第 2 季

海軍的沃特森上校走進辦公室的時候，電腦裏出來一個奇怪的聲音，告訴他他的妻女已經被綁架，必須從戰略資金裏挪兩百萬才能救他們，他受攝像頭監視不能自由移動，於是將這些偷偷寫在紙上讓秘書告知NCIS。 蓋布斯假扮軍官去送資料將監視鏡頭安好，托尼則假扮送餐人員送去監聽耳機。凱特和麥基潛進沃特森上校的家裏，沒有發現強行進入的痕跡。這對母女很有可能是被騙走的，於是蓋布斯授意沃特森上校讓綁匪先放他的女兒。小女兒桑蒂是個盲人，可是有超乎尋常的聽力，她聽出了綁架地點，但是綁匪顯然不是主謀……

施工队挖出了一个隐藏的地窖，里面有一具死去的干尸，身上穿着新娘的服饰……这名女尸是一名海军中尉，经过验尸发现已经死亡两年。屋里的摆设和书籍都是五十年代的风格，Gibbs率领手下调查发现，很有可能是个迷恋五十年代完美妻子的变态杀手。

一架超级眼镜蛇直升机停在名叫烟角的小村庄的神秘麦田圈上，同时失踪了两个海军陆战队员。当地村民都声称看到了极光，是飞碟来访，但Gibbs坚信根本不是什么超自然力量所为。McGee在树林中发现一间被烧毁的小屋，里面有一具被烧焦的人类尸体，经过检测证实是一名失踪人员。

两名士兵在路边发现一具穿着上尉军服的女尸，等到Gibbs一行到达现场，已经有人先行动过尸体。动过尸体的是一名海军女少尉，她和McGee是旧识。Ducky在检查尸体的时候发现了一个三叉戟的烙印，勾起了他的回忆，那是十年前一名一直无法确认身份的女尸，她的身上也烙印着三叉戟。

有個被捆綁的人醒過來發現自己被丟在了海軍陸戰隊的演習場，儘管他拼命奔跑，還是被演習的炮彈炸死了。 吉布斯他們來到現場，發現一個很無能的探員正在亂動現場，並且已經把案件初步定為非法闖入的意外傷害。吉布斯不理睬的他的結論，重新調查後發現，這裡不止一具屍體…… FBI的弗內爾突然來訪，原來炸死的那個人是FBI的臥底，他生前正在跟蹤一名黑社會頭目吉米，顯然是有叛徒出賣了他。在調查中，弗內爾也遭到陷害入獄，他被帶走之前請求吉布斯一定要找出叛徒……

退役海軍軍官麥奇在超市購物時遭到炸彈襲擊，倖免遇難。 麥奇在阿富汗戰爭中曾經誤炸平民，吉布斯懷疑這是一起伊斯蘭極端組織的報復行為。FBI再次插手，吉布斯暫時接受保護受害人全家的任務。在行動過程中，吉布斯找出了嫌疑人，但是FBI隱瞞消息並且干預吉布斯審問犯人，而且置擔任保鏢東尼和凱特的性命于不顧。第二次爆炸又發生了，吉布斯利用FBI的把柄威脅了他們，雙方達成交易，罪犯順利收押。他們在開往總部的路上接到艾碧的電話，第二次爆炸用的炸藥很業餘，兇手還有第二個……

一位老人找到NCIS總部，聲稱自己殺了人，吉布斯讓他過安檢的時候發現他是二戰的榮譽勳章獲得者，是硫磺島戰役的倖存者。 老人最近失去了相伴的老伴，由於悲痛很多記憶消失了，他不記得細節，但是堅持自己在二戰時殺了自己最好的朋友。吉布斯檢查了證物，沒有結論，申請了開棺驗屍，那具屍體失去了雙腿，頭上有一個被擊打的凹槽，和證物點45手槍的槍柄吻合，似乎證據確鑿了，海軍部決定羈押老人，但是吉布斯找了一個當年同在硫磺島的日本老人，他要嘗試重新喚起老人的回憶……

因心臟病住在海軍醫院的多南司令官突然在病床上自行爆炸了，似乎沒有多餘的線索能證明是他殺。司令官的主治醫生詹尼斯馬上就要退役了，這是她的最後一個心臟病人。吉布斯讓麥基檢查了醫院的錄影，在多年死亡時間裏出現了一名海軍少尉，吉布斯帶著凱特圍捕少尉，卻發現此名少尉正在嘗試自殺，凱特意外擊斃了他。他的教練是他生前最後一個談話者，他證明少尉在那段所謂的殺人時間一直和他在一起，少尉是無辜的，凱特陷入了自責。 艾碧模擬了引爆過程，證實是輸氧管爆炸。爆炸之前詹尼斯醫生照顧過他，可是怎麼點火仍舊是個謎團……

在海军驻地，有人闯进罗温斯太太的家企图强奸，罗温斯开枪击中了他。吉布斯来到现场，发现没有强行进入的痕迹，罗温斯太太声称从来没有见过被她击中的人。Tony和kate来到医院给强奸犯拍照，强奸犯突然苏醒，说自己是被邀请去罗温斯家的，他们在一个色情网站相识而相恋。

東尼到監獄做臥底，在和海軍重犯懷特一起押送的過程中，他們製造了一起逃脫事故。 因為懷特至今沒有招供他在伊拉克偷運的古董的下落。懷特生性多疑，他製造了一次車禍，讓東尼和總部失去了聯繫，聰明的東尼到處留下暗號…… 副國務卿一直在打電話詢問，不勝其煩的麥基在吉布斯的授意下終於讓對方閉了嘴。凱特得到了新的線索，原來懷特不僅僅是盜竊犯，手上還有三條人命，並且殺人手段及其殘忍，眾人為東尼深深擔憂。 循著東尼留下的記號，凱特他們追蹤到了東尼的車，但是車裏的東尼已經向懷特表明瞭身份，不動聲色的懷特偷偷取出了刀……

失踪了两年的海军上尉布莱恩的尸骨意外被发现，他和自己的车一起沉在黑湖里。在此之前他的家人悬赏100万寻找他。在尸检过程中发现了子弹，布莱恩的弟弟汤姆成了最大的嫌疑人。发现尸体的是著名私家侦探库伯，他不厌其烦的找到吉布斯，展示自己的证据，希望吉布斯可以结案。

销售公司的销售员正在向海军下士兰波特推销服务，却意外发现对面传来异常的声音。吉布斯来到现场，屋里到处是打斗的痕迹，兰波特下士不知所踪，现场迹象似乎是被谋杀。

Ducky收到的人肉碎块终于拼成了三具尸体，他们的身份很快确认，是当年Ducky作证的一起强奸杀人案的检察官，法官，陪审团主席，凶手是一名想成为验尸官的医学院学生文森▪汉兰。吉布斯和凯特来到汉兰家，被告汉兰已经在一年前的车祸中死亡。

一个女孩报案说住在她楼对面的海军被人勒死了，可是警察却在现场找不到任何痕迹，吉布斯让麦基去现场看看有没有调查的价值。托尼和凯特在模拟现场时发现了可疑的人类尿液，经过仔细搜查，找到了很多藏匿的现金。

在雪兰多国家公园，一名叫摩尔的海军中士从山崖坠下身亡，身上有被狼咬过的痕迹。目击证人只有摩尔的妻子和最好的朋友，他们告诉吉布斯摩尔在失踪之前和公园里的流浪汉有过冲突。艾比在死者头上找到了棒球棍的特制木料，摩尔是被谋杀的。

海军中尉阿曼达被人杀死，奇怪的是嫌疑犯竟然没有逃走，而且满手鲜血的来开门……嫌疑犯坚决声称自己是无辜的，认为死者并不是和自己一夜情的那个女孩，那个女孩是在酒吧跳艳舞的舞女。艾比也证实虽然嫌疑犯满手都是血，可是凶器上却没有指纹。

有人把一对人类眼球寄到了海军中士本杰明家里，但是本杰明不承认自己和这些有关。东尼和凯特负责在他门外监视，本杰明在家里自杀了。本杰明自杀前曾给自己的老师普塞尔打过电话，他是海军退役上校，也是海军学员秘密行动的讲师，同时还是在巴拉圭活动的双重间谍。眼球的主人被确认是一个17岁的女孩，她还有一个身份是普塞尔的妻子。

在弗吉尼亚海滩，一场泳装秀正在进行，三号选手突然失踪，她的尸体被一位老太太在厕所发现。死者是海军中士蒂弗尼乔丹，死前打给一个叫莉莎的瑜加教练打过电话，但是莉莎坚称蒂弗尼只是自己的一个学生。有一个已经出狱的男人给蒂弗尼写过很多信，可是此人却有完美的不在场证明。

住在精神病院的海軍中尉潔西卡總是被夜晚魔鬼一樣的聲音威脅，吉布斯帶著眾人前去調查，沒有發現任何異樣，傑西卡的主治醫生維特上校堅持只是精神問題。 潔西卡得病之前在海軍得秘密機構工作，吉布斯懷疑有內情，再次來到精神病院，一名叫凱瑟琳的病人主動介紹了情況。潔西卡的上司韋德上校被控在政府交易中收取回扣，卻從來沒有找到證據，吉布斯找到他，他卻堅持自己是清白的，和潔西卡也是父女一樣的關係。 潔西卡説有東西在她房間，等到吉布斯趕到的時候潔西卡已經在病房上吊自殺了，但是艾碧發現這是佈局精巧的謀殺……

一天深夜，海軍學員們正在舉行兄弟會測試，一名學院偶然發現了一具脖子被折斷的屍體。 死者是海軍學院的特納，他的死亡方式顯示是海軍陸戰隊的手法，他的隊友布雷克成了最大的嫌疑犯，因為他同時失蹤了。艾碧的電腦被駭客侵入了，麥基循著信號追蹤，竟然找到了布雷克的屍體，死亡方式和特納一樣。電腦駭客被抓，他告訴吉布斯他們兩個有一個共同的女友艾希莉，很有可能是爭風吃醋致死。可是艾希莉告訴他們，兩個人在幾天前在幫她躲避教官黎卡的騷擾……

海軍陸戰隊士兵托布斯為了救戰友死在了伊拉克戰場，他的朋友艾米幫忙整理他的儲物倉時，卻在儲物倉裏發現了屍體，經過監測，是他青梅竹馬的朋友諾拉，在兩年前失蹤。 海軍調查委員會命令吉布斯查出真相，如果屬實，會撤銷托布斯的榮譽獎章。當地警長和諾拉的父母都認為是托布斯殺了諾拉，因為在諾拉失蹤之後托布斯突然參軍去了，而且屍體又在他租的儲物倉發現，但是吉布斯並不盲從。 凱特和吉布斯去詢問了艾米，艾米的回答沒什麼價值，之後竟然割腕自殺了，案情越來越撲朔迷離，這個時候，一段模糊的車庫錄影帶來了希望……

NCIS總部收到一封印著唇印的信，東尼搶著打開了，裏面跑出了白色的粉末，他們迅速被隔離，東尼因吸入粉末成了受害者和患了感冒而免疫系統變弱的凱特一起進入隔離病房。 粉末被證實是鼠疫病毒，艾碧和馬拉德讀了那封信，裏面要求NCIS公開幾年前的一個案件，是一起海軍強姦案，罪犯至今逍遙法外。強姦案的受害者是一名叫薩莎的女孩，她的母親漢娜是生化研究機構的執行總裁。吉布斯逮捕了漢娜，漢娜説自己只是想要公道。 只有東尼被感染了，病菌被證實是不能複製的，但是只有百分之十五的生存率。薩莎終於坦白當年的強姦案自己説謊了，可憐的東尼只能靠自己的運氣了……

兩名海軍飛行員在度假途中被殺，其中一個被剁去了雙手，吉布斯他們去調查，又險些被汽車底盤藏著的炸彈炸死，很顯然他們被算計了。 追查工作進行的很艱難，炸藥的成分，匿名的911電話，都是沒法追查的，只能是職業特工所謂，正在此時FBI到訪，原來阿里秘密回國了，他已經脫離的FBI的掌控，他這次回來的目標是殺死吉布斯！凱特被臨時任命保護吉布斯。一架小型的可以裝載炸彈的遙控飛行器被盜，現在知道為什麼飛行員會失去雙手了，因為中心的門是靠掌紋開啟的。此時海軍的大型艦艇就要靠岸了，很容易猜到恐怖分子要幹什麼，阿里早已不是什麼雙面間諜，現在他是徹頭徹尾的恐怖分子！船就要靠岸了，飛彈已經飛出，吉布斯他們只能儘量阻止悲劇發生……