第 2 季

病毒危机结束两年后，藤丸 (三浦春马饰) 决心远离电脑，在一家咖啡店打工维持生计。然而，平安夜当天，一个自称折原玛雅 (吉濑美智子饰) 的神秘女子致电九条音弥 (佐藤健饰)，宣称次日晚 8 点东京将发生核弹爆炸。与此同时，一架载有核弹的 JSL 航空 421 航班正逼近日本领空，而机上乘客对此一无所知。THIRD-i 秘密组织紧急重组，由萩原太朗 (高岛政宏饰) 接替雾岛 (吉泽悠饰) 担任指挥官。藤丸被迫重操黑客旧业，追踪航班信号并破解恐怖组织 "魔弹的射手" 的通信网络，发现他们真正目标是引爆史上最强大的氢弹 "沙皇炸弹"，而非普通核弹，东京面临前所未有的灭顶之灾。

藤丸前往医院探望患心脏病的妹妹遥 (川岛海荷饰)，却发现负责治疗的女医生京子被杀，遥不知所踪。随后，他接到绑匪电话，威胁若想救妹妹，必须入侵 THIRD-i 数据库窃取核弹防御系统情报。藤丸无奈之下再次使用黑客技术，却在成功救出遥后发现她身上被安装了遥控炸弹。与此同时，"魔弹的射手" 在购物中心制造假病毒恐慌，作为恐怖袭击的预演。在混乱中，学校生物老师折原玛雅逐渐露出可疑行踪，而藤丸的老对手、前恐怖组织成员玛雅的回归，让局势更加扑朔迷离。

藤丸和音弥怀疑玛雅就是两年前病毒事件的关键人物，决定潜入她公寓调查。音弥负责引开玛雅，藤丸则在暗房发现了与 "魔弹的射手" 相关的电脑和资料。就在他拷贝数据时，玛雅突然返回并掏枪威胁，关键时刻 THIRD-i 狙击手及时赶到，打伤玛雅并将其逮捕。审讯中，玛雅坚称知道核弹位置，但要求藤丸同行才肯透露。藤丸、加纳 (松重丰饰) 和宝生 (芦名星饰) 与玛雅一同前往指定地点，途中玛雅突然警告："车内有组织成员"，瞬间激化了团队内部的信任危机，而这个神秘的内鬼究竟是谁？

抵达废弃仓库后，玛雅趁乱逃脱并抢走武器，宝生则突然向加纳开枪，暴露了自己 "魔弹的射手" 内应身份。藤丸被宝生制服，存有重要情报的 USB 也被夺走。他通过手机短信的藏头文向 THIRD-i 总部发出警告，但总部误判信息，反而放松了对宝生的警惕。宝生向总部谎报 "加纳是内奸 ' 蜘蛛 '"，导致 THIRD-i 内部陷入混乱。逃离的玛雅找到组织头目，揭露了藤丸和音弥的真实身份 —— 他们是被称为 "第三个皇帝" 的关键人物，而这一秘密将彻底改变整个恐怖计划的走向。

藤丸、加纳和 THIRD-i 成员追踪玛雅至一处秘密基地，发现 "魔弹的射手" 正准备启动 "重启日本" 计划，目标是用 "沙皇炸弹" 彻底摧毁东京。为阻止这一阴谋，玛雅牺牲自己引爆炸弹，与部分恐怖分子同归于尽。临终前，她向藤丸透露了惊人秘密：他和音弥是被选中的 "第三个皇帝"，与核弹系统有某种特殊关联，而这正是恐怖组织千方百计要找到他们的原因。与此同时，THIRD-i 通过调查发现一位代号 "教授"(津嘉山正种饰) 的人物持有启动 "沙皇炸弹" 的关键钥匙，藤丸和音弥必须在恐怖分子之前找到他。

藤丸设下陷阱，成功揪出 THIRD-i 内部的间谍 —— 情报分析官泽北 (六角精儿饰)。被捕后，泽北坦白自己是因儿子陵太被 "魔弹的射手" 绑架才被迫成为内奸。THIRD-i 立即展开救援行动，而藤丸通过分析发现，在网上直播 "杀人游戏"、折磨人质的神秘黑客 "大黄蜂"，很可能就是被绑架的陵太。藤丸和秋原 (成宫宽贵饰) 追踪信号源，找到了人质藏匿地点，但当他们成功救出陵太后，却发现这个少年与 "大黄蜂" 之间有着意想不到的关联，而这一发现将彻底改变整个调查方向。

救出陵太后，藤丸惊讶地发现这个 15 岁少年就是他一直在寻找的黑客 "Hornet"(大黄蜂)。陵太向藤丸坦白，自己是因崇拜 "猎鹰"(藤丸的黑客代号) 才模仿他的技术，却不幸被恐怖组织利用。通过陵太提供的线索，藤丸锁定了 "教授" 的位置，他正是制造 "沙皇炸弹" 的关键人物。然而，当藤丸和音弥赶到教授住处时，发现他已遭杀害，但电脑中留下了核弹位置的线索。更令人震惊的是，教授在临死前给藤丸留下了一段视频，揭示了他与音弥的真实身份 —— 他们不仅是 "第三个皇帝"，更与恐怖组织头目 "蜘蛛" 有着千丝万缕的联系。

通过陵太提供的情报，THIRD-i 终于锁定了 "魔弹的射手" 核心成员 Hornet 的位置，但赶到时发现他已服毒自尽。在搜查其住所时，藤丸发现了关于 "蜘蛛" 的关键线索 —— 这个操纵一切的幕后黑手，竟然是一直在治疗藤丸妹妹遥的仓野医生 (黑川智花饰)。与此同时，"蜘蛛" 直接入侵 THIRD-i 总部系统，公然挑衅并透露核弹引爆的具体时间。藤丸与 "蜘蛛" 展开网络对决，却在交锋中发现对方对自己的过去了如指掌，甚至能准确说出只有他本人才知道的童年记忆。当 "蜘蛛" 在视频通话中对藤丸说出 "我们一起玩吧" 时，藤丸终于想起了那段被封印的黑暗过去 —— 他与 "蜘蛛" 之间，有着一段令人震惊的血缘关系。

仓野医生 (蜘蛛) 的身份被确认，她向藤丸揭露惊人真相：他们是姐弟关系，而她所做的一切都是为了 "重启日本" 计划，让这个国家在核爆后重生。核弹引爆时间迫近，藤丸必须在亲情与正义间做出抉择。他与音弥联手侵入核弹控制系统，却发现密码与他们的 DNA 绑定。关键时刻，加纳、秋原等 THIRD-i 成员赶到，与 "蜘蛛" 及其手下展开最后决战。藤丸为阻止核弹爆炸，决定牺牲自己直接接触核爆控制系统。在系统即将启动的瞬间，音弥破解了最终密码，揭露了 "第三个皇帝" 的真正含义 —— 他们不是核弹的启动者，而是唯一能阻止它的人。最终，藤丸成功关闭系统，"蜘蛛" 被捕，东京得救，而藤丸也在医院与苏醒的妹妹遥重逢，这场关乎日本命运的核弹危机终于画上句号。