第 1 季

从那以后过了 3 年…… 突然，东云苏醒过来。得知此事后，广域搜查官星崎剑三和北岛纱英被派往南热海警察署展开调查。两人立刻去会见了正在住院的东云。然而，东云的脸、手等外露部位全都缠着绷带，而且事件发生当时的记忆也完全丧失了。

被打捞上来的校车里，只发现了一条巨大的鱼，并未发现遗体之类的…… 而且由于严重生锈，已无法检测出指纹等信息。广域搜查厅鉴识科的王牌坂善正道经过调查，发现这辆巴士似乎是被某人蓄意弄沉的。更为蹊跷的是，本应由司机新宫寺拉起的手刹，处于松开状态。

播放遗留下来的盒式磁带时，里面夹杂着微弱的噪音。然而，这究竟是声音，还是某种数据…… 其真实面目尚不清楚。在此期间，北岛纱英前往永恒森林学园，调查校车的构造。她得知掉落盒式磁带的后排座椅很容易拆卸。之后，北岛按照星崎剑三的指示，前往事件发生现场。

星崎剑三前往永恒森林学园，质问四十万新也为何要给东云麻衣等人画裸体素描。面对星崎的追问，新也承认曾被班主任敷岛澪亲吻，但对于烧掉素描画一事却隐瞒了下来。

东云麻衣前去拜访星崎剑三，并匆忙赶到了南热海警察署。她说自己找回了校车失踪前一刻的 “一段记忆” 。如果这段记忆是准确的，那么下落不明的椹木美子、月代美波、萌黄泉与校车一同沉入海中的可能性就不存在了……

星崎剑三查看了新宫寺有朋的尸体发现现场，他认为很有可能是死于意外，但北岛纱英则主张这是他杀。暂时只能等待司法解剖的结果。就在这时，星崎等人决定火速前往永恒森林学园的宿舍。因为宿舍管理员阿久根淑子通报，东云麻衣的房间被人翻乱了。

星崎剑三开始悉心照料与自己一同生活的东云麻衣。在某一天，送东云去学园的星崎，被依然坚信新宫寺有朋是死于他杀的班主任敷岛澪请求 “请帮忙找出凶手” 。

在与平坂步的搏斗中，北岛纱英生命受到威胁，不过及时赶到的星崎剑三向平坂开枪。平坂受枪击后陷入昏迷，被送往南热海综合医院。与此同时，东云麻衣拿着星崎的是非指示灯出门，前往占卜师占部日美子的房间。