第 3 季

麦可儿·伯纳姆穿过虫洞到达了3188年。她遇到了一个运货人克里夫兰·布克（Cleveland "Book" Booker），从他那得知她之前的过去世界发生了“大燃烧”事件——几乎整个宇宙的二锂烧毁了，以此维系的星际联邦不久就被瓦解，宇宙间的航行依靠能提供二锂的贸易联盟和运货人维系。

发现号从虫洞出来后坠落在一个未知时间和位置的冰冻星球上，发现号严重受损。萨鲁和提利下船寻求星球上的居民帮助，期间找到了当地遗留的居民换取到修复好的零件，之后被压迫当地人的运货人扎莱赫（Zareh）发现是来自过去并差点被制服，乔吉欧及时出现并成功反击扎莱赫，萨鲁答应给予发现号上的二锂来维持当地人的生活所需。

麦可儿来到发现号，和众船员说到这一年的经历：由于空间站无法进行长距搜索，她成为了送货员，利用送货的经历，一边收集联邦的信息，一边等待与发现号的通信。之后她建议发现号回到地球，因为她从联邦一个废弃通信线路打听到地球一名名为塞纳·塔尔（Senna·Tal）的上将广播仍有联邦的人员存在。

阿迪拉无法想起她如何成为楚尔人共生体的宿主，也无法想起塞纳·塔尔的记忆。于是麦可儿建议回到楚尔人的母星来寻找解决方法。楚尔人已经退出联邦，十分欢迎现有的共生体回归家园，但无法接受人类成为共生体宿主，首席要求他们离开，而其中一派甚至试图让阿迪拉与共生体分离，一名叫“习”的护卫帮助她们来到楚尔人共生体的起源洞穴来试图重建阿迪拉与共生体的联系。

在塞纳提供的信息，发现号找到了星际联邦及舰队的总部，总部仍有大量尚存的星舰和一定的科技优势，但只能勉强维持并且与众多联邦成员星体失去联系。总部的上将万斯（Vance ）十分惊奇发现号的归来，但由于“管控”战争后星际联邦消除了所有关于发现号、“管控”系统的资料，导致无法核实发现号的身份，而且三十世纪的时间大战，导致十分恐惧有时间特工乘虚而入，所以对发现号的全员做了十分严格的审查，甚至想解散发现号的团队。

发现号进行了多项未来科技的改造，万斯上将安排了其他星舰支援成员行星的行程，但保留发现号作为快速机动部队，令萨鲁无法展现对联邦的忠心。此时布克的飞船独自来到联邦总部，带来了一条消息：他在几星期前在一个由翡翠链控制的星舰回收坟场发现了一些星舰的黑匣子可以帮助了解“大燃烧”事件的起源，但如果他不能及时回来就让飞船独自找回发现号，这意味着布克出事了。

在研究了多个星舰黑盒子数据后，麦可儿发现了“大燃烧”事件并不是同时发生的证据，并且留意一项名为“SB-19”的受限访问研究项目能确认这些依据。向万斯上将汇报后，万斯告知这是二位一体星的研究——也就是瓦肯和罗慕伦在史波克的撮合下重新统一在瓦肯星上重建的新种族——一项旨在替代使用二锂实现星舰快速穿越空间的研究项目，但由于二位一体星人认为是这个项目导致了“大燃烧”而联邦强求继续研究，而导致了二位一体星脱离联邦。

布克突然收到他兄弟基希姆（Kyheem）在母星奎寄安（Kewjian）发来的信号。基希姆的家族为了获得能驱除母星上的蝗虫的驱虫剂而与翡翠链合作以提供迷幻虫，而翡翠链是一个由安多利人和奥利安人（Orion）组成，由奥利安人欧萨拉（Osyraa）领导的联盟，通过向没达到曲速文明的星球提供科技来达到对星球的控制，布克就是不满基希姆与他们的合作而离开母星。

镜像菲莉帕出现越来越严重的病症，医官休和联邦的研究员认为这是因为镜像菲莉帕是从镜像宇宙穿越而来，并且由向主世界穿越900多年，导致身体的原子状态极度不稳定。发现号的球体数据让电脑给出让镜像菲莉帕到丹努斯五号星一趟的方案，镜像菲莉帕和麦可儿一同登陆并一番寻找后，见过一名自称卡尔的老人，卡尔给出一栋门让镜像菲莉帕穿越过去，由于卡尔的出现十分诡异，麦可儿想阻止，但镜像菲莉帕决定誓死一搏。

卡尔公布了他真正的身份——永恒守卫者，一个在“时间战争”中多方争夺的力量，由于厌倦时间战争而试图躲藏起来，但由于球体数据认为能拯救镜像菲莉帕而给出了他的行踪。卡尔有感于镜像菲莉帕在这另一个镜像世界时空的良好表现，愿意给出一个适合镜像菲莉帕存活的时空，镜像菲莉帕就此与麦可儿分别。

发现号冒险前往维鲁宾星云，伯纳姆、萨鲁和卡尔伯在那里对伯恩的起源有了令人震惊的认识。其他船员面临着意想不到的威胁。

在俘获发现号后，奥西拉寻求与万斯海军上将会面，而伯纳姆和船员们必须克服难以想象的困难，试图重新获得对船的指挥权。

随着翡翠链的抓握力越来越紧，烧伤之谜终于解开，伯纳姆和船员们有了最后一次机会来拯救自己和联邦。