓到真凶的想法。橘（胜矢饰）在赌上他新作原稿的暗号游戏中，像是接棒般一一传话给参加者。而那些受橘所托，转达传话内容的人却一个接着一个死去。一从第3位被害者桂木优里奈（Yukipoyo饰）收到的传话推测出下一个被盯上的目标是野中（宫泽艾玛饰），因此去见她。当一从野中那里听到新的传话内容，他察觉到“重要的并不是传话的内容”。但野中仍不幸牺牲，一再度成为被警察追捕的对象，在被团团包围的情况下于顶楼持枪和警方对峙。 剑持警部（泽村一树饰）虽然试着说服他…。 一询问剑持为何不愿相信他，并表示自己宁愿死去也不想被抓。 就在下个瞬间枪声响彻顶楼，一流着血倒了下来！ 尚未发表的原稿中所写的惊愕事实，以及不断栽赃给一的那位看不见身影的敌人的真面目终于将被揭开。被逼入绝境的一在历经逃亡后究竟看到了什么？

剑持警部（泽村一树饰）的青梅竹马，嫁入名门巽家的紫乃（仙道敦子饰）收到恐吓信。剑持警部带着一（道枝骏佑饰）与美雪（上白石萌歌饰）前往巽家所在的栀子村，一行人在那里目击到一群身穿铠甲的男人，因此感到疑惑。巽家的佣人猿彦（田锅谦一郎饰）告诉他们那是为了平息过去被巽家斩首的落败武士亡灵而举办的首级祭典中穿的装扮。 恐吓信中写道“将于祭典结束后两天内取走巽家下任当家的首级”，是由一位自称“猎头武者”的不明人物所寄来，众人认为应该是对巽家心怀怨恨之人所为。 紫乃的亡夫没有将财产与家督的地位留给与前妻所生之长子龙之介（吉村界人饰），而是交由紫乃带来的孩子，次子征丸（福山翔太饰）来继承。造成兄弟两人间的嫌隙，征丸因此怀疑施行恐吓的是龙之介。 与此同时，有位自称是紫乃亡夫朋友的客人赤沼说要告诉一谁是恐吓信的寄件人，与一约在机关房见面。当一到了房间，他在旋转门的另一头发现无头的赤沼！ 此外，“猎头武者”出现在来到首级祭典的美雪面前，又有另一颗头颅滚落在地。 剑持警部赌上一的爷爷的名声，挺身帮助紫乃。 围绕著名门血统的惊愕秘密将被揭开！

一（道枝骏佑饰）等人为了观赏音乐剧《歌剧魅影》而来到由音乐家响（雾岛丽香饰）所经营的歌剧院。佐木（岩崎大升饰）与美雪（上白石萌歌饰）因为能见到饰演女主角的当红女演员湖月蕾欧娜（山本舞香饰）而开心不已。 在由相关人员举办的招待会中，已离开剧团的冰森（七濑公饰）意图接近蕾欧娜，却被团员的三鬼谷（六角慎司饰）激烈拒绝。其他团员泉（石川萌香饰）和城（增田升太）也对别人要来挖角蕾欧娜一事抱持着异常警戒的态度。彩排终于开始，在舞台导演影岛（孔骨桑田饰）的指示下，泉站到了舞台的中央。但就在下个瞬间，掉落的水晶灯让泉因此丧命！作家白神（户冢纯贵饰）说这是潜伏在歌剧院里名为魅影的可疑人物所为。而魅影之后也出现在剑持警部（泽村一树饰）和蕾欧娜面前，引发一件又一件悲惨事件。 其实在三年前，这个剧团曾有一位因火灾而造成脸部严重烧伤却仍热情演出魅影一角的天才演员雾生（谷川雄大饰）。之后他所遭遇的不幸命运让他被人们称作魅影。剧团员们害怕这一切都是雾生因忌妒之火而化为魅影后所下的毒手。而一在歌剧院的地下迷宫中究竟看到了什么？

在处处透露着是由怪人魅影持续犯下杀人案的情况下，袭击湖月蕾欧娜（山本舞香饰）的犯人所戴的面具在剧团员城（增田升太饰）的房间内被找到。被怀疑是犯人的城却否认，坚称对此事毫无头绪。他为了证明自己的清白，接受白神（户冢纯贵饰）的提议，独自待在上锁的剧场内。白神主张这下城没有被袭击的危险，若城是魅影其他人也能安全无虞。 为了确保没有人能拿走剧场的钥匙，众人决定轮流看守放钥匙的处所。但是一（道枝骏佑饰）、佐木（岩崎大升饰）和蕾欧娜一起送餐到剧场时，城已被不明人物所杀害。 一因为没办法解开完美密室的谜团而感到不甘心。当平安生还的剑持警部（泽村一树饰）再次走在当时被魅影袭击的“别馆之塔”时，他注意到某件事。一赌上爷爷的名声发誓，一定会揭发杀害三人的真凶和魅影的真面目。 仿佛照着《歌剧魅影》的故事所犯下的一连串罪行，难道全都是由被称作魅影且隐匿行踪的演员雾生（古川雄大饰）实施的复仇？ 为爱疯狂的杀人魔魅影令人恐惧的真面目将被揭开。